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万見
- EMDB-19896: Structure of IgE HMM5 bound to FceRIa cryo-EM class 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19896
タイトルStructure of IgE HMM5 bound to FceRIa cryo-EM class 5
マップデータclass05 map
試料
  • 複合体: complex of IgE HMM5 and the ectodomain of FceRIa
    • タンパク質・ペプチド: IgE HMM5 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: IgE HMM5 light chain
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードIgE / Fc receptor / allergy / antibody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


high-affinity IgE receptor activity / type I hypersensitivity / eosinophil degranulation / IgE binding / type 2 immune response / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / mast cell degranulation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated Ca+2 mobilization ...high-affinity IgE receptor activity / type I hypersensitivity / eosinophil degranulation / IgE binding / type 2 immune response / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / mast cell degranulation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å
データ登録者Andersen GR / Jensen RK
資金援助 デンマーク, 3件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0052105 デンマーク
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
Danish Council for Independent Research0135-00061B デンマーク
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The dynamics of hinge flexibility in receptor bound immunoglobulin E revealed by electron microscopy
著者: Jensen RK / Miehe M / Gandini R / Jorgensen MH / Spillner E / Andersen GR
履歴
登録2024年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19896.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈class05 map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.6 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.6 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.22359088 - 1.1817563
平均 (標準偏差)0.023961877 (±0.04713368)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 331.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: class 05 halfmap A

ファイルemd_19896_half_map_1.map
注釈class 05 halfmap A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: class 05 halfmap B

ファイルemd_19896_half_map_2.map
注釈class 05 halfmap B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of IgE HMM5 and the ectodomain of FceRIa

全体名称: complex of IgE HMM5 and the ectodomain of FceRIa
要素
  • 複合体: complex of IgE HMM5 and the ectodomain of FceRIa
    • タンパク質・ペプチド: IgE HMM5 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: IgE HMM5 light chain
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: complex of IgE HMM5 and the ectodomain of FceRIa

超分子名称: complex of IgE HMM5 and the ectodomain of FceRIa / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: IgE HMM5 heavy chain

分子名称: IgE HMM5 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.203508 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSLEESGGRL VTPGTPLTLT CTVSGFSLST YNIHWVRQAP GKGLEWIGVI DTGGGTYFAS WAKGRFAISK TSSTTVDLKM TSLTAADTA TYFCAKGFDY SASTNLWGPG TLVTISSAST QSPSVFPLTR CCKNIPSNAT SVTLGCLATG YFPEPVMVTW D TGSLNGTT ...文字列:
QSLEESGGRL VTPGTPLTLT CTVSGFSLST YNIHWVRQAP GKGLEWIGVI DTGGGTYFAS WAKGRFAISK TSSTTVDLKM TSLTAADTA TYFCAKGFDY SASTNLWGPG TLVTISSAST QSPSVFPLTR CCKNIPSNAT SVTLGCLATG YFPEPVMVTW D TGSLNGTT MTLPATTLTL SGHYATISLL TVSGAWAKQM FTCRVAHTPS STDWVDNKTF SVCSRDFTPP TVKILQSSCD GG GHFPPTI QLLCLVSGYT PGTINITWLE DGQVMDVDLS TASTTQEGEL ASTQSELTLS QKHWLSDRTY TCQVTYQGHT FED STKKCA DSNPRGVSAY LSRPSPFDLF IRKSPTITCL VVDLAPSKGT VNLTWSRASG KPVNHSTRKE EKQRNGTLTV TSTL PVGTR DWIEGETYQC RVTHPHLPRA LMRSTTKTSG PRAAPEVYAF ATPEWPGSRD KRTLACLIQN FMPEDISVQW LHNEV QLPD ARHSTTQPRK TKGSGFFVFS RLEVTRAEWE QKDEFICRAV HEAASPSQTV QRAVSSVNPG KHHHHHH

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分子 #2: IgE HMM5 light chain

分子名称: IgE HMM5 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.384795 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ELDMTQTPSS VSAPVGGSVT INCQSSQSVY GNNYLAWYQQ KAGQPPKLLI YRASTLASGA PSRFKGSGSG TQFTLTISDL ESDDAATYY CLGYYNGVIN VFGGGTNVEI KRTVGAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE ...文字列:
ELDMTQTPSS VSAPVGGSVT INCQSSQSVY GNNYLAWYQQ KAGQPPKLLI YRASTLASGA PSRFKGSGSG TQFTLTISDL ESDDAATYY CLGYYNGVIN VFGGGTNVEI KRTVGAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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分子 #3: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha

分子名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.88007 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
KPKVSLNPPW NRIFKGENVT LTCNGNNFFE VSSTKWFHNG SLSEETNSSL NIVNAKFEDS GEYKCQHQQV NESEPVYLEV FSDWLLLQA SAEVVMEGQP LFLRCHGWRN WDVYKVIYYK DGEALKYWYE NHNISITNAT VEDSGTYYCT GKVWQLDYES E PLNITVIK APR

UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: SPOTITON

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 59.16 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 18410
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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