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- EMDB-19998: CryoEM structure of LMCA1 in E1-Ca state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19998
タイトルCryoEM structure of LMCA1 in E1-Ca state
マップデータ
試料
  • 複合体: Calcium-transporting ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-transporting ATPase lmo0841
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードtransporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type ion transporter activity / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / monoatomic ion transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N ...Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-transporting ATPase lmo0841
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Prabudiansyah I / Andersson M
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Dephosphorylation and ion binding in prokaryotic calcium transport.
著者: Irfan Prabudiansyah / Fredrik Orädd / Konstantinos Magkakis / Kevin Pounot / Matteo Levantino / Magnus Andersson /
要旨: Calcium (Ca) signaling is fundamental to cellular processes in both eukaryotic and prokaryotic organisms. While the mechanisms underlying eukaryotic Ca transport are well documented, an understanding ...Calcium (Ca) signaling is fundamental to cellular processes in both eukaryotic and prokaryotic organisms. While the mechanisms underlying eukaryotic Ca transport are well documented, an understanding of prokaryotic transport remains nascent. LMCA1, a Ca adenosine triphosphatase (ATPase) from , has emerged as a prototype for elucidating structure and dynamics in prokaryotic Ca transport. Here, we used a multidisciplinary approach integrating kinetics, structure, and dynamics to unravel the intricacies of LMCA1 function. A cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a Ca-bound E1 state showed ion coordination by Asp, Asn, and Glu. Time-resolved x-ray solution scattering experiments identified phosphorylation as the rate-determining step. A cryo-EM E2P state structure exhibited remarkable similarities to a SERCA1a E2-P* state, which highlights the essential role of the unique P-A domain interface in enhancing dephosphorylation rates and reconciles earlier proposed mechanisms. Our study underscores the distinctiveness between eukaryotic and prokaryotic Ca ATPase transport systems and positions LMCA1 as a promising drug target for developing antimicrobial strategies.
履歴
登録2024年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19998.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.7 Å/pix.
x 384 pix.
= 270.336 Å		0.7 Å/pix.
x 384 pix.
= 270.336 Å		0.7 Å/pix.
x 384 pix.
= 270.336 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.704 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.28611657 - 0.4693554
平均 (標準偏差)0.000042839034 (±0.008630185)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 270.336 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19998_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19998_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Calcium-transporting ATPase

全体名称: Calcium-transporting ATPase
要素
  • 複合体: Calcium-transporting ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-transporting ATPase lmo0841
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Calcium-transporting ATPase

超分子名称: Calcium-transporting ATPase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)

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分子 #1: Calcium-transporting ATPase lmo0841

分子名称: Calcium-transporting ATPase lmo0841 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type Ca2+ transporter
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)
分子量理論値: 95.695539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AEIYRKSAAE TFTQLEATEK GLTTSEVTKR QEKYGFNELK NKKKDPLWKL FLETFKDPMV IVLVIAALVQ LVLGEVVESL IIFLVLIVN SIISVVQTRK AESSLDALRE MSAPVAKVIR DGSKQSIHAR ELVPGDVVIL DAGDFVPADG RLFESGSLKI D EGMLTGES ...文字列:
AEIYRKSAAE TFTQLEATEK GLTTSEVTKR QEKYGFNELK NKKKDPLWKL FLETFKDPMV IVLVIAALVQ LVLGEVVESL IIFLVLIVN SIISVVQTRK AESSLDALRE MSAPVAKVIR DGSKQSIHAR ELVPGDVVIL DAGDFVPADG RLFESGSLKI D EGMLTGES EAVEKYIDTI PDEVGLGDRV NMVFSGSLVV YGRGMFVVTG TASETEIGKI AGLLETAEAK QTPLQRKLES FS KKLGLGI LALCVLIFAV EAGRVLLGDN SADMATAILN AFMFAVAVAV AAIPEALSSI VTIVLAVGTN KMAKQHAIIR KLP AVETLG STSVICTDKT GTLTQNKMTV VDYYLPDGTK ENFPESPENW SEGERRLIHI AVLCNDSNIN SEGKELGDPT EVAL IAFSN KNNQDYNEIR EKFIREGEIP FDSDRKLMST LHTFNENKAM LTKGGPDVMF ARCSYVFLDG EEKPMTEEIL AKLKE TNEE FSNQALRVLA YGYKRMPADT TELKLEDEQD IVLVGLTAMI DPPREAVYAS IEESKKAGIR TVMITGDHKT TAQAIG RDI GLMDADDIAL TGQELDAMPE EELDKKLEHI AVYARVSPEN KIRIVKAWQK KGKITAMTGD GVNDAPALKQ ADIGVAM GS GTDVAKDSAA MILTDDNFVS IVDAVGVGRT VFDNIKKSIA YLFAGNLGAI IAILFALVLD WINPFTALQL LFINLVND S LPAIALGMEK AEPDVMKRKP RDINEGIFAG GTMRAVISRG VLIGIAVIIS QYIGMQISPE MSVAMAFTTL ILARTLQTF AARSNVQTAF GAGFFSNKYV IGAVLLCFVL YGITVLPGAR EIFSIPASFG LHEWSIAAGL ALAAVVMMEI IKVVQNKFFK

UniProtKB: Calcium-transporting ATPase lmo0841

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 78203
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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