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万見
- EMDB-21212: Structure of CD20 in complex with rituximab Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21212
タイトルStructure of CD20 in complex with rituximab Fab
マップデータSharpened map, used for figure making and model building.
試料
  • 複合体: CD20 in complex with rituximab Fab
    • タンパク質・ペプチド: B-lymphocyte antigen CD20
    • タンパク質・ペプチド: Rituximab Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Rituximab Fab light chain
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードMS4A1 / CD20 / human / Rituximab / therapeutic / antibody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / calcium ion import into cytosol / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / epidermal growth factor receptor binding / B cell activation / B cell proliferation / humoral immune response / plasma membrane raft / immunoglobulin binding / B cell differentiation ...store-operated calcium entry / calcium ion import into cytosol / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / epidermal growth factor receptor binding / B cell activation / B cell proliferation / humoral immune response / plasma membrane raft / immunoglobulin binding / B cell differentiation / B cell receptor signaling pathway / protein tetramerization / response to bacterium / MHC class II protein complex binding / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family / CD20-like family
類似検索 - ドメイン・相同性
B-lymphocyte antigen CD20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Rohou A
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure of CD20 in complex with the therapeutic monoclonal antibody rituximab.
著者: Lionel Rougé / Nancy Chiang / Micah Steffek / Christine Kugel / Tristan I Croll / Christine Tam / Alberto Estevez / Christopher P Arthur / Christopher M Koth / Claudio Ciferri / Edward Kraft ...著者: Lionel Rougé / Nancy Chiang / Micah Steffek / Christine Kugel / Tristan I Croll / Christine Tam / Alberto Estevez / Christopher P Arthur / Christopher M Koth / Claudio Ciferri / Edward Kraft / Jian Payandeh / Gerald Nakamura / James T Koerber / Alexis Rohou /
要旨: Cluster of differentiation 20 (CD20) is a B cell membrane protein that is targeted by monoclonal antibodies for the treatment of malignancies and autoimmune disorders but whose structure and function ...Cluster of differentiation 20 (CD20) is a B cell membrane protein that is targeted by monoclonal antibodies for the treatment of malignancies and autoimmune disorders but whose structure and function are unknown. Rituximab (RTX) has been in clinical use for two decades, but how it activates complement to kill B cells remains poorly understood. We obtained a structure of CD20 in complex with RTX, revealing CD20 as a compact double-barrel dimer bound by two RTX antigen-binding fragments (Fabs), each of which engages a composite epitope and an extensive homotypic Fab:Fab interface. Our data suggest that RTX cross-links CD20 into circular assemblies and lead to a structural model for complement recruitment. Our results further highlight the potential relevance of homotypic Fab:Fab interactions in targeting oligomeric cell-surface markers.
履歴
登録2020年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月26日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.244
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.244
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vja
  • 表面レベル: 0.244
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21212.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21212.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map, used for figure making and model building.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 310 pix.
= 310. Å		1 Å/pix.
x 310 pix.
= 310. Å		1 Å/pix.
x 310 pix.
= 310. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.244 / ムービー #1: 0.244
最小 - 最大-0.6907387 - 1.2992085
平均 (標準偏差)-0.002559343 (±0.037191927)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ310310310
Spacing310310310
セルA=B=C: 310.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z310310310
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z310.000310.000310.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS310310310
D min/max/mean-0.6911.299-0.003

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21212_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: FSC map 1

ファイルemd_21212_half_map_1.map
注釈FSC map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: FSC map 2

ファイルemd_21212_half_map_2.map
注釈FSC map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CD20 in complex with rituximab Fab

全体名称: CD20 in complex with rituximab Fab
要素
  • 複合体: CD20 in complex with rituximab Fab
    • タンパク質・ペプチド: B-lymphocyte antigen CD20
    • タンパク質・ペプチド: Rituximab Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Rituximab Fab light chain
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: CD20 in complex with rituximab Fab

超分子名称: CD20 in complex with rituximab Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 135 KDa

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分子 #1: B-lymphocyte antigen CD20

分子名称: B-lymphocyte antigen CD20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.320789 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGSTQSFFMR ESKTLGAVQI MNGLFHIALG GLLMIPAGIY APICVTVWYP LWGGIMYIIS GSLLAATEKN SRKCLVKGKM IMNSLSLFA AISGMILSIM DILNIKISHF LKMESLNFIR AHTPYINIYN CEPANPSEKN SPSTQYCYSI QSLFLGILSV M LIFAFFQE ...文字列:
MGSTQSFFMR ESKTLGAVQI MNGLFHIALG GLLMIPAGIY APICVTVWYP LWGGIMYIIS GSLLAATEKN SRKCLVKGKM IMNSLSLFA AISGMILSIM DILNIKISHF LKMESLNFIR AHTPYINIYN CEPANPSEKN SPSTQYCYSI QSLFLGILSV M LIFAFFQE LVIAGIVENE WKRTCSRPKS NIVLLSAEEK KEQTIEIKEE VVGLTETSSQ PKNEEDIEII PIQEEEEEET ET NFPEPPQ DQESSPIEND SSPGNSENLY FQGHHHHHHH H

UniProtKB: B-lymphocyte antigen CD20

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分子 #2: Rituximab Fab heavy chain

分子名称: Rituximab Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.733541 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QVQLQQPGAE LVKPGASVKM SCKASGYTFT SYNMHWVKQT PGRGLEWIGA IYPGNGDTSY NQKFKGKATL TADKSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCARS TYYGGDWYFN VWGAGTTVTV SAASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLQQPGAE LVKPGASVKM SCKASGYTFT SYNMHWVKQT PGRGLEWIGA IYPGNGDTSY NQKFKGKATL TADKSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCARS TYYGGDWYFN VWGAGTTVTV SAASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSC

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分子 #3: Rituximab Fab light chain

分子名称: Rituximab Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.078623 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QIVLSQSPAI LSASPGEKVT MTCRASSSVS YIHWFQQKPG SSPKPWIYAT SNLASGVPVR FSGSGSGTSY SLTISRVEAE DAATYYCQQ WTSNPPTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
QIVLSQSPAI LSASPGEKVT MTCRASSSVS YIHWFQQKPG SSPKPWIYAT SNLASGVPVR FSGSGSGTSY SLTISRVEAE DAATYYCQQ WTSNPPTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #4: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris
150.0 mMNaCl
0.01 %GDN
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 5s blot time.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 24743 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 58906 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4114800
詳細: 15,630 movies were selected because of the quality of their CTF fits. 4,114,800 coordinates were selected, leading to 466,632 particles which clustered into high-quality 2D class averages
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 詳細: No data beyond 1/5 A-1 were used in refinement / 使用した粒子像数: 149322
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cisTEM
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2osl


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Atomic model for CD20 was built ab initio and manually in COOT. It was then re-built using ISOLDE, and finally refined in Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6vja:
Structure of CD20 in complex with rituximab Fab

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原子モデル構築 2

詳細The X-ray crystallographic atomic model for Rituximab Fab was rigid-body fit into the map, modified using Cootand ISOLDE, and refined with Phenix
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6vja:
Structure of CD20 in complex with rituximab Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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