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- EMDB-20012: T. Brucei Axoneme in bloodstream form revealed by cryo electron t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20012
タイトルT. Brucei Axoneme in bloodstream form revealed by cryo electron tomography with Volta phase plate.
マップデータSub-tomographic averaging of the axoneme structure from pathogen T. Brucei in its blood stream form
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Flagellum skeleton of bloodstream form T.brucei axoneme + paraflafellar Rod.
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Zhang J
資金援助 スイス, 米国, 10件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationP2BEP3_162094 スイス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007185 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI052348 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10RR23057 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
Swiss National Science FoundationP300PA_174358 スイス
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Cryo electron tomography with volta phase plate reveals novel structural foundations of the 96-nm axonemal repeat in the pathogen .
著者: Simon Imhof / Jiayan Zhang / Hui Wang / Khanh Huy Bui / Hoangkim Nguyen / Ivo Atanasov / Wong H Hui / Shun Kai Yang / Z Hong Zhou / Kent L Hill /
要旨: The 96-nm axonemal repeat includes dynein motors and accessory structures as the foundation for motility of eukaryotic flagella and cilia. However, high-resolution 3D axoneme structures are ...The 96-nm axonemal repeat includes dynein motors and accessory structures as the foundation for motility of eukaryotic flagella and cilia. However, high-resolution 3D axoneme structures are unavailable for organisms among the Excavates, which include pathogens of medical and economic importance. Here we report cryo electron tomography structures of the 96-nm repeat from , a protozoan parasite in the Excavate lineage that causes African trypanosomiasis. We examined bloodstream and procyclic life cycle stages, and a knockdown lacking DRC11/CMF22 of the nexin dynein regulatory complex (NDRC). Sub-tomogram averaging yields a resolution of 21.8 Å for the 96-nm repeat. We discovered several lineage-specific structures, including novel inter-doublet linkages and microtubule inner proteins (MIPs). We establish that DRC11/CMF22 is required for the NDRC proximal lobe that binds the adjacent doublet microtubule. We propose that lineage-specific elaboration of axoneme structure in reflects adaptations to support unique motility needs in diverse host environments.
履歴
登録2019年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月15日-
マップ公開2019年12月11日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20012.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20012.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomographic averaging of the axoneme structure from pathogen T. Brucei in its blood stream form
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.11 Å/pix.
x 166 pix.
= 847.596 Å		5.11 Å/pix.
x 160 pix.
= 816.96 Å		5.11 Å/pix.
x 220 pix.
= 1123.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.106 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.1 / ムービー #1: 1.1
最小 - 最大-3.688362 - 5.655655
平均 (標準偏差)-0.00000002208 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160220166
Spacing220160166
セルA: 1123.32 Å / B: 816.95996 Å / C: 847.596 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.1065.1065.106
M x/y/z220160166
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1123.320816.960847.596
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ401401401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220160166
D min/max/mean-3.6885.656-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: Sub-tomographic averaging of the even half from the...

ファイルemd_20012_half_map_1.map
注釈Sub-tomographic averaging of the even half from the pathogen T. Brucei in its blood stream form
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Sub-tomographic averaging of the odd half from the...

ファイルemd_20012_half_map_2.map
注釈Sub-tomographic averaging of the odd half from the pathogen T. Brucei in its blood stream form
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Flagellum skeleton of bloodstream form T.brucei axoneme + parafla...

全体名称: Flagellum skeleton of bloodstream form T.brucei axoneme + paraflafellar Rod.
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Flagellum skeleton of bloodstream form T.brucei axoneme + paraflafellar Rod.

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超分子 #1: Flagellum skeleton of bloodstream form T.brucei axoneme + parafla...

超分子名称: Flagellum skeleton of bloodstream form T.brucei axoneme + paraflafellar Rod.
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Organelle: Flagellum

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 763
抽出トモグラム数: 10 / 使用した粒子像数: 944
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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