[日本語] English
万見
- EMDB-19937: 6-channel super-structure of the Mechanosensitive Ion Channel of ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19937
タイトル6-channel super-structure of the Mechanosensitive Ion Channel of Small Conductance 2 from Nematocida displodere
マップデータSix homo-heptameric channels, formed by Nematocida displodere Mechanosensitive ion channel of small conductance 2, form a higher oligomeric structure resembling a six-way cross joint.
試料
  • 複合体: Six homo-heptameric mechanosensitive ion channel of small conductance 2
    • 細胞器官・細胞要素: Homo-heptameric mechanosensitive ion channel of small conductance 2
キーワードMembrane protein / channel protein
生物種Nematocida displodere (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者Berg A / Barandun J / Berntsson RP-A
資金援助 スウェーデン, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2016-03599 スウェーデン
Swedish Research Council2023-02423 スウェーデン
Swedish Research Council2019-02011 スウェーデン
European Research Council (ERC)PolTube 948655European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nematocida displodere Mechanosensitive Ion Channel of Small Conductance 2 assembles into a unique 6-channel super-structure in vitro
著者: Berg A / Barandun J / Berntsson RP-A
履歴
登録2024年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19937.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19937.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Six homo-heptameric channels, formed by Nematocida displodere Mechanosensitive ion channel of small conductance 2, form a higher oligomeric structure resembling a six-way cross joint.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0043
最小 - 最大-0.006190855 - 0.022504931
平均 (標準偏差)-0.000017393802 (±0.0008858824)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 307.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_19937_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_19937_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19937_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19937_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Six homo-heptameric mechanosensitive ion channel of small conduct...

全体名称: Six homo-heptameric mechanosensitive ion channel of small conductance 2
要素
  • 複合体: Six homo-heptameric mechanosensitive ion channel of small conductance 2
    • 細胞器官・細胞要素: Homo-heptameric mechanosensitive ion channel of small conductance 2

-
超分子 #1: Six homo-heptameric mechanosensitive ion channel of small conduct...

超分子名称: Six homo-heptameric mechanosensitive ion channel of small conductance 2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Nematocida displodere (菌類)
分子量理論値: 64 KDa

-
超分子 #2: Homo-heptameric mechanosensitive ion channel of small conductance 2

超分子名称: Homo-heptameric mechanosensitive ion channel of small conductance 2
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Nematocida displodere (菌類)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.288 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES-KOH
300.0 mMSodium chlorideNaCl
0.05 %DDM
1.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2000 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 190000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 13 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / ソフトウェア - 詳細: beta / 使用した粒子像数: 157712
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 88000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / ソフトウェア - 詳細: beta
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る