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万見
- EMDB-19884: Cryo-EM Structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to a Gi het... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19884
タイトルCryo-EM Structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to a Gi heterotrimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of Jumping Spider Rhodopsin-1 with a human Gi heterotrimer
    • 複合体: Jumping Spider Rhodopsin-1
      • タンパク質・ペプチド: Kumopsin1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
  • リガンド: RETINAL
キーワードOpsin / GPCR / G protein / Signaling Complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / eye photoreceptor cell development / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor ...Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / eye photoreceptor cell development / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / photoreceptor activity / phototransduction / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase regulator activity / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / visual perception / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / Regulation of insulin secretion / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / response to peptide hormone / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / GDP binding / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / intracellular protein localization / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / G protein activity / GTPase binding / midbody / cell cortex / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / ciliary basal body / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / cell division / GTPase activity / synapse / centrosome / protein-containing complex binding / GTP binding / nucleolus / magnesium ion binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Opsin lateral eye type / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. ...Opsin lateral eye type / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Kumopsin1 / Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Hasarius adansoni (アダンソンハエトリ) / Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Tejero O / Pamula F / Koyanagi M / Nagata T / Afanasyev P / Das I / Deupi X / Sheves M / Terakita A / Schertler GFX ...Tejero O / Pamula F / Koyanagi M / Nagata T / Afanasyev P / Das I / Deupi X / Sheves M / Terakita A / Schertler GFX / Rodrigues MJ / Tsai C-J
資金援助European Union, スイス, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)951644European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission701647European Union
Swiss National Science Foundation192760 スイス
Swiss National Science Foundation18563 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Active state structures of a bistable visual opsin bound to G proteins.
著者: Oliver Tejero / Filip Pamula / Mitsumasa Koyanagi / Takashi Nagata / Pavel Afanasyev / Ishita Das / Xavier Deupi / Mordechai Sheves / Akihisa Terakita / Gebhard F X Schertler / Matthew J ...著者: Oliver Tejero / Filip Pamula / Mitsumasa Koyanagi / Takashi Nagata / Pavel Afanasyev / Ishita Das / Xavier Deupi / Mordechai Sheves / Akihisa Terakita / Gebhard F X Schertler / Matthew J Rodrigues / Ching-Ju Tsai /
要旨: Opsins are G protein-coupled receptors (GPCRs) that have evolved to detect light stimuli and initiate intracellular signaling cascades. Their role as signal transducers is critical to light ...Opsins are G protein-coupled receptors (GPCRs) that have evolved to detect light stimuli and initiate intracellular signaling cascades. Their role as signal transducers is critical to light perception across the animal kingdom. Opsins covalently bind to the chromophore 11-cis retinal, which isomerizes to the all-trans isomer upon photon absorption, causing conformational changes that result in receptor activation. Monostable opsins, responsible for vision in vertebrates, release the chromophore after activation and must bind another retinal molecule to remain functional. In contrast, bistable opsins, responsible for non-visual light perception in vertebrates and for vision in invertebrates, absorb a second photon in the active state to return the chromophore and protein to the inactive state. Structures of bistable opsins in the activated state have proven elusive, limiting our understanding of how they function as bidirectional photoswitches. Here we present active state structures of a bistable opsin, jumping spider rhodopsin isoform-1 (JSR1), in complex with its downstream signaling partners, the G and G heterotrimers. These structures elucidate key differences in the activation mechanisms between monostable and bistable opsins, offering essential insights for the rational engineering of bistable opsins into diverse optogenetic tools to control G protein signaling pathways.
履歴
登録2024年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19884.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19884.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 339.68 Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 339.68 Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 339.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8492 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.09994756 - 0.15631808
平均 (標準偏差)-0.000033297092 (±0.0016987215)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 339.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19884_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19884_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Jumping Spider Rhodopsin-1 with a human Gi het...

全体名称: Ternary complex of Jumping Spider Rhodopsin-1 with a human Gi heterotrimer
要素
  • 複合体: Ternary complex of Jumping Spider Rhodopsin-1 with a human Gi heterotrimer
    • 複合体: Jumping Spider Rhodopsin-1
      • タンパク質・ペプチド: Kumopsin1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
  • リガンド: RETINAL

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超分子 #1: Ternary complex of Jumping Spider Rhodopsin-1 with a human Gi het...

超分子名称: Ternary complex of Jumping Spider Rhodopsin-1 with a human Gi heterotrimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

+
超分子 #2: Jumping Spider Rhodopsin-1

超分子名称: Jumping Spider Rhodopsin-1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Hasarius adansoni (アダンソンハエトリ)

+
超分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Retina

+
超分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Retina

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.616211 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GGSMGCTLSA EDKAAVERSK MIDRNLREDG EKAAREVKLL LLGAGESGKS TIVKQMKIIH EAGYSEEECK QYKAVVYSNT IQSIIAIIR AMGRLKIDFG DSARADDARQ LFVLAGAAEE GFMTAELAGV IKRLWKDSGV QACFNRSREY QLNDSAAYYL N DLDRIAQP ...文字列:
GGSMGCTLSA EDKAAVERSK MIDRNLREDG EKAAREVKLL LLGAGESGKS TIVKQMKIIH EAGYSEEECK QYKAVVYSNT IQSIIAIIR AMGRLKIDFG DSARADDARQ LFVLAGAAEE GFMTAELAGV IKRLWKDSGV QACFNRSREY QLNDSAAYYL N DLDRIAQP NYIPTQQDVL RTRVKTTGIV ETHFTFKDLH FKMFDVGGQR SERKKWIHCF EGVTAIIFCV ALSDYDLVLA ED EEMNRMH ESMKLFDSIC NNKWFTDTSI ILFLNKKDLF EEKIKKSPLT ICYPEYAGSN TYEEAAAYIQ CQFEDLNKRK DTK EIYTHF TCATDTKNVQ FVFDAVTDVI IKNNLKDCGL F

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Retina
分子量理論値: 37.41693 KDa
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Retina
分子量理論値: 8.556918 KDa
配列文字列:
MPVINIEDLT EKDKLKMEVD QLKKEVTLER MLVSKCCEEF RDYVEERSGE DPLVKGIPED KNPFKELKGG CVIS

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1

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分子 #4: Kumopsin1

分子名称: Kumopsin1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hasarius adansoni (アダンソンハエトリ)
分子量理論値: 42.596293 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLPHAAKMAA RVAGDHDGRN ISIVDLLPED MLPMIHEHWY KFPPMETSMH YILGMLIIVI GIISVSGNGV VMYLMMTVKN LRTPGNFLV LNLALSDFGM LFFMMPTMSI NCFAETWVIG PFMCELYGMI GSLFGSASIW SLVMITLDRY NVIVKGMAGK P LTKVGALL ...文字列:
MLPHAAKMAA RVAGDHDGRN ISIVDLLPED MLPMIHEHWY KFPPMETSMH YILGMLIIVI GIISVSGNGV VMYLMMTVKN LRTPGNFLV LNLALSDFGM LFFMMPTMSI NCFAETWVIG PFMCELYGMI GSLFGSASIW SLVMITLDRY NVIVKGMAGK P LTKVGALL RMLFVWIWSL GWTIAPMYGW SRYVPEGSMT SCTIDYIDTA INPMSYLIAY AIFVYFVPLF IIIYCYAFIV MQ VAAHEKS LREQAKKMNI KSLRSNEDNK KASAEFRLAK VAFMTICCWF MAWTPYLTLS FLGIFSDRTW LTPMTSVWGA IFA KASACY NPIVYGISHP KYRAALHDKF PCLKCGSDSP KGDSASTVAE SEKAGEETSQ VAPA

UniProtKB: Kumopsin1

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分子 #5: RETINAL

分子名称: RETINAL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: RET
分子量理論値: 284.436 Da
Chemical component information

ChemComp-RET:
RETINAL / 7-cis-レチナ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.00 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 399427
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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画像解析 #2

Image processing ID2
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 399427
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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