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- EMDB-20698: Structure of Francisella PdpA-VgrG Complex, half-lidded -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20698
タイトルStructure of Francisella PdpA-VgrG Complex, half-lidded
マップデータFrancisella PdpA-VgrG Complex, half-lidded
試料
  • 複合体: PdpA-VgrG complex
    • タンパク質・ペプチド: PdpA
    • タンパク質・ペプチド: VgrG
キーワードT6SS Central Spike / Complex / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性symbiont cell surface / host cell cytoplasm / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア) / Francisella tularensis subsp. novicida (strain U112) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å
データ登録者Yang X / Clemens DL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorAI125497 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Atomic Structure of the Francisella T6SS Central Spike Reveals a Unique α-Helical Lid and a Putative Cargo.
著者: Xue Yang / Daniel L Clemens / Bai-Yu Lee / Yanxiang Cui / Z Hong Zhou / Marcus A Horwitz /
要旨: Francisella bacteria rely on a phylogenetically distinct type VI secretion system (T6SS) to escape host phagosomes and cause the fatal disease tularemia, but the structural and molecular mechanisms ...Francisella bacteria rely on a phylogenetically distinct type VI secretion system (T6SS) to escape host phagosomes and cause the fatal disease tularemia, but the structural and molecular mechanisms involved are unknown. Here we report the atomic structure of the Francisella T6SS central spike complex, obtained by cryo-electron microscopy. Our structural and functional studies demonstrate that, unlike the single-protein spike composition of other T6SS subtypes, Francisella T6SS's central spike is formed by two proteins, PdpA and VgrG, akin to T4-bacteriophage gp27 and gp5, respectively, and that PdpA has unique characteristics, including a putative cargo within its cavity and an N-terminal helical lid. Structure-guided mutagenesis demonstrates that the PdpA N-terminal lid and C-terminal spike are essential to Francisella T6SS function. PdpA is thus both an adaptor, connecting VgrG to the tube, and a likely carrier of secreted cargo. These findings are important to understanding Francisella pathogenicity and designing therapeutics to combat tularemia.
履歴
登録2019年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月25日-
マップ公開2019年10月23日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.048
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.048
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6u9g
  • 表面レベル: 0.048
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20698.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20698.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Francisella PdpA-VgrG Complex, half-lidded
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 350 pix.
= 374.5 Å		1.07 Å/pix.
x 350 pix.
= 374.5 Å		1.07 Å/pix.
x 350 pix.
= 374.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.048 / ムービー #1: 0.048
最小 - 最大-0.13263594 - 0.20133498
平均 (標準偏差)0.00021473801 (±0.004304458)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 374.50003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z374.500374.500374.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.1330.2010.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PdpA-VgrG complex

全体名称: PdpA-VgrG complex
要素
  • 複合体: PdpA-VgrG complex
    • タンパク質・ペプチド: PdpA
    • タンパク質・ペプチド: VgrG

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超分子 #1: PdpA-VgrG complex

超分子名称: PdpA-VgrG complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)

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分子 #1: PdpA

分子名称: PdpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. novicida (strain U112) (バクテリア)
株: U112
分子量理論値: 95.469961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MIAVKDITDL NIQDIISQLT SEVINGDTTP SSAKFACEIN SYIINYNLSN INLINTQLKN TKILYRKGLI SKLDYEKYKR YCIISRFKN NIDEFILYFS TNYKDSQSLK IAIKELQNSC SSSLILELPH DYIRKIDVLL TSIDSAIQRS SDLNKTIIKQ L NKLRSSLS ...文字列:
MIAVKDITDL NIQDIISQLT SEVINGDTTP SSAKFACEIN SYIINYNLSN INLINTQLKN TKILYRKGLI SKLDYEKYKR YCIISRFKN NIDEFILYFS TNYKDSQSLK IAIKELQNSC SSSLILELPH DYIRKIDVLL TSIDSAIQRS SDLNKTIIKQ L NKLRSSLS RYIGYNNVLQ KQEITINIKP INKNFELEDI SFVSTRNKQY FKHNSLTLKN PHIEKLEVCE NIYGINGWLT FD LAYINNH KDFNFLLSPN QPILLDIQIN DSFNFYKKES KKDHHKRTTR FIAIGFNSNS IDIHENFEYS IYSYTKNVSS GVK KFKIQF HDPLKALWTK HKPSYIALNK SLDDIFKDNF FFDSLFSLDT NKSNNLKIRI PQAFISTVNR NFYDFFIQQL EQNK CYLKY FCDKKSGKVS YHVVDQVDND LQRNIVNSDE DLKDKLSPYD ISCFKKQILI SNKSNFYVKE KNICPDVTLN TQRKE DRKI SDTLVKPFSS ILKDNLQSVE YIQSNNDDKQ EIITTGFEIL LTSRNTLPFL DTEITLSKLD NDQNYLLGAT DIKSLY ISQ RKLLFKRSKY CSKQLYENLH NFHYKSDSES DVYEKIAFTK YPSLTHDNSI TYKIKDYSNL TPEYPKYKSF SNFYING RI TIGENVNNDS KKAYKFFKNH KPEESSIAEF QENGEKGTSA ILNSKADILY AIEIAKEMLS DKSSDKPIIY LPLKVNIN S ANNQFIPLRN DDIILIEIQS FTKGEIIELI SNSAISTKKA QQQLLQRQLL GSKENCEMAY TQTSDSETFS LTQVNEDCE NSFLINDKKG IFLRYKSKGN

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: VgrG

分子名称: VgrG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. novicida (strain U112) (バクテリア)
株: U112
分子量理論値: 20.539779 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDYKDDDDKD YKDDDDKDYK DDDDKGSKAD HIFNLEEQGL LIDIKDDSKG CTTKLESSGK ITHNATESIE SSADKQIIEN VKDSKISIT EKEILLATKK SSIMLSEDKI VIKIGNSLII LDDSNISLES ATINIKSSAN INIQASQNID IKSLNNSIKA D VNLNAEGL ...文字列:
MDYKDDDDKD YKDDDDKDYK DDDDKGSKAD HIFNLEEQGL LIDIKDDSKG CTTKLESSGK ITHNATESIE SSADKQIIEN VKDSKISIT EKEILLATKK SSIMLSEDKI VIKIGNSLII LDDSNISLES ATINIKSSAN INIQASQNID IKSLNNSIKA D VNLNAEGL DVNIKGSVTA SIKGSAATMV G

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 10343
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6u9g:
Structure of Francisella PdpA-VgrG Complex, half-lidded

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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