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- EMDB-2053: Electron Microscopy of THO complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2053
タイトルElectron Microscopy of THO complex
マップデータReconstruction of yeast THO complex composed of Tho2, Hpr1, Mft1, Thp2, and Tex1 subunits
試料
  • 試料: Yeast five-subunit THO complex
  • タンパク質・ペプチド: Tho2
  • タンパク質・ペプチド: Hpr1
  • タンパク質・ペプチド: Mft1
  • タンパク質・ペプチド: Thp2
  • タンパク質・ペプチド: Tex1
キーワードmRNA export / heterotetramer / mRNP quality control / croissant-like structure / beta-propeller / unfolded regions
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Pena A / Gewartowski K / Mroczek S / Cuellar J / Szykowska A / Prokop A / Czarnocki-Cieciura M / Piwowarski J / Tous C / Aguilera A ...Pena A / Gewartowski K / Mroczek S / Cuellar J / Szykowska A / Prokop A / Czarnocki-Cieciura M / Piwowarski J / Tous C / Aguilera A / Carrascosa JL / Valpuesta JM / Dziembowski A
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2012
タイトル: Architecture and nucleic acids recognition mechanism of the THO complex, an mRNP assembly factor.
著者: Alvaro Peña / Kamil Gewartowski / Seweryn Mroczek / Jorge Cuéllar / Aleksandra Szykowska / Andrzej Prokop / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Jan Piwowarski / Cristina Tous / Andrés Aguilera / ...著者: Alvaro Peña / Kamil Gewartowski / Seweryn Mroczek / Jorge Cuéllar / Aleksandra Szykowska / Andrzej Prokop / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Jan Piwowarski / Cristina Tous / Andrés Aguilera / José L Carrascosa / José María Valpuesta / Andrzej Dziembowski /
要旨: The THO complex is a key factor in co-transcriptional formation of export-competent messenger ribonucleoprotein particles, yet its structure and mechanism of chromatin recruitment remain unknown. In ...The THO complex is a key factor in co-transcriptional formation of export-competent messenger ribonucleoprotein particles, yet its structure and mechanism of chromatin recruitment remain unknown. In yeast, this complex has been described as a heterotetramer (Tho2, Hpr1, Mft1, and Thp2) that interacts with Tex1 and mRNA export factors Sub2 and Yra1 to form the TRanscription EXport (TREX) complex. In this study, we purified yeast THO and found Tex1 to be part of its core. We determined the three-dimensional structures of five-subunit THO complex by electron microscopy and located the positions of Tex1, Hpr1, and Tho2 C-terminus using various labelling techniques. In the case of Tex1, a β-propeller protein, we have generated an atomic model which docks into the corresponding part of the THO complex envelope. Furthermore, we show that THO directly interacts with nucleic acids through the unfolded C-terminal region of Tho2, whose removal reduces THO recruitment to active chromatin leading to mRNA biogenesis defects. In summary, this study describes the THO architecture, the structural basis for its chromatin targeting, and highlights the importance of unfolded regions of eukaryotic proteins.
履歴
登録2012年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年3月22日-
マップ公開2012年3月22日-
更新2012年3月22日-
現状2012年3月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2053.jpeg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2053.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of yeast THO complex composed of Tho2, Hpr1, Mft1, Thp2, and Tex1 subunits
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.33 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.52 / ムービー #1: 2.52
最小 - 最大-0.57409996 - 12.31480503
平均 (標準偏差)1.08922005 (±0.72266853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-70-70-70
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 326.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.332.332.33
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z326.200326.200326.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-70-70-70
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-0.57412.3151.089

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast five-subunit THO complex

全体名称: Yeast five-subunit THO complex
要素
  • 試料: Yeast five-subunit THO complex
  • タンパク質・ペプチド: Tho2
  • タンパク質・ペプチド: Hpr1
  • タンパク質・ペプチド: Mft1
  • タンパク質・ペプチド: Thp2
  • タンパク質・ペプチド: Tex1

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超分子 #1000: Yeast five-subunit THO complex

超分子名称: Yeast five-subunit THO complex / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One heteropentamer composed of Tho2, Hpr1, Mft1, Thp2 an Tex1 subunits
Number unique components: 5
分子量実験値: 395 MDa / 理論値: 395 MDa / 手法: Gel Filtration and Mass Spectrometry

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分子 #1: Tho2

分子名称: Tho2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Rlr1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
分子量実験値: 180 MDa / 理論値: 180 MDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #2: Hpr1

分子名称: Hpr1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
分子量実験値: 90 MDa / 理論値: 90 MDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #3: Mft1

分子名称: Mft1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: MFT52 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
分子量実験値: 45 MDa / 理論値: 45 MDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #4: Thp2

分子名称: Thp2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
分子量実験値: 30 MDa / 理論値: 30 MDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #5: Tex1

分子名称: Tex1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
分子量実験値: 50 MDa / 理論値: 50 MDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris_HCl, 450 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were applied onto carbon-coated copper grids and stained with 2% uranyl acetate for 1 min
グリッド詳細: 200 mesh carbon-coated copper grids, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EXII
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2009年6月15日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / 実像数: 250 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 5.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

詳細Individual particles were manually selected using XMIPP software package.
CTF補正詳細: N. Grigorieffs CTFFIND
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN,Spider,XMIPP / 使用した粒子像数: 14115
最終 角度割当詳細: SPIDER protocol
最終 2次元分類クラス数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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