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- EMDB-21365: Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21365
タイトルAnthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor
マップデータ
試料
  • 複合体: Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor
    • タンパク質・ペプチド: Protective antigen
    • タンパク質・ペプチド: Protective antigen
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードtranslocase / anthrax toxin / protective antigen / edema factor / octamer
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of apoptotic process in another organism / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / : / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / host cell cytosol / small molecule binding / Uptake and function of anthrax toxins / catalytic complex ...positive regulation of apoptotic process in another organism / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / : / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / host cell cytosol / small molecule binding / Uptake and function of anthrax toxins / catalytic complex / negative regulation of MAPK cascade / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / metallopeptidase activity / toxin activity / calmodulin binding / host cell plasma membrane / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Oedema factor (EF), alpha-helical domain / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Anthrax toxin, lethal/endema factor ...: / Oedema factor (EF), alpha-helical domain / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protective antigen / Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhou K / Hardenbrook NJ
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)R01GM071940/AI094386/DE025567 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)R21AI124020 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Atomic Structures of Anthrax Prechannel Bound with Full-Length Lethal and Edema Factors.
著者: Kang Zhou / Shiheng Liu / Nathan J Hardenbrook / Yanxiang Cui / Bryan A Krantz / Z Hong Zhou /
要旨: Pathogenesis of anthrax disease involves two cytotoxic enzymes-edema factor (EF) and lethal factor (LF)-which are individually recruited by the protective antigen heptamer (PA) or octamer (PA) ...Pathogenesis of anthrax disease involves two cytotoxic enzymes-edema factor (EF) and lethal factor (LF)-which are individually recruited by the protective antigen heptamer (PA) or octamer (PA) prechannel and subsequently translocated across channels formed on the endosomal membrane upon exposure to low pH. Here, we report the atomic structures of PA prechannel-bound full-length EF and LF. In this pretranslocation state, the N-terminal segment of both factors refolds into an α helix engaged in the α clamp of the prechannel. Recruitment to the PA prechannel exposes an originally buried β strand of both toxins and enables domain organization of EF. Many interactions occur on domain interfaces in both PA prechannel-bound EF and LF, leading to toxin compaction prior to translocation. Our results provide key insights into the molecular mechanisms of translocation-coupled protein unfolding and translocation.
履歴
登録2020年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vra
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21365.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21365.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.07110073 - 0.15735517
平均 (標準偏差)0.0005696753 (±0.004965833)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z321.000321.000321.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1081340
NX/NY/NZ13584349
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0710.1570.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor

全体名称: Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor
要素
  • 複合体: Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor
    • タンパク質・ペプチド: Protective antigen
    • タンパク質・ペプチド: Protective antigen
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor

超分子名称: Anthrax octamer prechannel bound to full-length edema factor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌)
分子量理論値: 860 kDa/nm

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分子 #1: Protective antigen

分子名称: Protective antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌)
分子量理論値: 82.511336 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: QENRLLNESE SSSQGLLGYY FSDLNFQAPM VVTSSTTGDL SIPSSELENI PSENQYFQSA IWSGFIKVKK SDEYTFATSA DNHVTMWVD DQEVINKASN SNKIRLEKGR LYQIKIQYQR EDPTEKGLDF KLYWTDSQNK KEVISSDNLQ LPELKQKSSN S LEVLFQGS ...文字列:
QENRLLNESE SSSQGLLGYY FSDLNFQAPM VVTSSTTGDL SIPSSELENI PSENQYFQSA IWSGFIKVKK SDEYTFATSA DNHVTMWVD DQEVINKASN SNKIRLEKGR LYQIKIQYQR EDPTEKGLDF KLYWTDSQNK KEVISSDNLQ LPELKQKSSN S LEVLFQGS TSAGPTVPDR DNDGIPDSLE VEGYTVDVKN KRTFLSPWIS NIHEKKGLTK YKSSPEKWST ASDPYSDFEK VT GRIDGNV SPEANHPLVA AYPIVHVDME NIILSKNEDQ STQNTDSQTR TISKNTSTSR THTSEVHGNA EVHASFFDIG GSV SAGFSN SNSSTVAIDH SLSLAGERTW AETMGLNTAD TARLNANIRY VNTGTAPIYN VLPTTSLVLG KNQTLATIKA KENQ LSQIL APNNYYPSKN LAPIALNAQD DFSSTPITMN YNQFLELEKT KQLRLDTDQV YGNIATYNFE NGRVRVDTGS NWSEV LPQI QETTARIIFN GKDLNLVERR IAAVNPSDPL ETTKPDMTLK EALKIAFGFN EPNGNLQYQG KDITEFDFNF DQQTSQ NIK NQLAELNATN IYTVLDKIKL NAKMNILIRD KRFHYDRNNI AVGADESVVK EAHREVINSS TEGLLLNIDK DIRKILS GY IVEIEDTEGL KEVINDRYDM LNISSLRQDG KTFIDFKKYN DKLPLYISNP NYKVNVYAVT KENTIINPSE NGDTSTNG I KKILIFSKKG YEIG

UniProtKB: Protective antigen

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分子 #2: Protective antigen

分子名称: Protective antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌)
分子量理論値: 82.639672 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: QENRLLNESE SSSQGLLGYY FSDLNFQAPM VVTSSTTGDL SIPSSELENI PSENQYFQSA IWSGFIKVKK SDEYTFATSA DNHVTMWVD DQEVINKASN SNKIRLEKGR LYQIKIQYQR ENPTEKGLDF KLYWTDSQNK KEVISSDNLQ LPELKQKSSN S LEVLFQGS ...文字列:
QENRLLNESE SSSQGLLGYY FSDLNFQAPM VVTSSTTGDL SIPSSELENI PSENQYFQSA IWSGFIKVKK SDEYTFATSA DNHVTMWVD DQEVINKASN SNKIRLEKGR LYQIKIQYQR ENPTEKGLDF KLYWTDSQNK KEVISSDNLQ LPELKQKSSN S LEVLFQGS TSAGPTVPDR DNDGIPDSLE VEGYTVDVKN KRTFLSPWIS NIHEKKGLTK YKSSPEKWST ASDPYSDFEK VT GRIDKNV SPEARHPLVA AYPIVHVDME NIILSKNEDQ STQNTDSQTR TISKNTSTSR THTSEVHGNA EVHASFFDIG GSV SAGFSN SNSSTVAIDH SLSLAGERTW AETMGLNTAD TARLNANIRY VNTGTAPIYN VLPTTSLVLG KNQTLATIKA KENQ LSQIL APNNYYPSKN LAPIALNAQD DFSSTPITMN YNQFLELEKT KQLRLDTDQV YGNIATYNFE NGRVRVDTGS NWSEV LPQI QETTARIIFN GKDLNLVERR IAAVNPSKPL ETTKPDMTLK EALKIAFGFN EPNGNLQYQG KDITEFDFNF DQQTSQ NIK NQLAELNATN IYTVLDKIKL NAKMNILIRD KRFHYDRNNI AVGADESVVK EAHREVINSS TEGLLLNIDK DIRKILS GY IVEIEDTEGL KEVINDRYDM LNISSLRQDG KTFIDFKKYN DKLPLYISNP NYKVNVYAVT KENTIINPSE NGDTSTNG I KKILIFSKKG YEIG

UniProtKB: Protective antigen

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分子 #3: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase

分子名称: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: adenylate cyclase
由来(天然)生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌)
分子量理論値: 88.955578 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNEHYTESDI KRNHKTEKNK TEKEKFKDSI NNLVKTEFTN ETLDKIQQTQ DLLKKIPKDV LEIYSELGGE IYFTDIDLVE HKELQDLSE EEKNSMNSRG EKVPFASRFV FEKKRETPKL IINIKDYAIN SEQSKEVYYE IGKGISLDII SKDKSLDPEF L NLIKSLSD ...文字列:
MNEHYTESDI KRNHKTEKNK TEKEKFKDSI NNLVKTEFTN ETLDKIQQTQ DLLKKIPKDV LEIYSELGGE IYFTDIDLVE HKELQDLSE EEKNSMNSRG EKVPFASRFV FEKKRETPKL IINIKDYAIN SEQSKEVYYE IGKGISLDII SKDKSLDPEF L NLIKSLSD DSDSSDLLFS QKFKEKLELN NKSIDINFIK ENLTEFQHAF SLAFSYYFAP DHRTVLELYA PDMFEYMNKL EK GGFEKIS ESLKKEGVEK DRIDVLKGEK ALKASGLVPE HADAFKKIAR ELNTYILFRP VNKLATNLIK SGVATKGLNV HGK SSDWGP VAGYIPFDQD LSKKHGQQLA VEKGNLENKK SITEHEGEIG KIPLKLDHLR IEELKENGII LKGKKEIDNG KKYY LLESN NQVYEFRISD ENNEVQYKTK EGKITVLGEK FNWRNIEVMA KNVEGVLKPL TADYDLFALA PSLTEIKKQI PQKEW DKVV NTPNSLEKQK GVTNLLIKYG IERKPDSTKG TLSNWQKQML DRLNEAVKYT GYTGGDVVNH GTEQDNEEFP EKDNEI FII NPEGEFILTK NWEMTGRFIE KNITGKDYLY YFNRSYNKIA PGNKAYIEWT DPITKAKINT IPTSAEFIKN LSSIRRS SN VGVYKDSGDK DEFAKKESVK KIAGYLSDYY NSANHIFSQE KKRKISIFRG IQAYNEIENV LKSKQIAPEY KNYFQYLK E RITNQVQLLL THQKSNIEFK LLYKQLNFTE NETDNFEVFQ KIIDEK

UniProtKB: Calmodulin-sensitive adenylate cyclase

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 16 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 62.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6224

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 78465
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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