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- EMDB-20411: MicroED Structure of a Natural Product VFAThiaGlu -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20411
タイトルMicroED Structure of a Natural Product VFAThiaGlu
マップデータNatural Product VFAThiaGlu
試料
  • 複合体: VAL-PHE-ALA-ThiaGLU
    • タンパク質・ペプチド: YFAThiaGlu
  • リガンド: water
キーワードRibosomal synthesized small peptide / MicroED / microcrystal electron diffraction / UNKNOWN FUNCTION
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Halaby S / Gonen T
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R37 GM058822 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)F32 GM129944 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)F32 GM120868 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Use of a scaffold peptide in the biosynthesis of amino acid-derived natural products.
著者: Chi P Ting / Michael A Funk / Steve L Halaby / Zhengan Zhang / Tamir Gonen / Wilfred A van der Donk /
要旨: Genome sequencing of environmental bacteria allows identification of biosynthetic gene clusters encoding unusual combinations of enzymes that produce unknown natural products. We identified a pathway ...Genome sequencing of environmental bacteria allows identification of biosynthetic gene clusters encoding unusual combinations of enzymes that produce unknown natural products. We identified a pathway in which a ribosomally synthesized small peptide serves as a scaffold for nonribosomal peptide extension and chemical modification. Amino acids are transferred to the carboxyl terminus of the peptide through adenosine triphosphate and amino acyl-tRNA-dependent chemistry that is independent of the ribosome. Oxidative rearrangement, carboxymethylation, and proteolysis of a terminal cysteine yields an amino acid-derived small molecule. Microcrystal electron diffraction demonstrates that the resulting product is isosteric to glutamate. We show that a similar peptide extension is used during the biosynthesis of the ammosamides, which are cytotoxic pyrroloquinoline alkaloids. These results suggest an alternative paradigm for biosynthesis of amino acid-derived natural products.
履歴
登録2019年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月7日-
マップ公開2019年8月7日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.47628
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.47628
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6po6
  • 表面レベル: 0.47628
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6po6
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20411.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20411.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1004.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Natural Product VFAThiaGlu
ボクセルのサイズX: 0.30188 Å / Y: 0.29938 Å / Z: 0.31947 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.47628 / ムービー #1: 0.47628
最小 - 最大-0.40235433 - 3.662926
平均 (標準偏差)-0.005296943 (±0.3175154)
対称性空間群: 4
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-15-23-9
サイズ638051
Spacing323238
セルA: 9.66 Å / B: 9.58 Å / C: 12.14 Å
α: 90.0 ° / β: 93.999 ° / γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.3018750.2993750.31947368421053
M x/y/z323238
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z9.6609.58012.140
α/β/γ90.00093.99990.000
start NX/NY/NZ-15-9-23
NX/NY/NZ635180
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-23-15-9
NC/NR/NS806351
D min/max/mean-0.4023.663-0.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VAL-PHE-ALA-ThiaGLU

全体名称: VAL-PHE-ALA-ThiaGLU
要素
  • 複合体: VAL-PHE-ALA-ThiaGLU
    • タンパク質・ペプチド: YFAThiaGlu
  • リガンド: water

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超分子 #1: VAL-PHE-ALA-ThiaGLU

超分子名称: VAL-PHE-ALA-ThiaGLU / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pseudomonas syringae (バクテリア)

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分子 #1: YFAThiaGlu

分子名称: YFAThiaGlu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas syringae (バクテリア)
分子量理論値: 482.55 Da
配列文字列:
VFA(OV7)

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 77.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 0.01 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1100 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 7590 / Number structure factors: 3047 / Fourier space coverage: 95.4 / R sym: 23.5 / R merge: 23.5 / Overall phase error: 0 / Overall phase residual: 15 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 0.9 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 0.9 Å / 殻 - Low resolution: 0.93 Å / 殻 - Number structure factors: 642 / 殻 - Phase residual: 15 / 殻 - Fourier space coverage: 92.8 / 殻 - Multiplicity: 2.25

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 3.746
得られたモデル

PDB-6po6:
MicroED Structure of a Natural Product VFAThiaGlu

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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