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万見
- EMDB-20547: Outer Hair Cell, Lateral Wall -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20547
タイトルOuter Hair Cell, Lateral Wall
マップデータ
試料
  • 組織: Cochlea
生物種Cavia porcellus (哺乳類)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Auer M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders 米国
引用ジャーナル: Front Cell Neurosci / 年: 2019
タイトル: 3D Ultrastructure of the Cochlear Outer Hair Cell Lateral Wall Revealed By Electron Tomography.
著者: William Jeffrey Triffo / Hildur Palsdottir / Junha Song / David Gene Morgan / Kent L McDonald / Manfred Auer / Robert M Raphael /
要旨: Outer Hair Cells (OHCs) in the mammalian cochlea display a unique type of voltage-induced mechanical movement termed electromotility, which amplifies auditory signals and contributes to the ...Outer Hair Cells (OHCs) in the mammalian cochlea display a unique type of voltage-induced mechanical movement termed electromotility, which amplifies auditory signals and contributes to the sensitivity and frequency selectivity of mammalian hearing. Electromotility occurs in the OHC lateral wall, but it is not fully understood how the supramolecular architecture of the lateral wall enables this unique form of cellular motility. Employing electron tomography of high-pressure frozen and freeze-substituted OHCs, we visualized the 3D structure and organization of the membrane and cytoskeletal components of the OHC lateral wall. The subsurface cisterna (SSC) is a highly prominent feature, and we report that the SSC membranes and lumen possess hexagonally ordered arrays of particles. We also find the SSC is tightly connected to adjacent actin filaments by short filamentous protein connections. Pillar proteins that join the plasma membrane to the cytoskeleton appear as variable structures considerably thinner than actin filaments and significantly more flexible than actin-SSC links. The structurally rich organization and rigidity of the SSC coupled with apparently weaker mechanical connections between the plasma membrane (PM) and cytoskeleton reveal that the membrane-cytoskeletal architecture of the OHC lateral wall is more complex than previously appreciated. These observations are important for our understanding of OHC mechanics and need to be considered in computational models of OHC electromotility that incorporate subcellular features.
履歴
登録2019年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月5日-
マップ公開2020年2月5日-
更新2020年2月5日-
現状2020年2月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
添付画像

emd_20547.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20547.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 450 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.14 Å
密度
最小 - 最大0 - 3906
平均 (標準偏差)1318.3076 (±87.30751)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-225
サイズ10241024225
Spacing10241024225
セルA: 8335.36 Å / B: 8335.36 Å / C: 1831.5001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z8.148.148.14
M x/y/z10241024225
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z8335.3608335.3601831.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-225
NC/NR/NS10241024225
D min/max/mean0.0003906.0001318.308

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cochlea

全体名称: Cochlea
要素
  • 組織: Cochlea

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超分子 #1: Cochlea

超分子名称: Cochlea / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Cavia porcellus (哺乳類)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7
染色タイプ: POSITIVE / 材質: Uranyl Acetate
糖包埋材質: Epon
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: NITROGEN
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is BALTEC. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', ...詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is BALTEC. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'BAL-TEC HPM 010']) so OTHER is written into the XML file.
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Leica EM UC6 / ウルトラミクロトーム - 温度: 298 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 100 nm
位置合わせマーカーManufacturer: Electron Microscopy Sciences / 直径: 5 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F216 (2k x 2k)
平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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