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- EMDB-20472: Structure of Ctf4 trimer in complex with two CMG helicases -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20472
タイトルStructure of Ctf4 trimer in complex with two CMG helicases
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: CMG-Ctf4
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 1種
キーワードDNA replication / Cryo-EM / CMG-Ctf4 / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of sister chromatid cohesion / Unwinding of DNA / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / MCM complex binding / GINS complex / nuclear DNA replication ...establishment of sister chromatid cohesion / Unwinding of DNA / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / MCM complex binding / GINS complex / nuclear DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / replication fork protection complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear chromosome / DNA unwinding involved in DNA replication / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / DNA-templated DNA replication / nucleosome assembly / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / DNA helicase / chromosome, telomeric region / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / : / MCM3 winged helix domain / GINS/PriA/YqbF domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein ...: / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / : / MCM3 winged helix domain / GINS/PriA/YqbF domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / MCM4, winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM OB domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA polymerase alpha-binding protein / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Cell division control protein 45 ...DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA polymerase alpha-binding protein / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Cell division control protein 45 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Yuan Z / Georgescu R
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM111472 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)OD12272 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM45436 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Ctf4 organizes sister replisomes and Pol α into a replication factory.
著者: Zuanning Yuan / Roxana Georgescu / Ruda de Luna Almeida Santos / Daniel Zhang / Lin Bai / Nina Y Yao / Gongpu Zhao / Michael E O'Donnell / Huilin Li /
要旨: The current view is that eukaryotic replisomes are independent. Here we show that Ctf4 tightly dimerizes CMG helicase, with an extensive interface involving Psf2, Cdc45, and Sld5. Interestingly, Ctf4 ...The current view is that eukaryotic replisomes are independent. Here we show that Ctf4 tightly dimerizes CMG helicase, with an extensive interface involving Psf2, Cdc45, and Sld5. Interestingly, Ctf4 binds only one Pol α-primase. Thus, Ctf4 may have evolved as a trimer to organize two helicases and one Pol α-primase into a replication factory. In the 2CMG-Ctf4-1Pol α-primase factory model, the two CMGs nearly face each other, placing the two lagging strands toward the center and two leading strands out the sides. The single Pol α-primase is centrally located and may prime both sister replisomes. The Ctf4-coupled-sister replisome model is consistent with cellular microscopy studies revealing two sister forks of an origin remain attached and are pushed forward from a protein platform. The replication factory model may facilitate parental nucleosome transfer during replication.
履歴
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月22日-
マップ公開2017年2月22日-
登録2019年7月16日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0246
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0246
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ptn
  • 表面レベル: 0.0246
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20472.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20472.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 429.6 Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 429.6 Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 429.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0246 / ムービー #1: 0.0246
最小 - 最大-0.038749073 - 0.08673289
平均 (標準偏差)0.0007690091 (±0.004299603)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 429.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0741.0741.074
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z429.600429.600429.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ929262
NX/NY/NZ290290360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0390.0870.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CMG-Ctf4

全体名称: CMG-Ctf4
要素
  • 複合体: CMG-Ctf4
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF1
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 45
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
    • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 5
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: CMG-Ctf4

超分子名称: CMG-Ctf4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: DNA polymerase alpha-binding protein

分子名称: DNA polymerase alpha-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 104.543391 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVSVIDKLVF DFGGKTLVSL APDNNTLCVA NKNGLTKILK TNNPEEEPET LDSSKLVSSI KCYSNSHFLM TTMQGDALRY NIDSSQEEL LARFALPLRD CCVIHSGKMA VFGGDDLELI LLELDDETHK KHAIKIDEQV SQISYNSQMN ILAVSMINGK V QIFSLTST ...文字列:
MVSVIDKLVF DFGGKTLVSL APDNNTLCVA NKNGLTKILK TNNPEEEPET LDSSKLVSSI KCYSNSHFLM TTMQGDALRY NIDSSQEEL LARFALPLRD CCVIHSGKMA VFGGDDLELI LLELDDETHK KHAIKIDEQV SQISYNSQMN ILAVSMINGK V QIFSLTST IPNKVHELND YIVANSYDDT HRDKILSNMM DDIDKDNDND LSETADPDEN NVADPEFCAA NRICTRVAWH PK GLHFALP CADDTVKIFS IKGYSLQKTL STNLSSTKAH FIDLQFDPLR GTYIAAVDLN NKLTVWNWET SEIHYTREFK RKI TNIAWK IQADSKTLDL VLGTWSGSIA IVQNLAESVV SNIPDQSVAE SSTKHGLFVD SESDLENLEG NDDINKSDKL FSDI TQEAN AEDVFTQTHD GPSGLSEKRK YNFEDEEDFI DDDDGAGYIS GKKPHNEHSY SRVHKTHSFP ISLANTGKFR YMPFS PAGT PFGFTDRRYL TMNEVGYVST VKNSEQYSIT VSFFDVGRFR EYHFEDLFGY DLCFLNEKGT LFGQSKTGQI QYRPHD SIH SNWTKIIPLQ AGERITSVAA TPVRVIVGTS LGYFRSFNQF GVPFAVEKTS PIVALTAQNY RVFSVHYSQF HGLSYSL SE LGTSSKRYYK RECPLPMSLP NINSDMKKDA NLDYYNFNPM GIKSLFFSSY GDPCIFGSDN TLLLLSKWRS PEESKWLP I LDSNMEIWKM SGGKETTDIH VWPLALAYDT LNCILVKGKH IWPEFPLPLP SEMEIRMPVF VKSKLLEENK AILNKKNEI GADTEAEEGE EDKEIQIPVS MAAEEEYLRS KVLSELLTDT LENDGEMYGN ENEVLAALNG AYDKALLRLF ASACSDQNVE KALSLAHEL KQDRALTAAV KISERAELPS LVKKINNIRE ARYEQQLK

UniProtKB: DNA polymerase alpha-binding protein

+
分子 #2: DNA replication complex GINS protein PSF1

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.230576 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MYGDLGNKLV LEAKRTKQLY ARSNQDVNLP MYHEDIIRNI LKEVSNLRKN TEYLKEQQQL GMLDDKVAKC QYFVTLLCME RNKRCLLAY QRLRTDILDS MAWNNNGLDL MSSITFSQQD TNNLSHQEQE YLKEYCDLIT DLKSGDLVDI DLSGSLVPPS D VFIDVRVL ...文字列:
MYGDLGNKLV LEAKRTKQLY ARSNQDVNLP MYHEDIIRNI LKEVSNLRKN TEYLKEQQQL GMLDDKVAKC QYFVTLLCME RNKRCLLAY QRLRTDILDS MAWNNNGLDL MSSITFSQQD TNNLSHQEQE YLKEYCDLIT DLKSGDLVDI DLSGSLVPPS D VFIDVRVL KDAGEIQTEY GVFNLIKDSQ FFVRQSDVER LIQQGYLQKI

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF1

+
分子 #3: DNA replication complex GINS protein PSF2

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 25.096807 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSLPAHLQQT FSPEEIQFIV ENEPIKIFPR ITTRQKIRGD DRGTGNHTRW QLITTDDKAL NNMVAMRSTE VVLWIALLLK QQSKCSIVA PQWLTTKELD RKIQYEKTHP DRFSELPWNW LVLARILFNK AKDDFHDPIH ELRGKIQDLR EIRQIKVLKG L KYLNESHL ...文字列:
MSLPAHLQQT FSPEEIQFIV ENEPIKIFPR ITTRQKIRGD DRGTGNHTRW QLITTDDKAL NNMVAMRSTE VVLWIALLLK QQSKCSIVA PQWLTTKELD RKIQYEKTHP DRFSELPWNW LVLARILFNK AKDDFHDPIH ELRGKIQDLR EIRQIKVLKG L KYLNESHL QLDNLSLLEI NELRPFITEI MDKLREIHTA SLTAGTENDE EEFNI

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF2

+
分子 #4: DNA replication complex GINS protein PSF3

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 21.977135 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGYYDIDDVL ADGTEFPCKF QYDIPGLGYL ENNPGRPITK NTKLSLPLWL ARILAIVGGD EALVDEEPVP FVELLPPDMF STKVMNAIK TDPVALDLHS INSHFFSLAI KWIMLFSEKE LANVVSELLL QRAQELNHHA SSLSIDLNAD STGKNSANTN I ATSTFLLK ...文字列:
MGYYDIDDVL ADGTEFPCKF QYDIPGLGYL ENNPGRPITK NTKLSLPLWL ARILAIVGGD EALVDEEPVP FVELLPPDMF STKVMNAIK TDPVALDLHS INSHFFSLAI KWIMLFSEKE LANVVSELLL QRAQELNHHA SSLSIDLNAD STGKNSANTN I ATSTFLLK LEEMEKEIYK KSHESYKDTK RWMFKK

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF3

+
分子 #5: DNA replication complex GINS protein SLD5

分子名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 33.983617 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDINIDDILA ELDKETTAVD STKITQGSSS TTHRDANTIV GSSLDLNDKT QIYVSPQQDF SDLMKSWKNE RCSPELLPYP HQLMKRLLN RISMQSQLIE NISMGFLDMQ NASNANPPMP NESKLPLLCM ETELERLKFV IRSYIRCRLS KIDKFSLYLR Q LNEDENSL ...文字列:
MDINIDDILA ELDKETTAVD STKITQGSSS TTHRDANTIV GSSLDLNDKT QIYVSPQQDF SDLMKSWKNE RCSPELLPYP HQLMKRLLN RISMQSQLIE NISMGFLDMQ NASNANPPMP NESKLPLLCM ETELERLKFV IRSYIRCRLS KIDKFSLYLR Q LNEDENSL ISLTDLLSKD EIKYHDTHSL IWLKLVNDSI LKYMPEELQA INDTEGSVNM IDEPDWNKFV FIHVNGPPDG KW NEDPLLQ ENEFGKPCYT VTIPDLKEEV ELTIGSIYVM RYEVIRDLLR DDKVALI

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein SLD5

+
分子 #6: Cell division control protein 45

分子名称: Cell division control protein 45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 74.324836 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MYYGISQFSE AYNKILRNSS SHSSCQLVIF VSCLNIDALC ATKMLSLLFK KQLVQSQIVP IFGYSELRRH YSQLDDNINS LLLVGFGGV IDLEAFLEID PQEYVIDTDE KSGEQSFRRD IYVLDAHRPW NLDNIFGSQI IQCFDDGTVD DTLGEQKEAY Y KLLELDEE ...文字列:
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UniProtKB: Cell division control protein 45

+
分子 #7: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 98.911539 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL ...文字列:
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UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM2

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分子 #8: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 107.653508 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MEGSTGFDGD ATTFFAPDAV FGDRVRRFQE FLDTFTSYRD SVRSIQVYNS NNAANYNDDQ DDADERDLLG DDDGDDLEKE KKAASSTSL NILPHRIIIS LDDLREFDRS FWSGILVEPA YFIPPAEKAL TDLADSMDDV PHPNASAVSS RHPWKLSFKG S FGAHALSP ...文字列:
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UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM3

+
分子 #9: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 105.138375 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSQQSSSPTK EDNNSSSPVV PNPDSVPPQL SSPALFYSSS SSQGDIYGRN NSQNLSQGEG NIRAAIGSSP LNFPSSSQRQ NSDVFQSQG RQGRIRSSAS ASGRSRYHSD LRSDRALPTS SSSLGRNGQN RVHMRRNDIH TSDLSSPRRI VDFDTRSGVN T LDTSSSSA ...文字列:
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UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM4

+
分子 #10: Minichromosome maintenance protein 5

分子名称: Minichromosome maintenance protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 86.505734 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSFDRPEIYS APVLQGESPN DDDNTEIIKS FKNFILEFRL DSQFIYRDQL RNNILVKNYS LTVNMEHLIG YNEDIYKKLS DEPSDIIPL FETAITQVAK RISILSRAQS ANNNDKDPEN TSMDTDSLLL NSLPTFQLIL NSNANQIPLR DLDSEHVSKI V RLSGIIIS ...文字列:
MSFDRPEIYS APVLQGESPN DDDNTEIIKS FKNFILEFRL DSQFIYRDQL RNNILVKNYS LTVNMEHLIG YNEDIYKKLS DEPSDIIPL FETAITQVAK RISILSRAQS ANNNDKDPEN TSMDTDSLLL NSLPTFQLIL NSNANQIPLR DLDSEHVSKI V RLSGIIIS TSVLSSRATY LSIMCRNCRH TTSITINNFN SITGNTVSLP RSCLSTIESE SSMANESNIG DESTKKNCGP DP YIIIHES SKFIDQQFLK LQEIPELVPV GEMPRNLTMT CDRYLTNKVI PGTRVTIVGI YSIYNSKNGA GSGRSGGGNG GSG VAIRTP YIKILGIQSD VETSSIWNSV TMFTEEEEEE FLQLSRNPKL YEILTNSIAP SIFGNEDIKK AIVCLLMGGS KKIL PDGMR LRGDINVLLL GDPGTAKSQL LKFVEKVSPI AVYTSGKGSS AAGLTASVQR DPMTREFYLE GGAMVLADGG VVCID EFDK MRDEDRVAIH EAMEQQTISI AKAGITTVLN SRTSVLAAAN PIYGRYDDLK SPGDNIDFQT TILSRFDMIF IVKDDH NEE RDISIANHVI NIHTGNANAM QNQQEENGSE ISIEKMKRYI TYCRLKCAPR LSPQAAEKLS SNFVTIRKQL LINELES TE RSSIPITIRQ LEAIIRITES LAKLELSPIA QERHVDEAIR LFQASTMDAA SQDPIGGLNQ ASGTSLSEIR RFEQELKR R LPIGWSTSYQ TLRREFVDTH RFSQLALDKA LYALEKHETI QLRHQGQNIY RSGV

UniProtKB: Minichromosome maintenance protein 5

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分子 #11: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 113.110211 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM ...文字列:
MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM AISEQYYRFL PFLQKGLRRV VRKYAPELLN TSDSLKRSEG DEGQADEDEQ QDDDMNGSSL PRDSGSSAAP GN GTSAMAT RSITTSTSPE QTERVFQISF FNLPTVHRIR DIRSEKIGSL LSISGTVTRT SEVRPELYKA SFTCDMCRAI VDN VEQSFK YTEPTFCPNP SCENRAFWTL NVTRSRFLDW QKVRIQENAN EIPTGSMPRT LDVILRGDSV ERAKPGDRCK FTGV EIVVP DVTQLGLPGV KPSSTLDTRG ISKTTEGLNS GVTGLRSLGV RDLTYKISFL ACHVISIGSN IGASSPDANS NNRET ELQM AANLQANNVY QDNERDQEVF LNSLSSDEIN ELKEMVKDEH IYDKLVRSIA PAVFGHEAVK KGILLQMLGG VHKSTV EGI KLRGDINICV VGDPSTSKSQ FLKYVVGFAP RSVYTSGKAS SAAGLTAAVV RDEEGGDYTI EAGALMLADN GICCIDE FD KMDISDQVAI HEAMEQQTIS IAKAGIHATL NARTSILAAA NPVGGRYNRK LSLRGNLNMT APIMSRFDLF FVILDDCN E KIDTELASHI VDLHMKRDEA IEPPFSAEQL RRYIKYARTF KPILTKEARS YLVEKYKELR KDDAQGFSRS SYRITVRQL ESMIRLSEAI ARANCVDEIT PSFIAEAYDL LRQSIIRVDV DDVEMDEEFD NIESQSHAAS GNNDDNDDGT GSGVITSEPP ADIEEGQSE ATARPGTSEK KKTTVTYDKY VSMMNMIVRK IAEVDREGAE ELTAVDIVDW YLLQKENDLG SLAEYWEERR L AFKVIKRL VKDRILMEIH GTRHNLRDLE NEENENNKTV YVIHPNCEVL DQLEPQDSS

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM6

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分子 #12: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 95.049875 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD ...文字列:
MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD TTMDPPSSMN DALREVVEDE TELFPPNLTR RYFLYFKPLS QNCARRYRKK AISSKPLSVR QIKGDFLGQL IT VRGIITR VSDVKPAVEV IAYTCDQCGY EVFQEVNSRT FTPLSECTSE ECSQNQTKGQ LFMSTRASKF SAFQECKIQE LSQ QVPVGH IPRSLNIHVN GTLVRSLSPG DIVDVTGIFL PAPYTGFKAL KAGLLTETYL EAQFVRQHKK KFASFSLTSD VEER VMELI TSGDVYNRLA KSIAPEIYGN LDVKKALLLL LVGGVDKRVG DGMKIRGDIN VCLMGDPGVA KSQLLKAICK ISPRG VYTT GKGSSGVGLT AAVMKDPVTD EMILEGGALV LADNGICCID EFDKMDESDR TAIHEVMEQQ TISISKAGIN TTLNAR TSI LAAANPLYGR YNPRLSPLDN INLPAALLSR FDILFLMLDI PSRDDDEKLA EHVTYVHMHN KQPDLDFTPV EPSKMRE YI AYAKTKRPVM SEAVNDYVVQ AYIRLRQDSK REMDSKFSFG QATPRTLLGI IRLSQALAKL RLADMVDIDD VEEALRLV R VSKESLYQET NKSKEDESPT TKIFTIIKKM LQETGKNTLS YENIVKTVRL RGFTMLQLSN CIQEYSYLNV WHLINEGNT LKFVDDGTMD TDQEDSLVST PKLAPQTTAS ANVSAQDSDI DLQDA

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM7

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分子 #13: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 6 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53853
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6ptn:
Structure of Ctf4 trimer in complex with two CMG helicases

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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