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万見
- EMDB-2100: Location of the dsRNA-dependent polymerase, VP1, in rotavirus par... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2100
タイトルLocation of the dsRNA-dependent polymerase, VP1, in rotavirus particles
マップデータreconstruction of rotavirus DLP+VP1 (polymerase)
試料
  • 試料: Rotavirus DLP+VP1
  • タンパク質・ペプチド: Rotavirus polymerase (VP1)
  • タンパク質・ペプチド: VP1
  • タンパク質・ペプチド: VP2
  • タンパク質・ペプチド: VP3
  • RNA: dsRNA
キーワードrotavirus / dsRNA-dependent / polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / virion component / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP1 RNA-directed RNA polymerase, C-terminal / Viral RNA-directed RNA polymerase, 4-helical domain / Rotavirus VP1 C-terminal domain / RNA-directed RNA polymerase, luteovirus / Viral RNA-directed RNA-polymerase / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine rotavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Estrozi LF / Settembre EC / Goret G / McClain B / Zhang X / Chen JZ / Grigorieff N / Harrison SC
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2013
タイトル: Location of the dsRNA-dependent polymerase, VP1, in rotavirus particles.
著者: Leandro F Estrozi / Ethan C Settembre / Gaël Goret / Brian McClain / Xing Zhang / James Z Chen / Nikolaus Grigorieff / Stephen C Harrison /
要旨: Double-stranded RNA (dsRNA) viruses transcribe and replicate RNA within an assembled, inner capsid particle; only plus-sense mRNA emerges into the intracellular milieu. During infectious entry of a ...Double-stranded RNA (dsRNA) viruses transcribe and replicate RNA within an assembled, inner capsid particle; only plus-sense mRNA emerges into the intracellular milieu. During infectious entry of a rotavirus particle, the outer layer of its three-layer structure dissociates, delivering the inner double-layered particle (DLP) into the cytosol. DLP structures determined by X-ray crystallography and electron cryomicroscopy (cryoEM) show that the RNA coils uniformly into the particle interior, avoiding a "fivefold hub" of more structured density projecting inward from the VP2 shell of the DLP along each of the twelve 5-fold axes. Analysis of the X-ray crystallographic electron density map suggested that principal contributors to the hub are the N-terminal arms of VP2, but reexamination of the cryoEM map has shown that many features come from a molecule of VP1, randomly occupying five equivalent and partly overlapping positions. We confirm here that the electron density in the X-ray map leads to the same conclusion, and we describe the functional implications of the orientation and position of the polymerase. The exit channel for the nascent transcript directs the nascent transcript toward an opening along the 5-fold axis. The template strand enters from within the particle, and the dsRNA product of the initial replication step exits in a direction tangential to the inner surface of the VP2 shell, allowing it to coil optimally within the DLP. The polymerases of reoviruses appear to have similar positions and functional orientations.
履歴
登録2012年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年6月14日-
マップ公開2012年6月14日-
更新2013年1月9日-
現状2013年1月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0004844
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0004844
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4au6
  • 表面レベル: 0.0004844
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4au6
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2100.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2100.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of rotavirus DLP+VP1 (polymerase)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 140 pix.
= 237.5 Å		1.7 Å/pix.
x 279 pix.
= 473.304 Å		1.7 Å/pix.
x 140 pix.
= 237.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69643 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0004844 / ムービー #1: 0.0004844
最小 - 最大-0.00405112 - 0.00763549
平均 (標準偏差)0.00004119 (±0.00069179)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1390-139
サイズ279140140
Spacing279140140
セルA: 237.5 Å / B: 473.30356 Å / C: 237.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.69642857142861.69643010752691.6964285714286
M x/y/z140279140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z237.500473.304237.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128168
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0-139-139
NC/NR/NS140279140
D min/max/mean-0.0040.0080.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rotavirus DLP+VP1

全体名称: Rotavirus DLP+VP1
要素
  • 試料: Rotavirus DLP+VP1
  • タンパク質・ペプチド: Rotavirus polymerase (VP1)
  • タンパク質・ペプチド: VP1
  • タンパク質・ペプチド: VP2
  • タンパク質・ペプチド: VP3
  • RNA: dsRNA

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超分子 #1000: Rotavirus DLP+VP1

超分子名称: Rotavirus DLP+VP1 / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 780 molecules of VP6 form a DLP particle with 12 molecules of VP1, 120 molecules of VP2, 12 molecules of VP3 and 11 dsRNA molecules
Number unique components: 5

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分子 #1: Rotavirus polymerase (VP1)

分子名称: Rotavirus polymerase (VP1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: VP1
詳細: The icosahedral 3D reconstruction of rotavirus DLP shows extra-density near the 5-fold axis corresponding to one copy of VP1 attached to the DLP inner surface.
コピー数: 11 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bovine rotavirus (ウイルス) / 別称: Rotavirus
分子量理論値: 126.326 KDa

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分子 #2: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: VP1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bovine rotavirus (ウイルス) / 別称: Rotavirus

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分子 #3: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: VP2 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bovine rotavirus (ウイルス) / 別称: Rotavirus

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分子 #4: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: VP3 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bovine rotavirus (ウイルス) / 別称: Rotavirus

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分子 #5: dsRNA

分子名称: dsRNA / タイプ: rna / ID: 5 / Name.synonym: dsRNA / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Bovine rotavirus (ウイルス) / 別称: Rotavirus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: Lacy carbon and C-flat
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Home-made. Vitrification carried out in air at room temperature
手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected
日付2007年6月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 386 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 56540 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric, side-entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping for each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RIco, and, FPM / 使用した粒子像数: 7000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2r7o


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: URO and VEDA
詳細Protocol: Rigid body. The Fourier coefficients of VP1 were downweighted by a factor 5 in order to prevent VP1 from being "attracted" by the stronger density of the VP2/6 layer during the fit. matrix 1 0.286272 -0.958148 -0.000156 150.76188 0.573968 0.171358 0.800748 -71.02608 -0.767209 -0.229322 0.599001 -168.57402 matrix 2 -0.084128 -0.546853 -0.832991 184.93534 0.025364 -0.836859 0.546831 15.73129 -0.996132 0.024876 0.084274 -147.45338 matrix 3 0.245240 0.395934 -0.884926 125.30383 -0.558295 -0.688567 -0.462799 80.75011 -0.792568 0.607546 0.052184 -184.30794 matrix 4 0.819204 0.567290 -0.084182 54.27816 -0.370407 0.411304 -0.832843 34.17286 -0.437839 0.713450 0.547070 -228.20418 matrix 5 0.844563 -0.269594 0.462637 70.01368 0.329383 0.942768 -0.051920 -59.62970 -0.422162 0.196234 0.885026 -218.47982
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-4au6:
Location of the dsRNA-dependent polymerase, VP1, in rotavirus particles

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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