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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20583 | |||||||||
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タイトル | ExbB-ExbD complex in MSP1E3D1 nanodisc | |||||||||
![]() | ExbB-ExbD complex in MSP1E3D1 nanodisc | |||||||||
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![]() | molecular motor / Ton system / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ferrichrome import into cell / energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / transmembrane transporter complex / plasma membrane protein complex / protein import / transmembrane transporter activity / cell outer membrane ...ferrichrome import into cell / energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / transmembrane transporter complex / plasma membrane protein complex / protein import / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein transport / intracellular iron ion homeostasis / protein stabilization / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Celia H / Botos I | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the bacterial Ton motor subcomplex ExbB-ExbD provides information on structure and stoichiometry. 著者: Herve Celia / Istvan Botos / Xiaodan Ni / Tara Fox / Natalia De Val / Roland Lloubes / Jiansen Jiang / Susan K Buchanan / ![]() ![]() 要旨: The TonB-ExbB-ExbD molecular motor harnesses the proton motive force across the bacterial inner membrane to couple energy to transporters at the outer membrane, facilitating uptake of essential ...The TonB-ExbB-ExbD molecular motor harnesses the proton motive force across the bacterial inner membrane to couple energy to transporters at the outer membrane, facilitating uptake of essential nutrients such as iron and cobalamine. TonB physically interacts with the nutrient-loaded transporter to exert a force that opens an import pathway across the outer membrane. Until recently, no high-resolution structural information was available for this unique molecular motor. We published the first crystal structure of ExbB-ExbD in 2016 and showed that five copies of ExbB are arranged as a pentamer around a single copy of ExbD. However, our spectroscopic experiments clearly indicated that two copies of ExbD are present in the complex. To resolve this ambiguity, we used single-particle cryo-electron microscopy to show that the ExbB pentamer encloses a dimer of ExbD in its transmembrane pore, and not a monomer as previously reported. The revised stoichiometry has implications for motor function. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 123 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 376.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 376 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ExbB-ExbD complex in MSP1E3D1 nanodisc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Ton subcomplex ExbB-ExbD reconstituted in lipid nanodisc
全体 | 名称: Ton subcomplex ExbB-ExbD reconstituted in lipid nanodisc |
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要素 |
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-超分子 #1: Ton subcomplex ExbB-ExbD reconstituted in lipid nanodisc
超分子 | 名称: Ton subcomplex ExbB-ExbD reconstituted in lipid nanodisc タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Biopolymer transport protein ExbB
分子 | 名称: Biopolymer transport protein ExbB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 26.312322 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGNNLMQTDL SVWGMYQHAD IVVKCVMIGL ILASVVTWAI FFSKSVEFFN QKRRLKREQQ LLAEARSLNQ ANDIAADFGS KSLSLHLLN EAQNELELSE GSDDNEGIKE RTSFRLERRV AAVGRQMGRG NGYLATIGAI SPFVGLFGTV WGIMNSFIGI A QTQTTNLA ...文字列: MGNNLMQTDL SVWGMYQHAD IVVKCVMIGL ILASVVTWAI FFSKSVEFFN QKRRLKREQQ LLAEARSLNQ ANDIAADFGS KSLSLHLLN EAQNELELSE GSDDNEGIKE RTSFRLERRV AAVGRQMGRG NGYLATIGAI SPFVGLFGTV WGIMNSFIGI A QTQTTNLA VVAPGIAEAL LATAIGLVAA IPAVVIYNVF ARQIGGFKAM LGDVAAQVLL LQSRDLDLEA SAAAHPVRVA QK LRAG UniProtKB: Biopolymer transport protein ExbB |
-分子 #2: Biopolymer transport protein ExbD
分子 | 名称: Biopolymer transport protein ExbD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 18.161674 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAMHLNENLD DNGEMHDINV TPFIDVMLVL LIIFMVAAPL ATVDVKVNLP ASTSTPQPRP EKPVYLSVKA DNSMFIGNDP VTDETMITA LNALTEGKKD TTIFFRADKT VDYETLMKVM DTLHQAGYLK IGLVGEETAK AKENLYFQGN AGSGHHHHHH H HHH UniProtKB: Biopolymer transport protein ExbD |
-分子 #3: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
分子 | 名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: PGT |
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分子量 | 理論値: 751.023 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PGT: |
-分子 #4: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY...
分子 | 名称: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: PEV |
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分子量 | 理論値: 720.012 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PEV: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |