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- EMDB-19909: PolII-TCR-STK19 structure. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19909
タイトルPolII-TCR-STK19 structure.
マップデータMain map.
試料
  • 複合体: Pol II-TCR-STK19
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
    • DNA: x 2種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 4種
キーワードComplex / DNA repair / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / positive regulation of single strand break repair / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / B-WICH complex / DNA protection / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / Formation of RNA Pol II elongation complex ...negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / positive regulation of single strand break repair / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / B-WICH complex / DNA protection / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / response to superoxide / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / ATP-dependent chromatin remodeler activity / photoreceptor cell maintenance / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / nuclear lumen / UV-damage excision repair / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / response to UV-B / RNA polymerase binding / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / RNA polymerase II complex binding / cullin family protein binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / viral release from host cell / site of DNA damage / protein tyrosine kinase activator activity / RNA Polymerase I Transcription Initiation / pyrimidine dimer repair / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to X-ray / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / ectopic germ cell programmed cell death / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of viral genome replication / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / proteasomal protein catabolic process / transcription-coupled nucleotide-excision repair / response to UV / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / protein autoubiquitination / : / JNK cascade / translation initiation factor binding / neurogenesis / positive regulation of gluconeogenesis / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of DNA repair / DNA damage checkpoint signaling / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / response to gamma radiation / nucleotide-excision repair / helicase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / base-excision repair
類似検索 - 分子機能
Serine-threonine protein kinase 19 / Inactive serine-threonine protein kinase 19 / UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / : / Transcription elongation factor 1 ...Serine-threonine protein kinase 19 / Inactive serine-threonine protein kinase 19 / UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / : / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / ENTH/VHS / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit K / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta ...RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit K / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / Inactive serine/threonine-protein kinase 19 / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA excision repair protein ERCC-6 / DNA excision repair protein ERCC-8 / DNA damage-binding protein 1 / UV-stimulated scaffold protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kokic G
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940 ドイツ
European Research Council (ERC)Advanced Investigator Grant CHROMATRANS (grant agreement No. 882357)European Union
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: STK19 facilitates the clearance of lesion-stalled RNAPII during transcription-coupled DNA repair.
著者: Diana van den Heuvel / Marta Rodríguez-Martínez / Paula J van der Meer / Nicolas Nieto Moreno / Jiyoung Park / Hyun-Suk Kim / Janne J M van Schie / Annelotte P Wondergem / Areetha D'Souza / ...著者: Diana van den Heuvel / Marta Rodríguez-Martínez / Paula J van der Meer / Nicolas Nieto Moreno / Jiyoung Park / Hyun-Suk Kim / Janne J M van Schie / Annelotte P Wondergem / Areetha D'Souza / George Yakoub / Anna E Herlihy / Krushanka Kashyap / Thierry Boissière / Jane Walker / Richard Mitter / Katja Apelt / Klaas de Lint / Idil Kirdök / Mats Ljungman / Rob M F Wolthuis / Patrick Cramer / Orlando D Schärer / Goran Kokic / Jesper Q Svejstrup / Martijn S Luijsterburg /
要旨: Transcription-coupled DNA repair (TCR) removes bulky DNA lesions impeding RNA polymerase II (RNAPII) transcription. Recent studies have outlined the stepwise assembly of TCR factors CSB, CSA, UVSSA, ...Transcription-coupled DNA repair (TCR) removes bulky DNA lesions impeding RNA polymerase II (RNAPII) transcription. Recent studies have outlined the stepwise assembly of TCR factors CSB, CSA, UVSSA, and transcription factor IIH (TFIIH) around lesion-stalled RNAPII. However, the mechanism and factors required for the transition to downstream repair steps, including RNAPII removal to provide repair proteins access to the DNA lesion, remain unclear. Here, we identify STK19 as a TCR factor facilitating this transition. Loss of STK19 does not impact initial TCR complex assembly or RNAPII ubiquitylation but delays lesion-stalled RNAPII clearance, thereby interfering with the downstream repair reaction. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) and mutational analysis reveal that STK19 associates with the TCR complex, positioning itself between RNAPII, UVSSA, and CSA. The structural insights and molecular modeling suggest that STK19 positions the ATPase subunits of TFIIH onto DNA in front of RNAPII. Together, these findings provide new insights into the factors and mechanisms required for TCR.
履歴
登録2024年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2024年12月25日-
現状2024年12月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_19909.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19909.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map.
投影像・断面図

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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 360 pix.
= 442.8 Å		1.23 Å/pix.
x 360 pix.
= 442.8 Å		1.23 Å/pix.
x 360 pix.
= 442.8 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.873
最小 - 最大-3.7455173 - 7.590248
平均 (標準偏差)0.014050737 (±0.14010772)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 442.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map.

ファイルemd_19909_half_map_1.map
注釈Half map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map.

ファイルemd_19909_half_map_2.map
注釈Half map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pol II-TCR-STK19

全体名称: Pol II-TCR-STK19
要素
  • 複合体: Pol II-TCR-STK19
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of Inactive serine/threonine-protein kinase 19
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit D
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit K
    • DNA: NTS
    • DNA: TS
    • タンパク質・ペプチド: UV-stimulated scaffold protein A
    • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-6
    • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-8
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
  • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor 1 homolog
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
超分子 #1: Pol II-TCR-STK19

超分子名称: Pol II-TCR-STK19 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17, #19-#21
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.556836 KDa
配列文字列:
CAAAAUCGAG AGGA

+
分子 #2: Isoform 1 of Inactive serine/threonine-protein kinase 19

分子名称: Isoform 1 of Inactive serine/threonine-protein kinase 19
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.9265 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSWKRHHLIP ETFGVKRRRK RGPVESDPLR GEPGSARAAV SELMQLFPRG LFEDALPPIV LRSQVYSLVP DRTVADRQLK ELQEQGEIR IVQLGFDLDA HGIIFTEDYR TRVCDCVLKA CDGRPYAGAV QKFLASVLPA CGDLSFQQDQ MTQTFGFRDS E ITHLVNAG ...文字列:
MSWKRHHLIP ETFGVKRRRK RGPVESDPLR GEPGSARAAV SELMQLFPRG LFEDALPPIV LRSQVYSLVP DRTVADRQLK ELQEQGEIR IVQLGFDLDA HGIIFTEDYR TRVCDCVLKA CDGRPYAGAV QKFLASVLPA CGDLSFQQDQ MTQTFGFRDS E ITHLVNAG VLTVRDAGSW WLAVPGAGRF IKYFVKGRQA VLSMVRKAKY RELLLSELLG RRAPVVVRLG LTYHVHDLIG AQ LVDCIST TSGTLLRLPE T

UniProtKB: Inactive serine/threonine-protein kinase 19

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 218.889547 KDa
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ PEGDEDLTKE KGHGGCGRYQ PRIRRSGLEL YAEWKHVNED SQEKKILLSP ERVHEIFKRI SDEECFVLGM EP RYARPEW MIVTVLPVPP LSVRPAVVMQ GSARNQDDLT HKLADIVKIN NQLRRNEQNG AAAHVIAEDV KLLQFHVATM VDN ELPGLP RAMQKSGRPL KSLKQRLKGK EGRVRGNLMG KRVDFSARTV ITPDPNLSID QVGVPRSIAA NMTFAEIVTP FNID RLQEL VRRGNSQYPG AKYIIRDNGD RIDLRFHPKP SDLHLQTGYK VERHMCDGDI VIFNRQPTLH KMSMMGHRVR ILPWS TFRL NLSVTTPYNA DFDGDEMNLH LPQSLETRAE IQELAMVPRM IVTPQSNRPV MGIVQDTLTA VRKFTKRDVF LERGEV MNL LMFLSTWDGK VPQPAILKPR PLWTGKQIFS LIIPGHINCI RTHSTHPDDE DSGPYKHISP GDTKVVVENG ELIMGIL CK KSLGTSAGSL VHISYLEMGH DITRLFYSNI QTVINNWLLI EGHTIGIGDS IADSKTYQDI QNTIKKAKQD VIEVIEKA H NNELEPTPGN TLRQTFENQV NRILNDARDK TGSSAQKSLS EYNNFKSMVV SGAKGSKINI SQVIAVVGQQ NVEGKRIPF GFKHRTLPHF IKDDYGPESR GFVENSYLAG LTPTEFFFHA MGGREGLIDT AVKTAETGYI QRRLIKSMES VMVKYDATVR NSINQVVQL RYGEDGLAGE SVEFQNLATL KPSNKAFEKK FRFDYTNERA LRRTLQEDLV KDVLSNAHIQ NELEREFERM R EDREVLRV IFPTGDSKVV LPCNLLRMIW NAQKIFHINP RLPSDLHPIK VVEGVKELSK KLVIVNGDDP LSRQAQENAT LL FNIHLRS TLCSRRMAEE FRLSGEAFDW LLGEIESKFN QAIAHPGEMV GALAAQSLGE PATQMTLNTF HYAGVSAKNV TLG VPRLKE LINISKKPKT PSLTVFLLGQ SARDAERAKD ILCRLEHTTL RKVTANTAIY YDPNPQSTVV AEDQEWVNVY YEMP DFDVA RISPWLLRVE LDRKHMTDRK LTMEQIAEKI NAGFGDDLNC IFNDDNAEKL VLRIRIMNSD ENKMQEEEEV VDKMD DDVF LRCIESNMLT DMTLQGIEQI SKVYMHLPQT DNKKKIIITE DGEFKALQEW ILETDGVSLM RVLSEKDVDP VRTTSN DIV EIFTVLGIEA VRKALERELY HVISFDGSYV NYRHLALLCD TMTCRGHLMA ITRHGVNRQD TGPLMKCSFE ETVDVLM EA AAHGESDPMK GVSENIMLGQ LAPAGTGCFD LLLDAEKCKY GMEIPTNIPG LGAAGPTGMF FGSAPSPMGG ISPAMTPW N QGATPAYGAW SPSVGSGMTP GAAGFSPSAA SDASGFSPGY SPAWSPTPGS PGSPGPSSPY IPSPGGAMSP SYSPTSPAY EPRSPGGYTP QSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPNYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS P NYSPTSPN YTPTSPSYSP TSPSYSPTSP NYTPTSPNYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPSSPRYTPQ SPTYTPSSPS YS PSSPSYS PTSPKYTPTS PSYSPSSPEY TPTSPKYSPT SPKYSPTSPK YSPTSPTYSP TTPKYSPTSP TYSPTSPVYT PTS PKYSPT SPTYSPTSPK YSPTSPTYSP TSPKGSTYSP TSPGYSPTSP TYSLTSPAIS PDDSDEEN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 133.201625 KDa
配列文字列: MQYDEDDDEI TPDLWQEACW IVISSYFDEK GLVRQQLDSF DEFIQMSVQR IVEDAPPIDL QAEAQHASGE VEEPPRYLLK FEQIYLSKP THWERDGAPS PMMPNEARLR NLTYSAPLYV DITKTVIKEG EEQLQTQHQK TFIGKIPIML RSTYCLLNGL T DRDLCELN ...文字列:
MQYDEDDDEI TPDLWQEACW IVISSYFDEK GLVRQQLDSF DEFIQMSVQR IVEDAPPIDL QAEAQHASGE VEEPPRYLLK FEQIYLSKP THWERDGAPS PMMPNEARLR NLTYSAPLYV DITKTVIKEG EEQLQTQHQK TFIGKIPIML RSTYCLLNGL T DRDLCELN ECPLDPGGYF IINGSEKVLI AQEKMATNTV YVFAKKDSKY AYTGECRSCL ENSSRPTSTI WVSMLARGGQ GA KKSAIGQ RIVATLPYIK QEVPIIIVFR ALGFVSDRDI LEHIIYDFED PEMMEMVKPS LDEAFVIQEQ NVALNFIGSR GAK PGVTKE KRIKYAKEVL QKEMLPHVGV SDFCETKKAY FLGYMVHRLL LAALGRRELD DRDHYGNKRL DLAGPLLAFL FRGM FKNLL KEVRIYAQKF IDRGKDFNLE LAIKTRIISD GLKYSLATGN WGDQKKAHQA RAGVSQVLNR LTFASTLSHL RRLNS PIGR DGKLAKPRQL HNTLWGMVCP AETPEGHAVG LVKNLALMAY ISVGSQPSPI LEFLEEWSME NLEEISPAAI ADATKI FVN GCWVGIHKDP EQLMNTLRKL RRQMDIIVSE VSMIRDIRER EIRIYTDAGR ICRPLLIVEK QKLLLKKRHI DQLKERE YN NYSWQDLVAS GVVEYIDTLE EETVMLAMTP DDLQEKEVAY CSTYTHCEIH PSMILGVCAS IIPFPDHNQS PRNTYQSA M GKQAMGVYIT NFHVRMDTLA HVLYYPQKPL VTTRSMEYLR FRELPAGINS IVAIASYTGY NQEDSVIMNR SAVDRGFFR SVFYRSYKEQ ESKKGFDQEE VFEKPTRETC QGMRHAIYDK LDDDGLIAPG VRVSGDDVII GKTVTLPENE DELEGTNRRY TKRDCSTFL RTSETGIVDQ VMVTLNQEGY KFCKIRVRSV RIPQIGDKFA SRHGQKGTCG IQYRQEDMPF TCEGITPDII I NPHAIPSR MTIGHLIECL QGKVSANKGE IGDATPFNDA VNVQKISNLL SDYGYHLRGN EVLYNGFTGR KITSQIFIGP TY YQRLKHM VDDKIHSRAR GPIQILNRQP MEGRSRDGGL RFGEMERDCQ IAHGAAQFLR ERLFEASDPY QVHVCNLCGI MAI ANTRTH TYECRGCRNK TQISLVRMPY ACKLLFQELM SMSIAPRMMS V

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 31.439074 KDa
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG FGKEHAKWNP TAGVAFEYDP DNALRHTVYP KPEEWPKSEY SELDEDESQA PYDPNGKPER FYYNVESCGS LR PETIVLS ALSGLKKKLS DLQTQLSHEI QSDVLTIN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #6: RNA polymerase II subunit D

分子名称: RNA polymerase II subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 16.331255 KDa
配列文字列:
MAAGGSDPRA GDVEEDASQL IFPKEFETAE TLLNSEVHML LEHRKQQNES AEDEQELSEV FMKTLNYTAR FSRFKNRETI ASVRSLLLQ KKLHKFELAC LANLCPETAE ESKALIPSLE GRFEDEELQQ ILDDIQTKRS FQY

UniProtKB: RNA polymerase II subunit D

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 24.644318 KDa
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.477001 KDa
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIISD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 19.314283 KDa
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVV TQVNKVGLFT EIGPMSCFIS RHSIPSEMEF DPNSNPPCYK TMDEDIVIQQ DDEIRLKIVG TRVDKNDIFA I GSLMDDYL GLVS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 17.162273 KDa
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.541221 KDa
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQIIA DVSQDPTLPR TEDHPCQKC GHKEAVFFQS HSARAEDAMR LYYVCTAPHC GHRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.655123 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #13: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.310284 KDa
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEHK IIIRVQTTPD YSPQEAFTN AITDLISELS LLEERFRVAI KDKQEGIE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

+
分子 #14: RNA polymerase II subunit K

分子名称: RNA polymerase II subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.018244 KDa
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: RNA polymerase II subunit K

+
分子 #17: UV-stimulated scaffold protein A

分子名称: UV-stimulated scaffold protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.72168 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDQKLSKLVE ELTTSGEPRL NPEKMKELKK ICKSSEEQLS RAYRLLIAQL TQEHAEIRLS AFQIVEELFV RSHQFRMLVV SNFQEFLEL TLGTDPAQPL PPPREAAQRL RQATTRAVEG WNEKFGEAYK KLALGYHFLR HNKKVDFQDT NARSLAERKR E EEKQKHLD ...文字列:
MDQKLSKLVE ELTTSGEPRL NPEKMKELKK ICKSSEEQLS RAYRLLIAQL TQEHAEIRLS AFQIVEELFV RSHQFRMLVV SNFQEFLEL TLGTDPAQPL PPPREAAQRL RQATTRAVEG WNEKFGEAYK KLALGYHFLR HNKKVDFQDT NARSLAERKR E EEKQKHLD KIYQERASQA EREMQEMSGE IESCLTEVES CFRLLVPFDF DPNPETESLG MASGMSDALR SSCAGQVGPC RS GTPDPRD GEQPCCSRDL PASAGHPRAG GGAQPSQTAT GDPSDEDEDS DLEEFVRSHG LGSHKYTLDV ELCSEGLKVQ ENE DNLALI HAARDTLKLI RNKFLPAVCS WIQRFTRVGT HGGCLKRAID LKAELELVLR KYKELDIEPE GGERRRTEAL GDAE EDEDD EDFVEVPEKE GYEPHIPDHL RPEYGLEAAP EKDTVVRCLR TRTRMDEEVS DPTSAAAQLR QLRDHLPPPS SASPS RALP EPQEAQKLAA ERARAPVVPY GVDLHYWGQE LPTAGKIVKS DSQHRFWKPS EVEEEVVNAD ISEMLRSRHI TFAGKF EPV QHWCRAPRPD GRLCERQDRL KCPFHGKIVP RDDEGRPLDP EDRAREQRRQ LQKQERPEWQ DPELMRDVEA ATGQDLG SS RYSGKGRGKK RRYPSLTNLK AQADTARARI GRKVFAKAAV RRVVAAMNRM DQKKHEKFSN QFNYALN

UniProtKB: UV-stimulated scaffold protein A

+
分子 #18: Transcription elongation factor 1 homolog

分子名称: Transcription elongation factor 1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.272097 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
LETQFTCPFC NHEKSCDVKM DRARNTGVIS CTVCLEEFQT PITYLSEPVD VYSDWIDACE AANQ

UniProtKB: Transcription elongation factor 1 homolog

+
分子 #19: DNA excision repair protein ERCC-6

分子名称: DNA excision repair protein ERCC-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 168.673547 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MPNEGIPHSS QTQEQDCLQS QPVSNNEEMA IKQESGGDGE VEEYLSFRSV GDGLSTSAVG CASAAPRRGP ALLHIDRHQI QAVEPSAQA LELQGLGVDV YDQDVLEQGV LQQVDNAIHE ASRASQLVDV EKEYRSVLDD LTSCTTSLRQ INKIIEQLSP Q AATSRDIN ...文字列:
MPNEGIPHSS QTQEQDCLQS QPVSNNEEMA IKQESGGDGE VEEYLSFRSV GDGLSTSAVG CASAAPRRGP ALLHIDRHQI QAVEPSAQA LELQGLGVDV YDQDVLEQGV LQQVDNAIHE ASRASQLVDV EKEYRSVLDD LTSCTTSLRQ INKIIEQLSP Q AATSRDIN RKLDSVKRQK YNKEQQLKKI TAKQKHLQAI LGGAEVKIEL DHASLEEDAE PGPSSLGSML MPVQETAWEE LI RTGQMTP FGTQIPQKQE KKPRKIMLNE ASGFEKYLAD QAKLSFERKK QGCNKRAARK APAPVTPPAP VQNKNKPNKK ARV LSKKEE RLKKHIKKLQ KRALQFQGKV GLPKARRPWE SDMRPEAEGD SEGEESEYFP TEEEEEEEDD EVEGAEADLS GDGT DYELK PLPKGGKRQK KVPVQEIDDD FFPSSGEEAE AASVGEGGGG GRKVGRYRDD GDEDYYKQRL RRWNKLRLQD KEKRL KLED DSEESDAEFD EGFKVPGFLF KKLFKYQQTG VRWLWELHCQ QAGGILGDEM GLGKTIQIIA FLAGLSYSKI RTRGSN YRF EGLGPTVIVC PTTVMHQWVK EFHTWWPPFR VAILHETGSY THKKEKLIRD VAHCHGILIT SYSYIRLMQD DISRYDW HY VILDEGHKIR NPNAAVTLAC KQFRTPHRII LSGSPMQNNL RELWSLFDFI FPGKLGTLPV FMEQFSVPIT MGGYSNAS P VQVKTAYKCA CVLRDTINPY LLRRMKSDVK MSLSLPDKNE QVLFCRLTDE QHKVYQNFVD SKEVYRILNG EMQIFSGLI ALRKICNHPD LFSGGPKNLK GLPDDELEED QFGYWKRSGK MIVVESLLKI WHKQGQRVLL FSQSRQMLDI LEVFLRAQKY TYLKMDGTT TIASRQPLIT RYNEDTSIFV FLLTTRVGGL GVNLTGANRV VIYDPDWNPS TDTQARERAW RIGQKKQVTV Y RLLTAGTI EEKIYHRQIF KQFLTNRVLK DPKQRRFFKS NDLYELFTLT SPDASQSTET SAIFAGTGSD VQTPKCHLKR RI QPAFGAD HDVPKRKKFP ASNISVNDAT SSEEKSEAKG AEVNAVTSNR SDPLKDDPHM SSNVTSNDRL GEETNAVSGP EEL SVISGN GECSNSSGTG KTSMPSGDES IDEKLGLSYK RERPSQAQTE AFWENKQMEN NFYKHKSKTK HHSVAEEETL EKHL RPKQK PKNSKHCRDA KFEGTRIPHL VKKRRYQKQD SENKSEAKEQ SNDDYVLEKL FKKSVGVHSV MKHDAIMDGA SPDYV LVEA EANRVAQDAL KALRLSRQRC LGAVSGVPTW TGHRGISGAP AGKKSRFGKK RNSNFSVQHP SSTSPTEKCQ DGIMKK EGK DNVPEHFSGR AEDADSSSGP LASSSLLAKM RARNHLILPE RLESESGHLQ EASALLPTTE HDDLLVEMRN FIAFQAH TD GQASTREILQ EFESKLSASQ SCVFRELLRN LCTFHRTSGG EGIWKLKPEY C

UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-6

+
分子 #20: DNA excision repair protein ERCC-8

分子名称: DNA excision repair protein ERCC-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.10716 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCS IGRDHPDVHR YSVETVQWYP HDTGMFTSSS FDKTLKVWDT NTLQTADVFN FEETVYSHHM SPVSTKHCLV A VGTRGPKV ...文字列:
MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCS IGRDHPDVHR YSVETVQWYP HDTGMFTSSS FDKTLKVWDT NTLQTADVFN FEETVYSHHM SPVSTKHCLV A VGTRGPKV QLCDLKSGSC SHILQGHRQE ILAVSWSPRY DYILATASAD SRVKLWDVRR ASGCLITLDQ HNGKKSQAVE SA NTAHNGK VNGLCFTSDG LHLLTVGTDN RMRLWNSSNG ENTLVNYGKV CNNSKKGLKF TVSCGCSSEF VFVPYGSTIA VYT VYSGEQ ITMLKGHYKT VDCCVFQSNF QELYSGSRDC NILAWVPSLY EPVPDDDETT TKSQLNPAFE DAWSSSDEEG

UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-8

+
分子 #21: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.097469 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK ...文字列:
MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK FLYGCQAPTI CFVYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VIAVPEPFGG AIIIGQESIT YH NGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDLRVELLGE TSIAECLTYL DNG VVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIVDMCVVD LERQGQGQLV TCSGAFKEGS LRIIRNGIGI HEHA SIDLP GIKGLWPLRS DPNRETDDTL VLSFVGQTRV LMLNGEEVEE TELMGFVDDQ QTFFCGNVAH QQLIQITSAS VRLVS QEPK ALVSEWKEPQ AKNISVASCN SSQVVVAVGR ALYYLQIHPQ ELRQISHTEM EHEVACLDIT PLGDSNGLSP LCAIGL WTD ISARILKLPS FELLHKEMLG GEIIPRSILM TTFESSHYLL CALGDGALFY FGLNIETGLL SDRKKVTLGT QPTVLRT FR SLSTTNVFAC SDRPTVIYSS NHKLVFSNVN LKEVNYMCPL NSDGYPDSLA LANNSTLTIG TIDEIQKLHI RTVPLYES P RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSASTQAL SSSVSSSKLF SSSTAPHETS FGEEVEVHNL LIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKTKGD FILVGDLMRS VLLLAYKPME GNFEEIARDF NPNWMSAVEI L DDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVGLF HLGEFVNVFC HGSLVMQNLG ETSTPTQGSV LFGTVNGMIG LV TSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDISRPKMQE VVANLQYDDG SGM KREATA DDLIKVVEEL TRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

+
分子 #15: NTS

分子名称: NTS / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.027309 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DG) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG) ...文字列:
(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DG) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA) (DA)(DT)(DA)(DC)

+
分子 #16: TS

分子名称: TS / タイプ: dna / ID: 16 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.824121 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA) (DT) (DG)(DA)(DG)(DA)(DT) ...文字列:
(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA) (DT) (DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA) (DC)(DT)(DA)(DG)

+
分子 #22: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 11 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #23: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #24: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #25: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 39.6 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 113958
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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