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万見
- EMDB-2045: Subtomogram average of type VI secretion system (T6SS) sheath -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2045
タイトルSubtomogram average of type VI secretion system (T6SS) sheath
マップデータelectron cryotomography, sub-tomogram average
試料
  • 試料: Type VI Secretion System sheath
  • 細胞器官・細胞要素: Type VI Secretion Sheath
キーワードtype VI secretion system / T6SS / bacterial secretion / sheath / VipA / VipB / VipAB
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Basler M / Pilhofer M / Henderson GP / Jensen GJ / Mekalanos JJ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Type VI secretion requires a dynamic contractile phage tail-like structure.
著者: M Basler / M Pilhofer / G P Henderson / G J Jensen / J J Mekalanos /
要旨: Type VI secretion systems are bacterial virulence-associated nanomachines composed of proteins that are evolutionarily related to components of bacteriophage tails. Here we show that protein ...Type VI secretion systems are bacterial virulence-associated nanomachines composed of proteins that are evolutionarily related to components of bacteriophage tails. Here we show that protein secretion by the type VI secretion system of Vibrio cholerae requires the action of a dynamic intracellular tubular structure that is structurally and functionally homologous to contractile phage tail sheath. Time-lapse fluorescence light microscopy reveals that sheaths of the type VI secretion system cycle between assembly, quick contraction, disassembly and re-assembly. Whole-cell electron cryotomography further shows that the sheaths appear as long tubular structures in either extended or contracted conformations that are connected to the inner membrane by a distinct basal structure. These data support a model in which the contraction of the type VI secretion system sheath provides the energy needed to translocate proteins out of effector cells and into adjacent target cells.
履歴
登録2012年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年2月23日-
マップ公開2012年3月1日-
更新2013年2月27日-
現状2013年2月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: -120
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: -120
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EM-2045-T6SS...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2045.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈electron cryotomography, sub-tomogram average
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.3 Å/pix.
x 100 pix.
= 630. Å		6.3 Å/pix.
x 70 pix.
= 441. Å		6.3 Å/pix.
x 70 pix.
= 441. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: -100.0 / ムービー #1: -120
最小 - 最大-209.621429440000014 - -48.78173065
平均 (標準偏差)-140.214828490000002 (±19.2406826)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ7070100
Spacing7070100
セルA: 441.0 Å / B: 441.0 Å / C: 630.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.36.36.3
M x/y/z7070100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z441.000441.000630.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS7070100
D min/max/mean-209.621-48.782-140.215

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type VI Secretion System sheath

全体名称: Type VI Secretion System sheath
要素
  • 試料: Type VI Secretion System sheath
  • 細胞器官・細胞要素: Type VI Secretion Sheath

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超分子 #1000: Type VI Secretion System sheath

超分子名称: Type VI Secretion System sheath / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Type VI Secretion Sheath

超分子名称: Type VI Secretion Sheath / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 2740-80

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50mM Tris, 150mM NaCl
グリッド詳細: R 2/2 Quantifoil
凍結凍結剤: OTHER / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Gatan
日付2011年5月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 34000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 120. Average tomographic tilt angle increment: 2.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: ETOMO,RAPTOR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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