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- EMDB-20908: CryoEM structure of VcCascasde-TniQ complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20908
タイトルCryoEM structure of VcCascasde-TniQ complex
マップデータComposite map of different focused refinement
試料
  • 複合体: protein complex 5
    • タンパク質・ペプチド: Cas6
    • タンパク質・ペプチド: Cas8/5
    • タンパク質・ペプチド: Cas7
    • タンパク質・ペプチド: TniQ
    • Other: crRNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas8_HelicalBundle
  • リガンド: ZINC ION
生物種Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) / Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chang L / Li Z / Zhang H
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of a type I-F CRISPR RNA guided surveillance complex bound to transposition protein TniQ.
著者: Zhuang Li / Heng Zhang / Renjian Xiao / Leifu Chang /
履歴
登録2019年11月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月4日-
マップ公開2020年1月29日-
更新2020年2月19日-
現状2020年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0215
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0215
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6uvn
  • 表面レベル: 0.0215
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20908.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20908.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of different focused refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0215 / ムービー #1: 0.0215
最小 - 最大-0.00093098026 - 0.25181502
平均 (標準偏差)0.0009809743 (±0.0060463212)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z268.800268.800268.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0010.2520.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : protein complex 5

全体名称: protein complex 5
要素
  • 複合体: protein complex 5
    • タンパク質・ペプチド: Cas6
    • タンパク質・ペプチド: Cas8/5
    • タンパク質・ペプチド: Cas7
    • タンパク質・ペプチド: TniQ
    • Other: crRNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas8_HelicalBundle
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: protein complex 5

超分子名称: protein complex 5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)

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分子 #1: Cas6

分子名称: Cas6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 25.136523 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPNSSMVK WYYKTITFLP ELCNNESLAA KCLRVLHGFN YQYETRNIGV SFPLWCDATV GKKISFVSKN KIELDLLLK QHYFVQMEQL QYFHISNTVL VPEDCTYVSF RRCQSIDKLT AAGLARKIRR LEKRALSRGE QFDPSSFAQK E HTAIAHYH ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPNSSMVK WYYKTITFLP ELCNNESLAA KCLRVLHGFN YQYETRNIGV SFPLWCDATV GKKISFVSKN KIELDLLLK QHYFVQMEQL QYFHISNTVL VPEDCTYVSF RRCQSIDKLT AAGLARKIRR LEKRALSRGE QFDPSSFAQK E HTAIAHYH SLGESSKQTN RNFRLNIRML SEQPREGNSI FSSYGLSNSE NSFQPVPLI

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分子 #2: Cas8/5

分子名称: Cas8/5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 72.29493 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKF PDIRSEGVIR TQALGELPSF LLSSSKIPPY HWSYSHDSKY VNKSAFLTNE FCWDGEISCL GELLKDADHP L WNTLKKLG ...文字列:
MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKF PDIRSEGVIR TQALGELPSF LLSSSKIPPY HWSYSHDSKY VNKSAFLTNE FCWDGEISCL GELLKDADHP L WNTLKKLG CSQKTCKAMA KQLADITLTT INVTLAPNYL TQISLPDSDT SYISLSPVAS LSMQSHFHQR LQDENRHSAI TR FSRTTNM GVTAMTCGGA FRMLKSGAKF SSPPHHRLNS KRSWLTSEHV QSLKQYQRLN KSLIPENSRI ALRRKYKIEL QNM VRSWFA MQDHTLDSNI LIQHLNHDLS YLGATKRFAY DPAMTKLFTE LLKRELSNSI NNGEQHTNGS FLVLPNIRVC GATA LSSPV TVGIPSLTAF FGFVHAFERN INRTTSSFRV ESFAICVHQL HVEKRGLTAE FVEKGDGTIS APATRDDWQC DVVFS LILN TNFAQHIDQD TLVTSLPKRL ARGSAKIAID DFKHINSFST LETAIESLPI EAGRWLSLYA QSNNNLSDLL AAMTED HQL MASCVGYHLL EEPKDKPNSL RGYKHAIAEC IIGLINSITF SSETDPNTIF WSLKNYQNYL VVQPRSINDE TTDKSSL

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分子 #3: Cas7

分子名称: Cas7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 40.185352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MADLKLPTNL AYERSIDPSD VCFFVVWPDD RKTPLTYNSR TLLGQMEAAS LAYDVSGQPI KSATAEALAQ GNPHQVDFCH VPYGASHIE CSFSVSFSSE LRQPYKCNSS KVKQTLVQLV ELYETKIGWT ELATRYLMNI CNGKWLWKNT RKAYCWNIVL T PWPWNGEK ...文字列:
MADLKLPTNL AYERSIDPSD VCFFVVWPDD RKTPLTYNSR TLLGQMEAAS LAYDVSGQPI KSATAEALAQ GNPHQVDFCH VPYGASHIE CSFSVSFSSE LRQPYKCNSS KVKQTLVQLV ELYETKIGWT ELATRYLMNI CNGKWLWKNT RKAYCWNIVL T PWPWNGEK VGFEDIRTNY TSRQDFKNNK NWSAIVEMIK TAFSSTDGLA IFEVRATLHL PTNAMVRPSQ VFTEKESGSK SK SKTQNSR VFQSTTIDGE RSPILGAFKT GAAIATIDDW YPEATEPLRV GRFGVHREDV TCYRHPSTGK DFFSILQQAE HYI EVLSAN KTPAQETIND MHFLMANLIK GGMFQHKGD

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分子 #4: TniQ

分子名称: TniQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 45.597867 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MFLQRPKPYS DESLESFFIR VANKNGYGDV HRFLEATKRF LQDIDHNGYQ TFPTDITRIN PYSAKNSSSA RTASFLKLAQ LTFNEPPEL LGLAINRTNM KYSPSTSAVV RGAEVFPRSL LRTHSIPCCP LCLRENGYAS YLWHFQGYEY CHSHNVPLIT T CSCGKEFD ...文字列:
MFLQRPKPYS DESLESFFIR VANKNGYGDV HRFLEATKRF LQDIDHNGYQ TFPTDITRIN PYSAKNSSSA RTASFLKLAQ LTFNEPPEL LGLAINRTNM KYSPSTSAVV RGAEVFPRSL LRTHSIPCCP LCLRENGYAS YLWHFQGYEY CHSHNVPLIT T CSCGKEFD YRVSGLKGIC CKCKEPITLT SRENGHEAAC TVSNWLAGHE SKPLPNLPKS YRWGLVHWWM GIKDSEFDHF SF VQFFSNW PRSFHSIIED EVEFNLEHAV VSTSELRLKD LLGRLFFGSI RLPERNLQHN IILGELLCYL ENRLWQDKGL IAN LKMNAL EATVMLNCSL DQIASMVEQR ILKPNRKSKP NSPLDVTDYL FHFGDIFCLW LAEFQSDEFN RSFYVSRW

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分子 #6: Cas8_HelicalBundle

分子名称: Cas8_HelicalBundle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 8.358294 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)

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分子 #5: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: other / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 19.554586 KDa
配列文字列:
CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG GUUCACUGCC GUGUAGGCA(DG) C
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 582000
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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