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万見
- EMDB-20911: Group 1 H1 influenza stem nanoparticle with a group 2-like N-link... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20911
タイトルGroup 1 H1 influenza stem nanoparticle with a group 2-like N-linked glycosylation site at position 38
マップデータMap after postprocessing
試料
  • 複合体: H1ssF gN38
    • タンパク質・ペプチド: H1ssF gN38
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Tsybovsky Y / Stephens T / Kanekiyo M / Graham BS
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Glycan repositioning of influenza hemagglutinin stem facilitates the elicitation of protective cross-group antibody responses.
著者: Seyhan Boyoglu-Barnum / Geoffrey B Hutchinson / Jeffrey C Boyington / Syed M Moin / Rebecca A Gillespie / Yaroslav Tsybovsky / Tyler Stephens / John R Vaile / Julia Lederhofer / Kizzmekia S ...著者: Seyhan Boyoglu-Barnum / Geoffrey B Hutchinson / Jeffrey C Boyington / Syed M Moin / Rebecca A Gillespie / Yaroslav Tsybovsky / Tyler Stephens / John R Vaile / Julia Lederhofer / Kizzmekia S Corbett / Brian E Fisher / Hadi M Yassine / Sarah F Andrews / Michelle C Crank / Adrian B McDermott / John R Mascola / Barney S Graham / Masaru Kanekiyo /
要旨: The conserved hemagglutinin (HA) stem has been a focus of universal influenza vaccine efforts. Influenza A group 1 HA stem-nanoparticles have been demonstrated to confer heterosubtypic protection in ...The conserved hemagglutinin (HA) stem has been a focus of universal influenza vaccine efforts. Influenza A group 1 HA stem-nanoparticles have been demonstrated to confer heterosubtypic protection in animals; however, the protection does not extend to group 2 viruses, due in part to differences in glycosylation between group 1 and 2 stems. Here, we show that introducing the group 2 glycan at Asn38 to a group 1 stem-nanoparticle (gN38 variant) based on A/New Caledonia/20/99 (H1N1) broadens antibody responses to cross-react with group 2 HAs. Immunoglobulins elicited by the gN38 variant provide complete protection against group 2 H7N9 virus infection, while the variant loses protection against a group 1 H5N1 virus. The N38 glycan thus is pivotal in directing antibody responses by controlling access to group-determining stem epitopes. Precise targeting of stem-directed antibody responses to the site of vulnerability by glycan repositioning may be a step towards achieving cross-group influenza protection.
履歴
登録2019年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月18日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20911.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map after postprocessing
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.58 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.06673043 - 0.24979585
平均 (標準偏差)0.0022789224 (±0.018228566)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 284.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.581.581.58
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z284.400284.400284.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0670.2500.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20911_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map before postprocessing

ファイルemd_20911_additional.map
注釈Map before postprocessing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map before postprocessing

ファイルemd_20911_additional_1.map
注釈Map before postprocessing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_20911_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_20911_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : H1ssF gN38

全体名称: H1ssF gN38
要素
  • 複合体: H1ssF gN38
    • タンパク質・ペプチド: H1ssF gN38

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超分子 #1: H1ssF gN38

超分子名称: H1ssF gN38 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Ferritin-based nanoparticle displaying Influenza hemagglutinin stems
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293 Expi
分子量理論値: 1.031 MDa

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分子 #1: H1ssF gN38

分子名称: H1ssF gN38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKAKLLVLLC TFTATYADTI CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTNSTNLG SGLRMVTGLR NIPQRETRGL FGAIAGFIEG GWTGMVDGWY GYHHQNEQGS GYAADQKSTQ NAINGITNMV NSVIEKMGSG GSGTDLAELL VLLLNERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN ...文字列:
MKAKLLVLLC TFTATYADTI CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTNSTNLG SGLRMVTGLR NIPQRETRGL FGAIAGFIEG GWTGMVDGWY GYHHQNEQGS GYAADQKSTQ NAINGITNMV NSVIEKMGSG GSGTDLAELL VLLLNERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNNECM ESVKNGTYDY PKYSEESKLN REKIDSGGDI IKLLNEQVNK EMQSSNLYMS MSSWCYTHSL DGAGLFLFDH AAEEYEHAKK LIIFLNENNV PVQLTSISAP EHKFEGLTQI FQKAYEHEQH ISESINNIVD HAIKSKDHAT FNFLQWYVAE QHEEEVLFKD ILDKIELIGN ENHGLYLADQ YVKGIAKSRK SGS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Drop volume: 2.7 microliters.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 248 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 168964
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The initial model was obtained using EMAN2 from selected 2D class averages.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 33531
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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