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- EMDB-19881: High resolution structure of FZD7 in inactive conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19881
タイトルHigh resolution structure of FZD7 in inactive conformation
マップデータHigh resolution structure of inactive FZD7
試料
  • 複合体: FZD7 anti-parallel Dimer
    • タンパク質・ペプチド: Frizzled-7
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: water
キーワードGPCPR / Frizzled / FZD7 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / somatic stem cell division / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / mesenchymal to epithelial transition / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping ...negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / somatic stem cell division / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / mesenchymal to epithelial transition / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / frizzled binding / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / stem cell population maintenance / positive regulation of phosphorylation / negative regulation of cell-substrate adhesion / canonical Wnt signaling pathway / cellular response to retinoic acid / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / PDZ domain binding / Asymmetric localization of PCP proteins / positive regulation of JNK cascade / G protein-coupled receptor activity / recycling endosome membrane / neuron differentiation / T cell differentiation in thymus / positive regulation of MAPK cascade / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled-7, cysteine-rich Wnt-binding domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. ...Frizzled-7, cysteine-rich Wnt-binding domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bous J / Kinsolving J / Gratz L / Scharf MM / Voss J / Selcuk B / Adebali O / Schulte G
資金援助 スウェーデン, ドイツ, 7件
OrganizationGrant number国
Other government2021-00430 (Karolinska Instutet) スウェーデン
Swedish Research Council2019-01190 スウェーデン
Other government20 1102 (Swedish Cancer Society) スウェーデン
Other government23 2825 (Swedish Cancer Society) スウェーデン
Other privateUPD2021-0029 (Wenner Gren Foundation) スウェーデン
German Research Foundation (DFG)504098926 ドイツ
German Research Foundation (DFG)520506488 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of frizzled 7 activation and allosteric regulation.
著者: Julien Bous / Julia Kinsolving / Lukas Grätz / Magdalena M Scharf / Jan Hendrik Voss / Berkay Selcuk / Ogün Adebali / Gunnar Schulte /
要旨: Frizzleds (ten paralogs: FZD) belong to the class F of G protein-coupled receptors (GPCRs), which remains poorly understood despite its crucial role in multiple key biological functions including ...Frizzleds (ten paralogs: FZD) belong to the class F of G protein-coupled receptors (GPCRs), which remains poorly understood despite its crucial role in multiple key biological functions including embryonic development, stem cell regulation, and homeostasis in the adult. FZD, one of the most studied members of the family, is more specifically involved in the migration of mesendoderm cells during the development and renewal of intestinal stem cells in adults. Moreover, FZD has been highlighted for its involvement in tumor development predominantly in the gastrointestinal tract. This study reports the structure of inactive FZD, without any stabilizing mutations, determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM) at 1.9 Å resolution. We characterize a fluctuating water pocket in the core of the receptor important for FZD dynamics. Molecular dynamics simulations are used to investigate the temporal distribution of those water molecules and their importance for potential conformational changes in FZD. Moreover, we identify lipids interacting with the receptor core and a conserved cholesterol-binding site, which displays a key role in FZD association with a transducer protein, Disheveled (DVL), and initiation of downstream signaling and signalosome formation.
履歴
登録2024年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19881.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19881.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 199.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈High resolution structure of inactive FZD7
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 374 pix.
= 253.123 Å		0.68 Å/pix.
x 374 pix.
= 253.123 Å		0.68 Å/pix.
x 374 pix.
= 253.123 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6768 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.105
最小 - 最大-0.31717828 - 0.62563175
平均 (標準偏差)-0.00017869218 (±0.010248303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ374374374
Spacing374374374
セルA=B=C: 253.1232 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19881_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: High resolution structure of inactive FZD7 (halph map 1)

ファイルemd_19881_half_map_1.map
注釈High resolution structure of inactive FZD7 (halph map 1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: High resolution structure of inactive FZD7 (half map 2)

ファイルemd_19881_half_map_2.map
注釈High resolution structure of inactive FZD7 (half map 2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FZD7 anti-parallel Dimer

全体名称: FZD7 anti-parallel Dimer
要素
  • 複合体: FZD7 anti-parallel Dimer
    • タンパク質・ペプチド: Frizzled-7
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: water

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超分子 #1: FZD7 anti-parallel Dimer

超分子名称: FZD7 anti-parallel Dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 134788 kDa/nm

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分子 #1: Frizzled-7

分子名称: Frizzled-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.460859 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDQPYHGEK GISVPDHGFC QPISIPLCTD IAYNQTILPN LLGHTNQEDA GLEVHQFYPL VKVQCSPEL RFFLCSMYAP VCTVLDQAIP PCRSLCERAR QGCEALMNKF GFQWPERLRC ENFPVHGAGE ICVGQNTSDG S GGPGGGPT ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDQPYHGEK GISVPDHGFC QPISIPLCTD IAYNQTILPN LLGHTNQEDA GLEVHQFYPL VKVQCSPEL RFFLCSMYAP VCTVLDQAIP PCRSLCERAR QGCEALMNKF GFQWPERLRC ENFPVHGAGE ICVGQNTSDG S GGPGGGPT AYPTAPYLPD LPFTALPPGA SDGRGRPAFP FSCPRQLKVP PYLGYRFLGE RDCGAPCEPG RANGLMYFKE EE RRFARLW VGVWSVLCCA STLFTVLTYL VDMRRFSYPE RPIIFLSGCY FMVAVAHVAG FLLEDRAVCV ERFSDDGYRT VAQ GTKKEG CTILFMVLYF FGMASSIWWV ILSLTWFLAA GMKWGHEAIE ANSQYFHLAA WAVPAVKTIT ILAMGQVDGD LLSG VCYVG LSSVDALRGF VLAPLFVYLF IGTSFLLAGF VSLFRIRTIM KHDGTKTEKL EKLMVRIGVF SVLYTVPATI VLACY FYEQ AFREHWERTW LLQTCKSYAV PCPPGHFPPM SPDFTVFMIK YLMTMIVGIT TGFWIWSGKT LQSWRRFYHR LSHSSK GET AVSRLEVLFQ GPWSHPQFEK GGGSGGGSGG GSWSHPQFEK

UniProtKB: Frizzled-7

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #3: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 94 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.08 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
0.01 MTRIS-HCLtris hydrochloride
0.1 MNaClSodium Chloride
0.0002 %CHScholesteryl hemisuccinate tris salt
0.002 %LMNGLauryl Maltose Neopentyl Glycol
0.0002 %GDNglyco-diosgenin
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 21081 / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 7332734
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7evw
PDB 未公開エントリ


詳細: chain R
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / 使用した粒子像数: 145595
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7evw
PDB 未公開エントリ


Chain - Chain ID: R / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9epo:
High resolution structure of FZD7 in inactive conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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