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- EMDB-20477: Attachment of STIV to Sulfolobus pili -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20477
タイトルAttachment of STIV to Sulfolobus pili
マップデータAttachment of Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus (STIV) to Sulfolobus pili
試料
  • ウイルス: Sulfolobus turreted icosahedral virus 1 (ウイルス)
生物種Sulfolobus turreted icosahedral virus 1 (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Lawrence CM / Young MA / Hartman RA
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)1342876 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1413534 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: The Molecular Mechanism of Cellular Attachment for an Archaeal Virus.
著者: Ross Hartman / Brian J Eilers / Daniel Bollschweiler / Jacob H Munson-McGee / Harald Engelhardt / Mark J Young / C Martin Lawrence /
要旨: Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV) is a model archaeal virus and member of the PRD1-adenovirus lineage. Although STIV employs pyramidal lysis structures to exit the host, knowledge of the ...Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV) is a model archaeal virus and member of the PRD1-adenovirus lineage. Although STIV employs pyramidal lysis structures to exit the host, knowledge of the viral entry process is lacking. We therefore initiated studies on STIV attachment and entry. Negative stain and cryoelectron micrographs showed virion attachment to pili-like structures emanating from the Sulfolobus host. Tomographic reconstruction and sub-tomogram averaging revealed pili recognition by the STIV C381 turret protein. Specifically, the triple jelly roll structure of C381 determined by X-ray crystallography shows that pilus recognition is mediated by conserved surface residues in the second and third domains. In addition, the STIV petal protein (C557), when present, occludes the pili binding site, suggesting that it functions as a maturation protein. Combined, these results demonstrate a role for the namesake STIV turrets in initial cellular attachment and provide the first molecular model for viral attachment in the archaeal domain of life.
履歴
登録2019年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月28日-
マップ公開2019年8月28日-
更新2020年8月12日-
現状2020年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 80
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 80
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20477.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20477.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Attachment of Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus (STIV) to Sulfolobus pili
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.5 Å/pix.
x 401 pix.
= 1804.5 Å		4.5 Å/pix.
x 1389 pix.
= 6250.5 Å		4.5 Å/pix.
x 1771 pix.
= 7969.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 80 / ムービー #1: 80
最小 - 最大-128.2953 - 366.95636
平均 (標準偏差)0.28934854 (±5.7283134)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-399-29101
サイズ13891771401
Spacing17711389401
セルA: 7969.5 Å / B: 6250.5 Å / C: 1804.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.54.54.5
M x/y/z17711389401
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z7969.5006250.5001804.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ254265109
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-29-399101
NC/NR/NS17711389401
D min/max/mean-128.295366.9560.289

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sulfolobus turreted icosahedral virus 1

全体名称: Sulfolobus turreted icosahedral virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Sulfolobus turreted icosahedral virus 1 (ウイルス)

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超分子 #1: Sulfolobus turreted icosahedral virus 1

超分子名称: Sulfolobus turreted icosahedral virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 269145 / 生物種: Sulfolobus turreted icosahedral virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / 株: P2^3
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 740.0 Å / T番号(三角分割数): 31

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 2.5 / 構成要素 - 濃度: 5.0 mM / 構成要素 - 式: C6H8O7 / 構成要素 - 名称: Citric Acid
グリッドモデル: Quantifoil R2/4 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細1 ml S. solfactaricus cells at approximately 5E10^8 cells/ml was combined with 100 ul of 1.88 mg/ml virus and incubated for 20 minutes at 80C. Unbound virus was removed by centrifugation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 7
抽出トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 3 / ソフトウェア - 名称: PEET
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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