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万見
- EMDB-20746: Low pH and High Temperature-Treated Samba Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20746
タイトルLow pH and High Temperature-Treated Samba Virus
マップデータLow pH and high temperature-treated Samba virus particle.
試料
  • ウイルス: Samba virus (ウイルス)
生物種Samba virus (ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Schrad JR / Parent KN
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesU24GM116789-03 米国
AAAS Marion Mason Milligan Award for Women in the Chemical Sciences 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research InstituteGM110185 米国
NVIDIA GPU grant program 米国
Burroughs Wellcome Fund Investigators in the Pathogenicity of Disease 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Structural and Proteomic Characterization of the Initiation of Giant Virus Infection.
著者: Jason R Schrad / Jônatas S Abrahão / Juliana R Cortines / Kristin N Parent /
要旨: Since their discovery, giant viruses have expanded our understanding of the principles of virology. Due to their gargantuan size and complexity, little is known about the life cycles of these viruses. ...Since their discovery, giant viruses have expanded our understanding of the principles of virology. Due to their gargantuan size and complexity, little is known about the life cycles of these viruses. To answer outstanding questions regarding giant virus infection mechanisms, we set out to determine biomolecular conditions that promote giant virus genome release. We generated four infection intermediates in Samba virus (Mimivirus genus, lineage A) as visualized by cryoelectron microscopy (cryo-EM), cryoelectron tomography (cryo-ET), and scanning electron microscopy (SEM). Each of these four intermediates reflects similar morphology to a stage that occurs in vivo. We show that these genome release stages are conserved in other mimiviruses. Finally, we identified proteins that are released from Samba and newly discovered Tupanvirus through differential mass spectrometry. Our work revealed the molecular forces that trigger infection are conserved among disparate giant viruses. This study is also the first to identify specific proteins released during the initial stages of giant virus infection.
履歴
登録2019年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2020年6月10日-
現状2020年6月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_20746.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20746.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 206.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Low pH and high temperature-treated Samba virus particle.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2 Å
密度
最小 - 最大-128 - 127
平均 (標準偏差)6.4591455 (±13.033827)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-199-137140
サイズ744708411
Spacing708744411
セルA: 2973.5999 Å / B: 3124.7998 Å / C: 1726.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z4.24.24.2
M x/y/z708744411
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2973.6003124.8001726.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-137-199140
NC/NR/NS708744411
D min/max/mean-128.000127.0006.459

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Samba virus

全体名称: Samba virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Samba virus (ウイルス)

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超分子 #1: Samba virus

超分子名称: Samba virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Low pH and high temperature-treated Samba virus particle.
NCBI-ID: 1461100 / 生物種: Samba virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
株: Neff

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 2 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: NaPO4 / 構成要素 - 名称: sodium phosphate
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Fischione model 1020
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細Low pH and high temperature-treated Samba virus particle. ~1x10^9 particles per mL
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aldrich / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細MotionCor2 to align frames
最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.7.5) / 使用した粒子像数: 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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