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万見- EMDB-19906: In situ nucleosome subtomogram average from Chlamydomonas reinhardtii -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19906 | |||||||||
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タイトル | In situ nucleosome subtomogram average from Chlamydomonas reinhardtii | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | nucleosome / histone / cryo-et / chlamydomonas / chromatin / tomography / dna / in situ | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Michael AK / Righetto RD / Obr M / van der Stappen P / Lamm L / Khavnekar S / Kotecha A / Engel BD | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Towards community-driven visual proteomics with large-scalecryo-electron tomography of Chlamydomonas reinhardtii 著者: Kelley R / Khavnekar S / Righetto RD / Heebner JE / Zhang X / Obr M / Chakraborty S / Tagiltsev G / Michael AK / van Dorst S / Waltz F / McCafferty CL / Lamm L / Van der Stappen P / van den ...著者: Kelley R / Khavnekar S / Righetto RD / Heebner JE / Zhang X / Obr M / Chakraborty S / Tagiltsev G / Michael AK / van Dorst S / Waltz F / McCafferty CL / Lamm L / Van der Stappen P / van den Hoek H / Wietrzynski W / Korir PK / Weyand S / Chareshneu A / Briggs JAG / Plitzko J / Engel BD / Kotecha A | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19906.map.gz | 7.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19906-v30.xml emd-19906.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19906_fsc.xml | 4.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19906.png | 42.8 KB | ||
マスクデータ | emd_19906_msk_1.map | 8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19906.cif.gz | 4.7 KB | ||
その他 | emd_19906_half_map_1.map.gz emd_19906_half_map_2.map.gz | 4 MB 4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19906 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19906 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19906_validation.pdf.gz | 833.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19906_full_validation.pdf.gz | 832.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19906_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19906_validation.cif.gz | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19906 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19906 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19906_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19906_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19906_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Chlamydomonas reinhardtii
全体 | 名称: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Chlamydomonas reinhardtii
超分子 | 名称: Chlamydomonas reinhardtii / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: CC-3994 mat3-4 mt+ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |