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万見
- EMDB-19906: In situ nucleosome subtomogram average from Chlamydomonas reinhardtii -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19906
タイトルIn situ nucleosome subtomogram average from Chlamydomonas reinhardtii
マップデータ
試料
  • 細胞: Chlamydomonas reinhardtii
キーワードnucleosome / histone / cryo-et / chlamydomonas / chromatin / tomography / dna / in situ
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.65 Å
データ登録者Michael AK / Righetto RD / Obr M / van der Stappen P / Lamm L / Khavnekar S / Kotecha A / Engel BD
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss State Secretariat for Education, Research and Innovation スイス
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Towards community-driven visual proteomics with large-scale cryo-electron tomography of Chlamydomonas reinhardtii
著者: Kelley R / Khavnekar S / Righetto RD / Heebner J / Obr M / Zhang X / Chakraborty S / Tagiltsev G / Michael AK / van Dorst S / Waltz F / McCafferty CL / Lamm L / Zufferey S / Van der Stappen P ...著者: Kelley R / Khavnekar S / Righetto RD / Heebner J / Obr M / Zhang X / Chakraborty S / Tagiltsev G / Michael AK / van Dorst S / Waltz F / McCafferty CL / Lamm L / Zufferey S / Van der Stappen P / van den Hoek H / Wietrzynski W / Harar P / Wan W / Briggs JA / Plitzko JM / Engel BD / Kotecha A
履歴
登録2024年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19906.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.96 Å/pix.
x 128 pix.
= 250.88 Å		1.96 Å/pix.
x 128 pix.
= 250.88 Å		1.96 Å/pix.
x 128 pix.
= 250.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0005
最小 - 最大-0.0021462664 - 0.008799426
平均 (標準偏差)0.0000011970895 (±0.00017923623)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 250.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19906_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19906_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19906_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chlamydomonas reinhardtii

全体名称: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
要素
  • 細胞: Chlamydomonas reinhardtii

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超分子 #1: Chlamydomonas reinhardtii

超分子名称: Chlamydomonas reinhardtii / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-3994 mat3-4 mt+

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 3.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / ソフトウェア - 詳細: M / 使用したサブトモグラム数: 23878
抽出トモグラム数: 126 / 使用した粒子像数: 223507 / 手法: Template Matching
ソフトウェア:
名称詳細
STOPGAP (ver. 0.7.1)
PyTom (ver. 0.5.0)pytom-match-pick (GPU)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア:
名称詳細
RELION (ver. 3.1.4)
Warp (ver. 1.0.9)M
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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