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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2114 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet 2 in the distal region of Chlamydomonas axoneme | |||||||||
![]() | Reconstruction of outer doublet 2 of the Chlamydomonas axoneme in the distal region. | |||||||||
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![]() | axoneme / dynein / Chlamydomonas / microtubule doublet | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 47.0 Å | |||||||||
![]() | Bui KH / Yagi T / Yamamoto R / Kamiya R / Ishikawa T | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Polarity and asymmetry in the arrangement of dynein and related structures in the Chlamydomonas axoneme. 著者: Khanh Huy Bui / Toshiki Yagi / Ryosuke Yamamoto / Ritsu Kamiya / Takashi Ishikawa / ![]() 要旨: Understanding the molecular architecture of the flagellum is crucial to elucidate the bending mechanism produced by this complex organelle. The current known structure of the flagellum has not yet ...Understanding the molecular architecture of the flagellum is crucial to elucidate the bending mechanism produced by this complex organelle. The current known structure of the flagellum has not yet been fully correlated with the complex composition and localization of flagellar components. Using cryoelectron tomography and subtomogram averaging while distinguishing each one of the nine outer doublet microtubules, we systematically collected and reconstructed the three-dimensional structures in different regions of the Chlamydomonas flagellum. We visualized the radial and longitudinal differences in the flagellum. One doublet showed a distinct structure, whereas the other eight were similar but not identical to each other. In the proximal region, some dyneins were missing or replaced by minor dyneins, and outer-inner arm dynein links were variable among different microtubule doublets. These findings shed light on the intricate organization of Chlamydomonas flagella, provide clues to the mechanism that produces asymmetric flagellar beating, and pose a new challenge for the functional study of the flagella. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 25.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 193.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 219.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 218.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2113C ![]() 2115C ![]() 2116C ![]() 2117C ![]() 2118C ![]() 2119C ![]() 2120C ![]() 2121C ![]() 2122C ![]() 2123C ![]() 2124C ![]() 2125C ![]() 2126C ![]() 2127C ![]() 2128C ![]() 2129C ![]() 2130C ![]() 2131C ![]() 2132C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of outer doublet 2 of the Chlamydomonas axoneme in the distal region. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Outer doublet 2 of Chlamydomonas axoneme in the distal region
全体 | 名称: Outer doublet 2 of Chlamydomonas axoneme in the distal region |
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要素 |
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-超分子 #1000: Outer doublet 2 of Chlamydomonas axoneme in the distal region
超分子 | 名称: Outer doublet 2 of Chlamydomonas axoneme in the distal region タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Flagella were isolated from Chlamydomonas. / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: flagellum
超分子 | 名称: flagellum / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: axoneme, cilia / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: c137 (mt+) / 別称: green algae / Organelle: flagellum / 細胞中の位置: distal part of the flagella |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 30 mM Hepes, pH 7.4, 5 mM MgSO4, 1 mM DTT, 0.5 mM EDTA, 25 mM KCl, and 0.5% (wt/vol) polyethylene glycol (MW 20,000) |
グリッド | 詳細: 300 mesh Quantifoil Holey Carbon copper grid R2/1 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 110 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Offset -3, blot 3 seconds, drain time 0 second |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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温度 | 最低: 93 K / 最高: 118 K / 平均: 98 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan Tridem エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2010年11月26日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k) 実像数: 548 / 平均電子線量: 60 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 19303 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 倍率(公称値): 27500 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626, liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
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画像解析
詳細 | R-weighted back projection using IMOD with fiducial markers. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 61. Average tomographic tilt angle increment: 2. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 47.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF ソフトウェア - 名称: IMOD, BSOFT, SPIDER, TOM, package, Matlab |