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- EMDB-20645: MicroED structure of a FIB-milled CypA Crystal -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20645
タイトルMicroED structure of a FIB-milled CypA Crystal
マップデータ2mFo-DFc at 1.5 sigma
試料
  • 複合体: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
  • リガンド: water
キーワードPeptidyl-prolyl / cis-trans / isomerase / cyclophilin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / negative regulation of viral life cycle / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / negative regulation of viral life cycle / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / Basigin interactions / protein peptidyl-prolyl isomerization / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / viral release from host cell / negative regulation of protein phosphorylation / Calcineurin activates NFAT / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / activation of protein kinase B activity / neutrophil chemotaxis / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / negative regulation of protein kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / positive regulation of protein secretion / peptidylprolyl isomerase / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / platelet activation / platelet aggregation / neuron differentiation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / integrin binding / unfolded protein binding / Platelet degranulation / protein folding / positive regulation of protein phosphorylation / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wolff AM / Martynowycz MW / Zhao W / Gonen T / Fraser JS / Thompson MC
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM123159 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124149 米国
National Science Foundation (NSF, United States)STC-1231306 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117126 米国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2020
タイトル: Comparing serial X-ray crystallography and microcrystal electron diffraction (MicroED) as methods for routine structure determination from small macromolecular crystals.
著者: Alexander M Wolff / Iris D Young / Raymond G Sierra / Aaron S Brewster / Michael W Martynowycz / Eriko Nango / Michihiro Sugahara / Takanori Nakane / Kazutaka Ito / Andrew Aquila / Asmit ...著者: Alexander M Wolff / Iris D Young / Raymond G Sierra / Aaron S Brewster / Michael W Martynowycz / Eriko Nango / Michihiro Sugahara / Takanori Nakane / Kazutaka Ito / Andrew Aquila / Asmit Bhowmick / Justin T Biel / Sergio Carbajo / Aina E Cohen / Saul Cortez / Ana Gonzalez / Tomoya Hino / Dohyun Im / Jake D Koralek / Minoru Kubo / Tomas S Lazarou / Takashi Nomura / Shigeki Owada / Avi J Samelson / Tomoyuki Tanaka / Rie Tanaka / Erin M Thompson / Henry van den Bedem / Rahel A Woldeyes / Fumiaki Yumoto / Wei Zhao / Kensuke Tono / Sebastien Boutet / So Iwata / Tamir Gonen / Nicholas K Sauter / James S Fraser / Michael C Thompson /
要旨: Innovative new crystallographic methods are facilitating structural studies from ever smaller crystals of biological macromolecules. In particular, serial X-ray crystallography and microcrystal ...Innovative new crystallographic methods are facilitating structural studies from ever smaller crystals of biological macromolecules. In particular, serial X-ray crystallography and microcrystal electron diffraction (MicroED) have emerged as useful methods for obtaining structural information from crystals on the nanometre to micrometre scale. Despite the utility of these methods, their implementation can often be difficult, as they present many challenges that are not encountered in traditional macromolecular crystallography experiments. Here, XFEL serial crystallography experiments and MicroED experiments using batch-grown microcrystals of the enzyme cyclophilin A are described. The results provide a roadmap for researchers hoping to design macromolecular microcrystallography experiments, and they highlight the strengths and weaknesses of the two methods. Specifically, we focus on how the different physical conditions imposed by the sample-preparation and delivery methods required for each type of experiment affect the crystal structure of the enzyme.
履歴
登録2019年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月25日-
マップ公開2020年1月29日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.46
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.46
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6u5g
  • 表面レベル: 1.46
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6u5g
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20645.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20645.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2mFo-DFc at 1.5 sigma
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.59 Å/pix.
x 85 pix.
= 50.056 Å		0.59 Å/pix.
x 80 pix.
= 47.466 Å		0.61 Å/pix.
x 82 pix.
= 49.974 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.58889 Å / Y: 0.59333 Å / Z: 0.60944 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.46 / ムービー #1: 1.46
最小 - 最大-3.1042123 - 5.7321124
平均 (標準偏差)-0.007928065 (±0.973654)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-19-20-38
サイズ808285
Spacing858082
セルA: 50.055653 Å / B: 47.4664 Å / C: 49.974083 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.588894117647060.5933250.60943902439024
M x/y/z858082
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z50.05647.46649.974
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS-20-19-38
NC/NR/NS828085
D min/max/mean-3.1045.732-0.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

全体名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
要素
  • 複合体: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
  • リガンド: water

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超分子 #1: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

超分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: monomer
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidylprolyl isomerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.036504 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MVNPTVFFDI AVDGEPLGRV SFELFADKVP KTAENFRALS TGEKGFGYKG SCFHRIIPGF MCQGGDFTRH NGTGGKSIYG EKFEDENFI LKHTGPGILS MANAGPNTNG SQFFICTAKT EWLDGKHVVF GKVKEGMNIV EAMERFGSRN GKTSKKITIA D CGQLE

UniProtKB: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 32 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE
結晶化温度: 296.0 K
詳細: 600 uL of protein at 60 mg/mL was combined with 400 uL of 50 percent PEG 3350 in a glass vial and stirred with an Octagon stir bar at 500 RPM

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 0.06 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 2055 mm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: PHENIX (ver. dev2880)
Molecular replacementソフトウェア - 名称: PHENIX (ver. dev2880) / ソフトウェア - 詳細: PHASER
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 22370 / Number structure factors: 6236 / Fourier space coverage: 86 / R sym: 0.217 / R merge: 0.217 / Overall phase error: 23.06 / Overall phase residual: 23.06 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 2.5 Å
殻:
Shell IDHigh resolutionLow resolutionNumber structure factorsPhase residualFourier space coverageMultiplicity
13.6045 Å30.4934 Å358114.44999999999999984.03.41
22.8617 Å3.6045 Å371922.05000000000000187.03.64
32.5002 Å2.8617 Å374632.29999999999999787.03.72

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4yum


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL
得られたモデル

PDB-6u5g:
MicroED structure of a FIB-milled CypA Crystal

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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