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- EMDB-19910: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19910
タイトルCyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist.
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist.
    • タンパク質・ペプチド: Cyanide dihydratase
キーワードLeft-handed helix. / HYDROLASE
機能・相同性Nitrilase/Cyanide hydratase / Nitrilases / cyanide hydratase signature 1. / Nitrilase/cyanide hydratase, conserved site / nitrilase activity / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / Cyanide dihydratase
機能・相同性情報
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dlamini LS / Woodward JD / Sewell BT
資金援助 南アフリカ, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation in South Africa 南アフリカ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist
著者: Dlamini LS / Woodward JD / Sewell BT
履歴
登録2024年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19910.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19910.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.034
最小 - 最大-0.059854407 - 0.111659996
平均 (標準偏差)0.00024189324 (±0.006618271)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 297.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19910_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19910_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with a...

全体名称: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist.
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist.
    • タンパク質・ペプチド: Cyanide dihydratase

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超分子 #1: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with a...

超分子名称: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist.
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus pumilus (バクテリア)
分子量理論値: 703 KDa

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分子 #1: Cyanide dihydratase

分子名称: Cyanide dihydratase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 19 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus pumilus (バクテリア)
分子量理論値: 36.19873 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TSIYPKFRAA AVQAAPIYLN LEASVEKSCE LIDEAASNGA KLVAFPEAFL PGYPWFAFIG HPEYTRKFYH ELYKNAVEIP SLAIQKISE AAKRNETYVC ISCSEKDGGS LYLAQLWFNP NGDLIGKHRK MRASVAERLI WGDGSGSMMP VFQTRIGNLG G LMCWEHQV ...文字列:
TSIYPKFRAA AVQAAPIYLN LEASVEKSCE LIDEAASNGA KLVAFPEAFL PGYPWFAFIG HPEYTRKFYH ELYKNAVEIP SLAIQKISE AAKRNETYVC ISCSEKDGGS LYLAQLWFNP NGDLIGKHRK MRASVAERLI WGDGSGSMMP VFQTRIGNLG G LMCWEHQV PLDLMAMNAQ NEQVHVASWP GYFDDEISSR YYAIATQTFV LMTSSIYTEE MKEMICLTQE QRDYFETFKS GH TCIYGPD GEPISDMVPA ETEGIAYAEI DVERVIDYKY YIDPAGHYSN QSLSMNFNQQ PTPVVKHLNH QKNEVFTYED IQ

UniProtKB: Cyanide dihydratase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: Tris-HCl / 構成要素 - 名称: Tris-(hydroxymethyl) aminomethane / 詳細: 50 mM NaCL, 50 mM Tris-HCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 2.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 31418 / 平均露光時間: 2.04 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2387974
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Initial model built ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 50 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / 使用した粒子像数: 200866
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
最終 3次元分類クラス数: 50
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other
詳細: The initial model was built ab initio using the map and amino acid sequence.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 101.248
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9er3:
Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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