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万見
- EMDB-2130: Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 4 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2130
タイトルCryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 4 in the proximal region of Chlamydomonas axoneme
マップデータReconstruction of outer doublet 4 of the Chlamydomonas axoneme in the proximal region.
試料
  • 試料: Outer doublet 4 of Chlamydomonas axoneme in the proximal region
  • 細胞器官・細胞要素: flagellum
キーワードaxoneme / dynein / Chlamydomonas / microtubule doublet / flagella
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 41.6 Å
データ登録者Bui KH / Yagi T / Yamamoto R / Kamiya R / Ishikawa T
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2012
タイトル: Polarity and asymmetry in the arrangement of dynein and related structures in the Chlamydomonas axoneme.
著者: Khanh Huy Bui / Toshiki Yagi / Ryosuke Yamamoto / Ritsu Kamiya / Takashi Ishikawa /
要旨: Understanding the molecular architecture of the flagellum is crucial to elucidate the bending mechanism produced by this complex organelle. The current known structure of the flagellum has not yet ...Understanding the molecular architecture of the flagellum is crucial to elucidate the bending mechanism produced by this complex organelle. The current known structure of the flagellum has not yet been fully correlated with the complex composition and localization of flagellar components. Using cryoelectron tomography and subtomogram averaging while distinguishing each one of the nine outer doublet microtubules, we systematically collected and reconstructed the three-dimensional structures in different regions of the Chlamydomonas flagellum. We visualized the radial and longitudinal differences in the flagellum. One doublet showed a distinct structure, whereas the other eight were similar but not identical to each other. In the proximal region, some dyneins were missing or replaced by minor dyneins, and outer-inner arm dynein links were variable among different microtubule doublets. These findings shed light on the intricate organization of Chlamydomonas flagella, provide clues to the mechanism that produces asymmetric flagellar beating, and pose a new challenge for the functional study of the flagella.
履歴
登録2012年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年6月12日-
マップ公開2012年9月12日-
更新2012年9月12日-
現状2012年9月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2130.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2130.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of outer doublet 4 of the Chlamydomonas axoneme in the proximal region.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.25 Å/pix.
x 200 pix.
= 1450. Å		7.25 Å/pix.
x 200 pix.
= 1450. Å		7.25 Å/pix.
x 200 pix.
= 1450. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-6.85839939 - 9.92515087
平均 (標準偏差)-0.00000002 (±0.99999988)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 1450.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.257.257.25
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1450.0001450.0001450.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-32-32-32
NX/NY/NZ646464
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-6.8589.925-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Outer doublet 4 of Chlamydomonas axoneme in the proximal region

全体名称: Outer doublet 4 of Chlamydomonas axoneme in the proximal region
要素
  • 試料: Outer doublet 4 of Chlamydomonas axoneme in the proximal region
  • 細胞器官・細胞要素: flagellum

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超分子 #1000: Outer doublet 4 of Chlamydomonas axoneme in the proximal region

超分子名称: Outer doublet 4 of Chlamydomonas axoneme in the proximal region
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Flagella were isolated from Chlamydomonas / Number unique components: 1

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超分子 #1: flagellum

超分子名称: flagellum / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: axoneme, cilia / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: c137 (mt+) / 別称: green algae / Organelle: flagella / 細胞中の位置: proximal part of the flagellum

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 30 mM Hepes, pH 7.4, 5 mM MgSO4, 1 mM DTT, 0.5 mM EDTA, 25 mM KCl, 0.5% (wt/vol) polyethylene glycol (MW 20,000)
グリッド詳細: 300 mesh Quantifoil Holey Carbon copper grid R2/1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 110 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Offset -3, Blot 3s, Drain time 0s

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 93 K / 最高: 118 K / 平均: 98 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan Tridiem
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2010年11月26日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
実像数: 496 / 平均電子線量: 60 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 19303 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細R-weighted backprojection using IMOD with fiducial markers. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 61. Average tomographic tilt angle increment: 2.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 41.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
ソフトウェア - 名称: IMOD, BSOFT, SPIDER, TOM, package, Matlab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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