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- EMDB-19843: Cleavage product of vitellogenin from the honey bee hemolymph -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19843
タイトルCleavage product of vitellogenin from the honey bee hemolymph
マップデータ
試料
  • 複合体: Vitellogenin bound to native lipids and metals
    • タンパク質・ペプチド: Vitellogenin
キーワードYolk / LLTP / zinc / vitellogenesis / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / lipid transporter activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Vitellinogen, open beta-sheet / Vitellinogen, open beta-sheet / DUF1943 / Vitellogenin, N-terminal / Lipovitellin-phosvitin complex, superhelical domain / Vitellinogen, beta-sheet N-terminal / Lipid transport protein, beta-sheet shell / Lipoprotein amino terminal region / Vitellogenin domain profile. ...: / Vitellinogen, open beta-sheet / Vitellinogen, open beta-sheet / DUF1943 / Vitellogenin, N-terminal / Lipovitellin-phosvitin complex, superhelical domain / Vitellinogen, beta-sheet N-terminal / Lipid transport protein, beta-sheet shell / Lipoprotein amino terminal region / Vitellogenin domain profile. / Lipoprotein N-terminal Domain / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Apis cerana (ニホンミツバチ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Montserrat-Canals M / Schnelle K / Moeller A / Cunha E / Luecke H
資金援助 ノルウェー, ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
Norwegian Research Council262137 ノルウェー
Norwegian Research Council335244 ノルウェー
German Research Foundation (DFG)SFB 944 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 1557 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST190/196-1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of native honey bee vitellogenin.
著者: Mateu Montserrat-Canals / Kilian Schnelle / Vilde Leipart / Øyvind Halskau / Gro V Amdam / Arne Moeller / Eva S Cunha / Hartmut Luecke /
要旨: Vitellogenin (Vg) is the main yolk precursor lipoprotein in almost all egg-laying animals. In addition, along its evolutionary history, Vg has developed a range of new functions in different taxa. In ...Vitellogenin (Vg) is the main yolk precursor lipoprotein in almost all egg-laying animals. In addition, along its evolutionary history, Vg has developed a range of new functions in different taxa. In the honey bee, Vg has functions related to immunity, antioxidant protection, social behavior and longevity. However, the molecular mechanisms underlying Vg functionalities are still poorly understood. Here, we report the cryo-EM structure of full-length honey bee Vg, one-step purified directly from hemolymph. The structure provides structural insights into the overall domain architecture, including the lipid binding cavity and the previously uncharacterized von Willebrand factor type D domain. A domain of unknown function has been identified as a C-terminal cystine knot domain based on structural homology. Information about post-translational modifications, cleavage products, metal and lipid binding allow an improved understanding of the mechanisms underlying the range of Vg functionalities. The findings have numerous implications for the structure-function relationship of vitellogenins of other species as well as members of the same protein superfamily, which share the same structural elements.
履歴
登録2024年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19843.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19843.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 270.848 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 270.848 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 270.848 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8464 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.020745795 - 1.8043826
平均 (標準偏差)0.00092447124 (±0.020756213)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 270.84802 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19843_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19843_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vitellogenin bound to native lipids and metals

全体名称: Vitellogenin bound to native lipids and metals
要素
  • 複合体: Vitellogenin bound to native lipids and metals
    • タンパク質・ペプチド: Vitellogenin

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超分子 #1: Vitellogenin bound to native lipids and metals

超分子名称: Vitellogenin bound to native lipids and metals / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Apis cerana (ニホンミツバチ) / 組織: Hemolymph
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Vitellogenin

分子名称: Vitellogenin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The cleavage site for this sample is unclear as there are four possible cleavage sites at positions 1276, 1283, 1318 and 1321; hence the full-length protein sequence is listed.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Apis cerana (ニホンミツバチ)
分子量理論値: 201.305797 KDa
配列文字列: MLLLLTLLLF AGTVAADFQH NWQVGNEYTY LVRSRTLTSL GDLSDVHTGI LIKALLTVQA KDSNVLAAKV WNGQYARVQQ SMPDGWETE ISDQMLELRD LPISGKPFQI RMKHGLIRDL IVDRDVPTWE VNILKSIVGQ LQVDTQGENA VKVNSVQVPT D DEPYASFK ...文字列:
MLLLLTLLLF AGTVAADFQH NWQVGNEYTY LVRSRTLTSL GDLSDVHTGI LIKALLTVQA KDSNVLAAKV WNGQYARVQQ SMPDGWETE ISDQMLELRD LPISGKPFQI RMKHGLIRDL IVDRDVPTWE VNILKSIVGQ LQVDTQGENA VKVNSVQVPT D DEPYASFK AMEDSVGGKC EVLYDIAPLS DFVIHRSPEL VPMPTLKGDG RHMEVIKIKN FDNCDQRINY HFGMTDNSRL EP GTNKNGK FFSRSSTSRI VISESLKHFT IQSSVTTSKM MVSPRLYDRQ NGLVLSRMNL TLAKMEKTSK PLPMVDNPES TGN LVYIYN NPFSDVEERR VSKTAMNSNQ IVSDNSLSSS EEKLKQDILN LRTDISSSSS SISSSEENDF WQPKPTLEDA PQNS LLPNF VGYKGKHIGK SGKVDVINAA KELIFQIANE LEDASNIPVH ATLEKFMILC NLMRTMNRKQ ISELESNMQI SPNEL KPND KSQVIKQNTW TVFRDAITQT GTGPAFLTIK EWIERGTTKS MEAANIMSKL PKTVRTPTDS YIRSFFELLQ NPKVSN EQF LNTAATLSFC EMIHNAQVNK RSIHNNYPVH TFGRLTSKHD NSLYDEYIPF LERELRKAHQ EKDSPRIQTY IMALGMI GE PKILSVFEPY LEGKQQMTVF QRTLMVGSLG KLTETNPKLA RSVLYKIYLN TMESHEVRCT AVFLLMKTNP PLSMLQRM A EFTKLDTNRQ VNSAVKSTIQ SLMKLKSPEW KDLAKKARSV NHLLTHHEYD YELSRGYIDE KILENQNIIT HMILNYVGS EDSVIPRILY LTWYSSNGDI KVPSTKVLAM ISSVKSFMEL SLRSVKDRET IISAAEKIAE ELKIVPEELV PLEGNLMINN KYALKFFPF DKHILDKLPT LISNYIEAVK EGKFMNVNML DTYESVHSFP TETGLPFVYT FNVIKLTKTS GTVQAQINPD F AFIVNSNL RLTFSKNVQG RVGFVTPFEH RHFISGIDSN LHVYAPLKIS LDVNTPKGNM QWKIWPMKGE EKSRLFHYSV VP FVSNHDI LNLRPLSMEK GTRPMIPDDN TSLALPKNEG PFRLNVETAK TNEEMWELID TEKLTDRLPY PWTMDNERYV KVD MYMNLE GEQKDPVIFS TSFDSKVMTR PDTDSENWTP KMMAVEPTDK QANSKTRRQE MMREAGRGIE SAKSYVVDVR VHVP GESES ETVLTLAWSE SNVESKGRLL GFWRVEMPRS NADYEVCIGS QIMVSPETLL SYDEKMDQKP KMDFNVDIRY GKNCG KGER IDMNGKLRQS PRLKELVGAT SIIKDCVEDM KRGNKILRTC QKAVVLSMLL DEVDISMEVP SDALIALYSQ GLFSLS EID NLDVSLDVSN PKNAGKKKID VRAKLNEYLD KADVIVNTPI MDAHFKDVKL SDFGFSTEDI LDTADEDLLI NNVFYED ET SCMLDKTRAQ TFDGKDYPLR LGPCWHAVMT TYPRINPDNH NEKLHIPKDK SVSVLSRENE AGQKEVKVLL GSDKIKFV P GTTSQPEVFV NGEKIVVSRN KAYQKVEENE IIFEIYKMGD RFIGLTSDKF DVSLALDGER VMLKASEDYR YSVRGLCGN FDHDSTNDFV GPKNCLFRKP EHFVASYALI SNQCEGDSLN VAKSLQDHDC IRQERTQQRN VISDSESGRL DTEMSTWGYH HNVNKHCTI HRTQVKETDD KICFTMRPVV SCASGCTAVE TKSKPYKFHC MEKNEAAMKL KKRIEKGANP DLSQKPVSTT E ELTVPFVC KA

UniProtKB: Vitellogenin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 構成要素:
濃度名称
0.5 MTris-HCl
0.2 MNaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 62.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 使用した粒子像数: 1180000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9ens:
Cleavage product of vitellogenin from the honey bee hemolymph

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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