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万見
- EMDB-19891: Distinct life cycle stages of an ectosymbiotic DPANN archaeon -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19891
タイトルDistinct life cycle stages of an ectosymbiotic DPANN archaeon
マップデータCryo-electron tomogram of the Nanobdella aerobiophila cell attached to a host cell (Metallosphaera sedula). Supplementary Data
試料
  • 細胞: Free single cell of Nanobdella aerobiophila MJ1
キーワードextracellular appendages / contact-dependent interactions / attachment organelle / CELL CYCLE
生物種Nanobdella aerobiophila (古細菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.71 Å
データ登録者Gaisin VA / Wolferen M / Albers SA / Pilhofer M
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)CoG 101000232European Union
引用ジャーナル: ISME J / 年: 2024
タイトル: Distinct life cycle stages of an ectosymbiotic DPANN archaeon.
著者: Vasil A Gaisin / Marleen van Wolferen / Sonja-Verena Albers / Martin Pilhofer /
要旨: DPANN archaea are a diverse group of microorganisms that are thought to rely on an ectosymbiotic lifestyle; however, the cell biology of these cell-cell interactions remains largely unknown. We ...DPANN archaea are a diverse group of microorganisms that are thought to rely on an ectosymbiotic lifestyle; however, the cell biology of these cell-cell interactions remains largely unknown. We applied live-cell imaging and cryo-electron tomography to the DPANN archaeon Nanobdella aerobiophila and its host, revealing two distinct life cycle stages. Free cells possess archaella and are motile. Ectobiotic cells are intimately linked with the host through an elaborate attachment organelle. Our data suggest that free cells may actively seek a new host, while the ectobiotic state is adapted to mediate intricate interaction with the host.
履歴
登録2024年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19891.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19891.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Cryo-electron tomogram of the Nanobdella aerobiophila cell attached to a host cell (Metallosphaera sedula). Supplementary Data
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.71 Å/pix.
x 400 pix.
= 4284. Å		10.71 Å/pix.
x 1440 pix.
= 15422.4 Å		10.71 Å/pix.
x 1024 pix.
= 10967.04 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-863.0 - 720.0
平均 (標準偏差)4.7308154 (±18.911959)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-209208-200
サイズ14401024400
Spacing10241440400
セルA: 10967.04 Å / B: 15422.4 Å / C: 4284.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Free single cell of Nanobdella aerobiophila MJ1

全体名称: Free single cell of Nanobdella aerobiophila MJ1
要素
  • 細胞: Free single cell of Nanobdella aerobiophila MJ1

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超分子 #1: Free single cell of Nanobdella aerobiophila MJ1

超分子名称: Free single cell of Nanobdella aerobiophila MJ1 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cryo-electron tomogram of ectosymbiotic DPANN archaeon Nanobdella aerobiophila MJ1. A single cell without the host.
由来(天然)生物種: Nanobdella aerobiophila (古細菌) / 株: MJ1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 2.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Cytodiagnostics / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 2.574 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.71 Å / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.12) / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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