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- EMDB-20875: Upper fiber-focused reconstruction of the Staphylococcus aureus p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20875
タイトルUpper fiber-focused reconstruction of the Staphylococcus aureus phage 80alpha baseplate
マップデータC6, full particle reconstruction following C6, FibU-focused 3D classification of non-FibU signal-subtracted particles. Locally autosharpened in Phenix and used for final FibU model refinement.
試料
  • 複合体: Staphylococcus phage 80alpha baseplate
    • タンパク質・ペプチド: Major Tail Protein
    • タンパク質・ペプチド: Distal Tail Protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail-Associated Lysin
    • タンパク質・ペプチド: Receptor Binding Protein
    • タンパク質・ペプチド: Fiber Lower
    • タンパク質・ペプチド: Fiber Upper
    • タンパク質・ペプチド: Tape Measure Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral tail assembly / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage 69, Orf23, major tail protein / Prophage tail endopeptidase / Prophage endopeptidase tail / Siphovirus-type tail component / Phage tail protein RIFT-related domain / BppU, N-terminal / BppU N-terminal domain / : / Phage 5-bladed beta propeller receptor binding platform domain / Phage major tail protein TP901-1 ...Bacteriophage 69, Orf23, major tail protein / Prophage tail endopeptidase / Prophage endopeptidase tail / Siphovirus-type tail component / Phage tail protein RIFT-related domain / BppU, N-terminal / BppU N-terminal domain / : / Phage 5-bladed beta propeller receptor binding platform domain / Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / : / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Major tail protein / Tape measure protein / Siphovirus-type tail component RIFT-related domain-containing protein / Peptidase / Minor structure protein / BppU N-terminal domain-containing protein / Tail fiber protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.14 Å
データ登録者Kizziah JL / Dokland T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesR01 AI083255 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Structure of the host cell recognition and penetration machinery of a Staphylococcus aureus bacteriophage.
著者: James L Kizziah / Keith A Manning / Altaira D Dearborn / Terje Dokland /
要旨: Staphylococcus aureus is a common cause of infections in humans. The emergence of virulent, antibiotic-resistant strains of S. aureus is a significant public health concern. Most virulence and ...Staphylococcus aureus is a common cause of infections in humans. The emergence of virulent, antibiotic-resistant strains of S. aureus is a significant public health concern. Most virulence and resistance factors in S. aureus are encoded by mobile genetic elements, and transduction by bacteriophages represents the main mechanism for horizontal gene transfer. The baseplate is a specialized structure at the tip of bacteriophage tails that plays key roles in host recognition, cell wall penetration, and DNA ejection. We have used high-resolution cryo-electron microscopy to determine the structure of the S. aureus bacteriophage 80α baseplate at 3.75 Å resolution, allowing atomic models to be built for most of the major tail and baseplate proteins, including two tail fibers, the receptor binding protein, and part of the tape measure protein. Our structure provides a structural basis for understanding host recognition, cell wall penetration and DNA ejection in viruses infecting Gram-positive bacteria. Comparison to other phages demonstrates the modular design of baseplate proteins, and the adaptations to the host that take place during the evolution of staphylococci and other pathogens.
履歴
登録2019年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2020年3月4日-
更新2020年3月4日-
現状2020年3月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6v8i
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20875.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20875.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C6, full particle reconstruction following C6, FibU-focused 3D classification of non-FibU signal-subtracted particles. Locally autosharpened in Phenix and used for final FibU model refinement.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.21 Å/pix.
x 512 pix.
= 619.52 Å		1.21 Å/pix.
x 512 pix.
= 619.52 Å		1.21 Å/pix.
x 512 pix.
= 619.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.21 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 4.5
最小 - 最大-17.946463 - 28.21013
平均 (標準偏差)-0.00092940364 (±0.9847394)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 619.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.211.211.21
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z619.520619.520619.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-17.94628.210-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus phage 80alpha baseplate

全体名称: Staphylococcus phage 80alpha baseplate
要素
  • 複合体: Staphylococcus phage 80alpha baseplate
    • タンパク質・ペプチド: Major Tail Protein
    • タンパク質・ペプチド: Distal Tail Protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail-Associated Lysin
    • タンパク質・ペプチド: Receptor Binding Protein
    • タンパク質・ペプチド: Fiber Lower
    • タンパク質・ペプチド: Fiber Upper
    • タンパク質・ペプチド: Tape Measure Protein

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超分子 #1: Staphylococcus phage 80alpha baseplate

超分子名称: Staphylococcus phage 80alpha baseplate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: 80alpha baseplate attached to fully formed tails with no capsids
由来(天然)生物種: Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス) / 株: ST247
組換発現生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 3.7 MDa

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分子 #1: Major Tail Protein

分子名称: Major Tail Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
組換発現生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
配列文字列: MANMKNSNDR IILFRKAGEK VDATKMLFLT EYGLSHEADT DTEDTMDGSY NTGGSVESTM SGTAKMFYGD DFADEIEDAV VDRVLYEAWE VESRIPGKNG DSAKFKAKYF QGFHNKFELK AEANGIDEYE YEYGVNGRFQ RGFATLPEAV TKKLKATGYR FHDTTKEDAL ...文字列:
MANMKNSNDR IILFRKAGEK VDATKMLFLT EYGLSHEADT DTEDTMDGSY NTGGSVESTM SGTAKMFYGD DFADEIEDAV VDRVLYEAWE VESRIPGKNG DSAKFKAKYF QGFHNKFELK AEANGIDEYE YEYGVNGRFQ RGFATLPEAV TKKLKATGYR FHDTTKEDAL TSEDLTAIPQ PKVDSSTVTP GEV

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分子 #2: Distal Tail Protein

分子名称: Distal Tail Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
組換発現生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
配列文字列: MDIELTKKDG TVIKLSEYGF IVNDIVIDSM QINTKYQDKE NMNGRILMGS NYISRDIVVP CFCKVKNRSD IAYMRDMLYS LTTDIEPMYL REIRRKEELN YRFTQPTSDD YVKLDKNNFP DYEYSRHDQQ IYVNGKQYKV IFNGVINPKQ KGNKVSFELK FETTELPYGE ...文字列:
MDIELTKKDG TVIKLSEYGF IVNDIVIDSM QINTKYQDKE NMNGRILMGS NYISRDIVVP CFCKVKNRSD IAYMRDMLYS LTTDIEPMYL REIRRKEELN YRFTQPTSDD YVKLDKNNFP DYEYSRHDQQ IYVNGKQYKV IFNGVINPKQ KGNKVSFELK FETTELPYGE SIGTSLELEE NKKVGLWSFD FNIDWHAGGD KRKYTFENLS KGTVYYHGSA PNDQFNMYKK ITIILGEDTE SFVWNLTHAE IMKIEGIKLK AGDRIVYDSF RVYKNGVEIS TETNISQPKF KYGANKFEFN QTVQKVQFDL KFYYK

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分子 #3: Tail-Associated Lysin

分子名称: Tail-Associated Lysin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
組換発現生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
配列文字列: MTITIKPPKG NGAPVPVETT LVKKVNADGV LTFDILENKY TYEVINAIGK RWIVSHVEGE NDKKEYVITV IDRKSEGDRQ LVECTAREIP IDKLMIDRIY VNVTGSFTVE RYFNIVFQGT GMLFEVEGKV KSSKFENGGE GDTRLEMFKK GLEHFGLEYK ITYDKKKDRY ...文字列:
MTITIKPPKG NGAPVPVETT LVKKVNADGV LTFDILENKY TYEVINAIGK RWIVSHVEGE NDKKEYVITV IDRKSEGDRQ LVECTAREIP IDKLMIDRIY VNVTGSFTVE RYFNIVFQGT GMLFEVEGKV KSSKFENGGE GDTRLEMFKK GLEHFGLEYK ITYDKKKDRY KFVLTPFANQ KASYFISDEV NANAIKLEED ASDFATFIRG YGNYSGEETF EHAGLVMEAR SALAEIYGDI HAEPFKDGKV TDQETMDKEL QSRLKKSLKQ SLSLDFLVLR ESYPEADPQP GDIVQIKSTK LGLNDLVRIV QVKTIRGINN VIVKQDVTLG EFNREQRYMK KVNTAANYVS GLNDVNLSNP SKAAENLKSK VASIAKSTLD LMSRTDLIED KQQKVSSKTV TTSDGTIVHD FIDKSNIKDV KTIGTIGDSV ARGSHAKTNF TEMLGKKLKA KTTNLARGGA TMATVPIGKE AVENSIYRQA EQIRGDLIIL QGTDDDWLHG YWAGVPIGTD KTDTKTFYGA FCSAIEVIRK NNPASKILVM TATRQCPMSG TMIRRKDTDK NKLGLTLEDY VNAQILACSE LDVPVYDAYH TDYFKPYNPA FRKSSMPDGL HPNERGHEVI MYELIKNYYQ FYG

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分子 #4: Receptor Binding Protein

分子名称: Receptor Binding Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
組換発現生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
配列文字列: MDNKLITDLS RVFDYRYVDE NEYNFKLISD MLTDFNFSLE YHRNKEVFAH NGEQIKYEHL NVTSSVSDFL TYLNGRFSNM VLGHNGDGIN EVKDARVDNT GYDHKTLQDR LYHDYSTLDA FTKKVEKAVD ENYKEYRATE YRFEPKEQEP EFITDLSPYT NAVMQSFWVD ...文字列:
MDNKLITDLS RVFDYRYVDE NEYNFKLISD MLTDFNFSLE YHRNKEVFAH NGEQIKYEHL NVTSSVSDFL TYLNGRFSNM VLGHNGDGIN EVKDARVDNT GYDHKTLQDR LYHDYSTLDA FTKKVEKAVD ENYKEYRATE YRFEPKEQEP EFITDLSPYT NAVMQSFWVD PRTKIIYMTQ ARPGNHYMLS RLKPNGQFID RLLVKNGGHG THNAYRYIGN ELWIYSAVLD ANENNKFVRF QYRTGEITYG NEMQDVMPNI FNDRYTSAIY NPIENLMIFR REYKASERQL KNSLNFVEVR SADDIDKGID KVLYQMDIPM EYTSDTQPMQ GITYDAGILY WYTGDSKPAN PNYLQGFDIK TKELLFKRRI DIGGVNNNFK GDFQEAEGLD MYYDLETGRK ALLIGVTIGP GNNRHHSIYS IGQRGVNQFL KNIAPQVSMT DSGGRVKPLP IQNPAYLSDI TEVGHYYIYT QDTQNALDFP LPKAFRDAGW FFDVLPGHYN GALRQVLTRN STGRNMLKFE RVIDIFNKKN NGAWNFCPQN AGYWEHIPKS ITKLSDLKIV GLDFYITTEE SNRFTDFPKD FKGIAGWILE VKSNTPGNTT QVLRRNNFPS AHQFLVRNFG TGGVGKWSLF EGKVVE

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分子 #5: Fiber Lower

分子名称: Fiber Lower / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
組換発現生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
配列文字列: MVVDNFSKDD NLIELQTTSQ YNPVIDTNIS FYESDRGTGV LNFAVTKNNR PLSISSEHVK TFIVLKTDDY NVDRGAYISD ELTIVDAING RLQYVIPNEF LKHSGKVHAQ AFFTQNGSDN VVVERQFSFN IENDLVSGFD GITKLVYIKS IQDTIEAVGK DFNQLKQNMA ...文字列:
MVVDNFSKDD NLIELQTTSQ YNPVIDTNIS FYESDRGTGV LNFAVTKNNR PLSISSEHVK TFIVLKTDDY NVDRGAYISD ELTIVDAING RLQYVIPNEF LKHSGKVHAQ AFFTQNGSDN VVVERQFSFN IENDLVSGFD GITKLVYIKS IQDTIEAVGK DFNQLKQNMA DTQTLIAKVN DSATKGIQQI EIKQNEAIQA ITATQTSATQ AVTAEFDKIV EKEQAIFERV NEVEQQINGA DLVKGNSTTN WQKSKLTDDY GKAIESYEQS IDSVLSAVNT SRIIHITSAT DAPSFKDIGT VDTPKEDGVD DGSDIPVAPN TLGKSGVLVV YVVDDSTARA TWYPDDSNDE YTKYKISGTW YPFYKKNDGD LTKQFVEETS NNALNQAKQY VDDKFGTTSW QQHKMTEANG QSIQVNLNNA QGDLGYLTAG NYYATRVPDL PGSVESYEGY LSVFVKDDTN KLFNFTPYNS KKIYTRSITN GRLEQQWTVP NEHKSTVLFD GGANGVGTTI NLTEPYTNYS ILLVSGTYPG GVIEGFGLTA LPNAIQLSKA NVVDSDGNGG GIYECLLSKT SSTTLRIDND VYFDLGKTSG SGANANKVTI TKIMGWK

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分子 #6: Fiber Upper

分子名称: Fiber Upper / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
組換発現生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
配列文字列: MYKIKDVETR IKNDGVDLGD IGCRFYTEDE NTASIRIGIN DKQGRIDLKA HGLTPRLHLF MEDGSIFKNE PLIIDDVVKG FITYKIPKKV IKHAGYVRCK LFLEKEEEKI HVANFSFNIV DSGIESAVAK EIDVKLVDDA ITRILKDNAT DLLSKDFKEK IDKDVISYIE ...文字列:
MYKIKDVETR IKNDGVDLGD IGCRFYTEDE NTASIRIGIN DKQGRIDLKA HGLTPRLHLF MEDGSIFKNE PLIIDDVVKG FITYKIPKKV IKHAGYVRCK LFLEKEEEKI HVANFSFNIV DSGIESAVAK EIDVKLVDDA ITRILKDNAT DLLSKDFKEK IDKDVISYIE KNESRFKGAK GDKGEPGQPG AKGEAGKKGE QGAPGKNGTV VSINPDTKMW QIDGKDTDIK AEPELLDKIN IANVEGLEDK LQEVEKIKDT TLNDSKTYTD TKIAELVDSA PESMNTLREL AEAIQNNSIS ESVLQQIGSK VSTEDFEEFK QTLNDLYAPK NHNHDERYVL SSQAFTKQQA DSLYQLKSAS QPTVKIWTGT ENEYNYIYQK DPNTLYLIKG

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分子 #7: Tape Measure Protein

分子名称: Tape Measure Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
組換発現生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
配列文字列: MTEYKIKATI EASVAKFKRQ IDSAVKSVQR FKRVADQTKD VELNANDKKL QKTIKVAKKS LDAFSNKNVK AKLDASIQDL QQKILESNFE LDKLNSKEAS PEVKLQKQKL TKDIAEAENK LSELEKKRVN IDVNADNSKF NRVLKVSKAS LEALNRSKAK AILDVDNSVA ...文字列:
MTEYKIKATI EASVAKFKRQ IDSAVKSVQR FKRVADQTKD VELNANDKKL QKTIKVAKKS LDAFSNKNVK AKLDASIQDL QQKILESNFE LDKLNSKEAS PEVKLQKQKL TKDIAEAENK LSELEKKRVN IDVNADNSKF NRVLKVSKAS LEALNRSKAK AILDVDNSVA NSKIKRTKEE LKSIPNKTRS RLDVDTRLSI PTIYAFKKSL DALPNKKTTK VDVDTNGLKK VYAYIIKAND NFQRQMGNLA NMFRVFGTVG SNMVGGLLTS SFSILIPVIA SVVPVVFALL NAIKVLTGGV LALGGAVAIA GAGFVAFGAM AISAIKMLND GTLQASSATN EYKKALDGVK SAWTDIIKQN QSAIFTTLAN GLNTVKTAMQ SLQPFFSGIS RGMEEASQSV LKWAENSSVA SRFFNMMNTT GVSVFNKLLS AAGGFGDGLV NVFTQLAPLF QWSADWLDRL GQSFSNWANS AAGENSITRF IEYTKTNLPI IGNIFKNVFA GINNLMNAFS GSSTGIFQSL EQMTAKFREW SEQVGQSQGF KDFVSYIQTN GPLIMQLIGN IARGLVAFAT AMAPIASAVL RVAVAITGWI ANLFEAHPAT AQLVGVIITL VGAFRFLIAP ILAVMDFLGP LAARLVALVT KFGWAKTGTL VLSKAMTSLK GPIKLVTAIF QLLFGKIGLI RNAITGLVTV FGILGGPITI VIGVIAALIA IFVLLWNKNE GFRNFIINAW NAIKTFMVNV WNVLKAVASV VWNAILTAIT TAVSNVYNFI MIVWNQIVAY LQGLWNGIIA IATTVWNLLV TIITTVFTTI MTIVMTIWTA IWTFLSTIWN TIITIATTIW NLLVTVITTV FTTIMTIAMT IWNAIWTFLQ TLWNTIVTVA TKVWNAITTA ISTALQAAWS FISNIWNTIW SFLSGILTTI WNKVVSIFTQ VVSTISDKMS QAWNFIVTKG MQWVSTITST LINFVNRVIQ GFVNVVNKVS QGMTNAVNKI KSFIGDFVSA GADMIRGLIR GIGQMAGQLV DAAKNVAKKA LDAAKSALGI HSPSREFMDV GMYSMLGFVK GIDNHSSKVI RNVSNVADKV VDAFQPTLNA PDISSITGNL SNLGGNINAQ VQHTHSIETS PNMKTVKVEF DVNNDALTSI VNGRNAKRNS EYYL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloric acid
50.0 mMsodium chlorideNaCl
1.0 mMmagnesium sulfateMgSO4
4.0 mMcalcium chlorideCaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: NICKEL / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細80alpha tails (with baseplates) purified by centrifugation, polyethylene glycol precipitation, and CsCl density gradation

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-37 / 撮影したグリッド数: 10 / 実像数: 6483 / 平均露光時間: 1.156 sec. / 平均電子線量: 104.33 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 515106
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06_sm_30_cu8.0_x86_64)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: EMAN2.0 initial model generation
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2) / 使用した粒子像数: 58716
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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