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- EMDB-19898: Plasmodium falciparum sporozoite actin determined in situ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19898
タイトルPlasmodium falciparum sporozoite actin determined in situ
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: F-actin
キーワードF-actin / actin / glideosome / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Prazak V / Ferreira JL
資金援助 フランス, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000024/2020-L フランス
Wellcome Trust227774/Z/23/Z 英国
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2025
タイトル: Molecular architecture of glideosome and nuclear F-actin in Plasmodium falciparum.
著者: Vojtěch Pražák / Daven Vasishtan / Kay Grünewald / Ross G Douglas / Josie L Ferreira /
要旨: Actin-based motility is required for the transmission of malaria sporozoites. While this has been shown biochemically, filamentous actin has remained elusive and has not been directly visualised ...Actin-based motility is required for the transmission of malaria sporozoites. While this has been shown biochemically, filamentous actin has remained elusive and has not been directly visualised inside the parasite. Using focused ion beam milling and electron cryo-tomography, we studied dynamic actin filaments in unperturbed Plasmodium falciparum cells for the first time. This allowed us to dissect the assembly, path and fate of actin filaments during parasite gliding and determine a complete 3D model of F-actin within sporozoites. We observe micrometre long actin filaments, much longer than expected from in vitro studies. After their assembly at the parasite's apical end, actin filaments continue to grow as they are transported down the cell as part of the glideosome machinery, and are disassembled at the basal end in a rate-limiting step. Large pores in the IMC, constrained to the basal end, may facilitate actin exchange between the pellicular space and cytosol for recycling and maintenance of directional flow. The data also reveal striking actin bundles in the nucleus. Implications for motility and transmission are discussed.
履歴
登録2024年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19898.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 251 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.67 Å/pix.
x 40 pix.
= 266.88 Å		6.67 Å/pix.
x 40 pix.
= 266.88 Å		6.67 Å/pix.
x 40 pix.
= 266.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.672 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 11.0
最小 - 最大-18.603418000000001 - 38.303294999999999
平均 (標準偏差)-2.9768035 (±5.13677)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ404040
Spacing404040
セルA=B=C: 266.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unfiltered map

ファイルemd_19898_additional_1.map
注釈Unfiltered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_19898_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_19898_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : F-actin

全体名称: F-actin
要素
  • 細胞器官・細胞要素: F-actin

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超分子 #1: F-actin

超分子名称: F-actin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細Sporozoite stage parasites dissected from infected mosquito salivary glands were vitried on EM grids and FIB-milled. Actin was manually picked from celluar tomograms.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 28.4 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -166 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 11487
抽出トモグラム数: 29 / 使用した粒子像数: 21
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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