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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20859 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of human CPSF73-CPSF100-Symplekin complex | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of human CPSF73-CPSF100-Symplekin complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun Y / Zhang Y / Walz T / Tong L | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: Structural Insights into the Human Pre-mRNA 3'-End Processing Machinery. 著者: Yixiao Zhang / Yadong Sun / Yongsheng Shi / Thomas Walz / Liang Tong / 要旨: The mammalian pre-mRNA 3'-end-processing machinery consists of cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF), cleavage stimulation factor (CstF), and other proteins, but the overall ...The mammalian pre-mRNA 3'-end-processing machinery consists of cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF), cleavage stimulation factor (CstF), and other proteins, but the overall architecture of this machinery remains unclear. CPSF contains two functionally distinct modules: a cleavage factor (mCF) and a polyadenylation specificity factor (mPSF). Here, we have produced recombinant human CPSF and CstF and examined these factors by electron microscopy (EM). We find that mPSF is the organizational core of the machinery, while the conformations of mCF and CstF and the position of mCF relative to mPSF are highly variable. We have identified by cryo-EM a segment in CPSF100 that tethers mCF to mPSF, and we have named it the PSF interaction motif (PIM). Mutations in the PIM can abolish CPSF formation, indicating that it is a crucial contact in CPSF. We have also obtained reconstructions of mCF and CstF77 by cryo-EM, assembled around the mPSF core. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20859.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20859-v30.xml emd-20859.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20859.png | 92.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20859 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20859 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20859_validation.pdf.gz | 78.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20859_full_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20859_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20859 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20859 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20859.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of human CPSF73-CPSF100-Symplekin complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The complex of human CPSF73-CPSF100-Symplekin
全体 | 名称: The complex of human CPSF73-CPSF100-Symplekin |
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要素 |
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-超分子 #1: The complex of human CPSF73-CPSF100-Symplekin
超分子 | 名称: The complex of human CPSF73-CPSF100-Symplekin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-分子 #1: CPSF73
分子 | 名称: CPSF73 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSAIPAEESD QLLIRPLGAG QEVGRSCIIL EFKGRKIMLD CGIHPGLEGM DALPYIDLID PAEIDLLLIS HFHLDHCGAL PWFLQKTSFK GRTFMTHATK AIYRWLLSDY VKVSNISADD MLYTETDLEE SMDKIETINF HEVKEVAGIK FWCYHAGHVL GAAMFMIEIA ...文字列: MSAIPAEESD QLLIRPLGAG QEVGRSCIIL EFKGRKIMLD CGIHPGLEGM DALPYIDLID PAEIDLLLIS HFHLDHCGAL PWFLQKTSFK GRTFMTHATK AIYRWLLSDY VKVSNISADD MLYTETDLEE SMDKIETINF HEVKEVAGIK FWCYHAGHVL GAAMFMIEIA GVKLLYTGDF SRQEDRHLMA AEIPNIKPDI LIIESTYGTH IHEKREEREA RFCNTVHDIV NRGGRGLIPV FALGRAQELL LILDEYWQNH PELHDIPIYY ASSLAKKCMA VYQTYVNAMN DKIRKQININ NPFVFKHISN LKSMDHFDDI GPSVVMASPG MMQSGLSREL FESWCTDKRN GVIIAGYCVE GTLAKHIMSE PEEITTMSGQ KLPLKMSVDY ISFSAHTDYQ QTSEFIRALK PPHVILVHGE QNEMARLKAA LIREYEDNDE VHIEVHNPRN TEAVTLNFRG EKLAKVMGFL ADKKPEQGQR VSGILVKRN FNYHILSPCD LSNYTDLAMS TVKQTQAIPY TGPFNLLCYQ LQKLTGDVEE LEIQEKPALK VFKNITVIQE PGMVVLEWLA NPSNDMYADT VTTVILEVQS NPKIRKGAVQ KVSKKLEMHV YSKRLEIMLQ DIFGEDCVSV KDDSILSVTV DGKTANLNLE TRTVECEEGS EDDESLREMV ELAAQRLYEA LTPVH |
-分子 #2: CPSF100
分子 | 名称: CPSF100 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MTSIIKLTTL SGVQEESALC YLLQVDEFRF LLDCGWDEHF SMDIIDSLRK HVHQIDAVLL SHPDPLHLGA LPYAVGKLGL NCAIYATIPV YKMGQMFMYD LYQSRHNTED FTLFTLDDVD AAFDKIQQLK FSQIVNLKGK GHGLSITPLP AGHMIGGTIW KIVKDGEEEI ...文字列: MTSIIKLTTL SGVQEESALC YLLQVDEFRF LLDCGWDEHF SMDIIDSLRK HVHQIDAVLL SHPDPLHLGA LPYAVGKLGL NCAIYATIPV YKMGQMFMYD LYQSRHNTED FTLFTLDDVD AAFDKIQQLK FSQIVNLKGK GHGLSITPLP AGHMIGGTIW KIVKDGEEEI VYAVDFNHKR EIHLNGCSLE MLSRPSLLIT DSFNATYVQP RRKQRDEQLL TNVLETLRGD GNVLIAVDTA GRVLELAQLL DQIWRTKDAG LGVYSLALLN NVSYNVVEFS KSQVEWMSDK LMRCFEDKRN NPFQFRHLSL CHGLSDLARV PSPKVVLASQ PDLECGFSRD LFIQWCQDPK NSIILTYRTT PGTLARFLID NPSEKITEIE LRKRVKLEGK ELEEYLEKEK LKKEAAKKLE QSKEADIDSS DESDIEEDID QPSAHKTKHD LMMKGEGSRK GSFFKQAKKS YPMFPAPEER IKWDEYGEII KPEDFLVPEL QATEEEKSKL ESGLTNGDEP MDQDLSDVPT KCISTTESIE IKARVTYIDY EGRSDGDSIK KIINQMKPRQ LIIVHGPPEA SQDLAECCRA FGGKDIKVYM PKLHETVDAT SETHIYQVRL KDSLVSSLQF CKAKAELAWI DGVLDMRVSK VDTGVILEEG ELKDDGEDSE MQVEAPSDSS VIAQQKAMKS LFGDDEKETG EESEIIPTLE PLPPHEVPGH QSVFMNEPRL SDFKQVLLRE GIQAEFVGGV LVCNNQVAVR RTETGRIGLE GCLCQDFYRI RDLLYEQYAI V |
-分子 #3: Symplekin
分子 | 名称: Symplekin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: SDSTLKKMKL EPNLGEDDED KDLEPGPSGT SKASAQISGQ SDTDITAEFL QPLLTPDNVA NLVLISMVYL PEAMPASFQA IYTPVESAGT EAQIKHLARL MATQMTAAGL GPGVEQTKQC KEEPKEEKVV KTESVLIKRR LSAQGQAISV VGSLSSMSPL EEEAPQAKRR ...文字列: SDSTLKKMKL EPNLGEDDED KDLEPGPSGT SKASAQISGQ SDTDITAEFL QPLLTPDNVA NLVLISMVYL PEAMPASFQA IYTPVESAGT EAQIKHLARL MATQMTAAGL GPGVEQTKQC KEEPKEEKVV KTESVLIKRR LSAQGQAISV VGSLSSMSPL EEEAPQAKRR PEPIIPVTQP RLAGAGGRKK IFRLSDVLKP LTDAQVEAMK LGAVKRILRA EKAVACSGAA QVRIKILASL VTQFNSGLKA EVLSFILEDV RARLDLAFAW LYQEYNAYLA AGASGSLDKY EDCLIRLLSG LQEKPDQKDG IFTKVVLEAP LITESALEVV RKYCEDESRT YLGMSTLRDL IFKRPSRQFQ YLHVLLDLSS HEKDKVRSQA LLFIKRMYEK EQLREYVEKF ALNYLQLLVH PNPPSVLFGA DKDTEVAAPW TEETVKQCLY LYLALLPQNH KLIHELAAVY TEAIADIKRT VLRVIEQPIR GMGMNSPELL LLVENCPKGA ETLVTRCLHS LTDKVPPSPE LVKRVRDLYH KRLPDVRFLI PVLNGLEKKE VIQALPKLIK LNPIVVKEVF NRLLGTQHGE GNSALSPLNP GELLIALHNI DSVKCDMKSI IKATNLCFAE RNVYTSEVLA VVMQQLMEQS PLPMLLMRTV IQSLTMYPRL GGFVMNILSR LIMKQVWKYP KVWEGFIKCC QRTKPQSFQV ILQLPPQQLG AVFDKCPELR EPLLAHVRSF TPHQQAHIPN SIMTILEASG KQEPEAKE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium chloride / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT |
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.8 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.9 µm / 倍率(補正後): 46729 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 225000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 35040 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |