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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20561 | |||||||||
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タイトル | Pod structure of Shigella T3SS | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu J | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2019 タイトル: The cytoplasmic domain of MxiG interacts with MxiK and directs assembly of the sorting platform in the type III secretion system. 著者: Shoichi Tachiyama / Yunjie Chang / Meenakumari Muthuramalingam / Bo Hu / Michael L Barta / Wendy L Picking / Jun Liu / William D Picking / 要旨: Many Gram-negative bacteria use type III secretion systems (T3SSs) to inject virulence effector proteins into eukaryotic cells. The T3SS apparatus (T3SA) is structurally conserved among diverse ...Many Gram-negative bacteria use type III secretion systems (T3SSs) to inject virulence effector proteins into eukaryotic cells. The T3SS apparatus (T3SA) is structurally conserved among diverse bacterial pathogens and consists of a cytoplasmic sorting platform, an envelope-spanning basal body, and an extracellular needle with tip complex. The sorting platform is essential for effector recognition and powering secretion. Studies using bacterial "minicells" have revealed an unprecedented level of structural detail of the sorting platform; however, many of the structure-function relationships within this complex remain enigmatic. Here, we report on improved cryo-electron tomographic approaches to enhance the resolution of the T3SA sorting platform (at ≤2 nm resolution) done in concert with biochemical and genetic methods to define the sorting platform interactome and interactions with the T3SA inner membrane ring (IR). We observed that the sorting platform consists of "pods" with 6-fold symmetry that interact with the Spa47 ATPase via radial extensions comprising MxiN. Most importantly, MxiK maintained an interaction with the IR via specific interactions with the cytoplasmic domain of the IR protein MxiG (MxiG), which is a noncanonical forkhead-associated domain, and MxiK has an elongated structure that interacts with the IR via MxiG T4 lysozyme-mediated insertional mutagenesis of MxiK revealed its orientation within the sorting platform and enabled disruption of interactions with its binding partners, which abolished sorting platform assembly. Finally, a comparison with the homologous interactions in the T3SS sorting platform revealed clear differences in their IR-sorting platform interfaces that have possible mechanistic implications. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20561.map.gz | 21 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20561-v30.xml emd-20561.xml | 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20561_fsc.xml | 6.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20561.png | 69.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20561 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20561 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20561_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20561_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20561_validation.xml.gz | 496 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20561 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20561 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20561.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Pos structure of Shigella flexneri type III secretion system
全体 | 名称: Pos structure of Shigella flexneri type III secretion system |
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要素 |
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-超分子 #1: Pos structure of Shigella flexneri type III secretion system
超分子 | 名称: Pos structure of Shigella flexneri type III secretion system タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: wild type |
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由来(天然) | 生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: SF5a |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |