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- EMDB-19944: cryoEM structure of the Drosophila melanogaster TOM core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19944
タイトルcryoEM structure of the Drosophila melanogaster TOM core complex
マップデータMap of the translocase of the outer mitochondrial membrane of Drosophila melanogaster. Main 3D volume. Sharpened map.
試料
  • 複合体: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of Drosophila melanogaster
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
キーワードComplex / outer membrane / mitochondria / membrane protein / TOM / translocase
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / porin activity / pore complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport ...mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / porin activity / pore complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GEO13367p1 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog / RH17559p / Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Ornelas P / Kuehlbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2025
タイトル: Structure of an ex vivoDrosophila TOM complex determined by single-particle cryoEM.
著者: Agalya Periasamy / Pamela Ornelas / Thomas Bausewein / Naomi Mitchell / Jiamin Zhao / Leonie M Quinn / Werner Kuehlbrandt / Jacqueline M Gulbis /
要旨: Most mitochondrial precursor proteins are encoded in the cell nucleus and synthesized on cytoplasmic ribosomes. The translocase of the outer membrane (TOM) is the main protein-import pore of ...Most mitochondrial precursor proteins are encoded in the cell nucleus and synthesized on cytoplasmic ribosomes. The translocase of the outer membrane (TOM) is the main protein-import pore of mitochondria, recognizing nascent precursors of mitochondrially targeted proteins and transferring them across the outer membrane. A 3.3 Å resolution map and molecular model of a TOM complex from Drosophila melanogaster, obtained by single-particle electron cryomicroscopy, is presented. As the first reported structure of a transgenic protein expressed and purified ex vivo from Drosophila, the method provides impetus for parallel structural and genetic analyses of protein complexes linked to human pathology. The core TOM complex extracted from native membranes of the D. melanogaster retina contains transgenic Tom40 co-assembled with four endogenous TOM components: Tom22, Tom5, Tom6 and Tom7. The Drosophila TOM structure presented here shows that the human and Drosophila TOM are very similar, with small conformational changes at two subunit interfaces attributable to variation in lipid-binding residues. The new structure provides an opportunity to pinpoint general features that differentiate the TOM structures of higher and unicellular eukaryotes. While the quaternary fold of the assembly is retained, local nuances of structural elements implicated in precursor import are indicative of subtle evolutionary change.
履歴
登録2024年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19944.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19944.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the translocase of the outer mitochondrial membrane of Drosophila melanogaster. Main 3D volume. Sharpened map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 301.32 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 301.32 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 301.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.6644163 - 0.9359728
平均 (標準偏差)0.00014972432 (±0.0154036265)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 301.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Volume half map A

ファイルemd_19944_half_map_1.map
注釈Volume half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Volume half map B

ファイルemd_19944_half_map_2.map
注釈Volume half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of D...

全体名称: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of Drosophila melanogaster
要素
  • 複合体: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of Drosophila melanogaster
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

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超分子 #1: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of D...

超分子名称: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of Drosophila melanogaster
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: Mitochondrial import receptor subunit TOM6

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 4.883772 KDa
配列文字列:
PLSIVRSIYN NEFQWMLVKS YGLFFLGVRL AKEFVGVELM PS

UniProtKB: GEO13367p1

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分子 #2: Mitochondrial import receptor subunit TOM5

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 4.308033 KDa
配列文字列:
SQPDPAEEQK RVAAEVRFNF ILFGAVIAAV RLAPIVLKH

UniProtKB: RH17559p

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分子 #3: Mitochondrial import receptor subunit TOM7

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 5.138079 KDa
配列文字列:
DRLGFVVGVV QTGFHWGFVP LVLYLGFMKG AEPGMPPLNL FSLLWQ

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog

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分子 #4: Mitochondrial import receptor subunit TOM22

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 5.352121 KDa
配列文字列:
ATVKSVKGFY SFSCNASWIF FTSAVILFAP VIFETERAQM EELHKSQ

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog

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分子 #5: Mitochondrial import receptor subunit TOM40

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 31.382713 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: AALENPGTVE ELHKKCKDIQ AITFEGAKIM LNKGLSNHFQ VSHTINMSNV VPSGYRFGAT YVGTKEFSPT EAFPVLLGDI DPAGNLNAN VIHQFSARLR CKFASQIQES KVVASQLTTD YRGSDYTLSL TVANPSIFTN SGVVVGQYLQ SVTPALALGS E LAYQFGPN ...文字列:
AALENPGTVE ELHKKCKDIQ AITFEGAKIM LNKGLSNHFQ VSHTINMSNV VPSGYRFGAT YVGTKEFSPT EAFPVLLGDI DPAGNLNAN VIHQFSARLR CKFASQIQES KVVASQLTTD YRGSDYTLSL TVANPSIFTN SGVVVGQYLQ SVTPALALGS E LAYQFGPN VPGRQIAIMS VVGRYTAGSS VWSGTLGQSG LHVCYYQKAS DQLQIGAEVE TSLRMQESVA TLAYQIDLPK AN LVFRGGI DSNWQIFGVL EKRLAPLPFT LALSGRMNHV KNNFRLGCGL MIG

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog 1

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分子 #6: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

分子名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: PLC
分子量理論値: 622.834 Da
Chemical component information

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 198185
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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