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- EMDB-19826: MucR dodecameric oligomerization domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19826
タイトルMucR dodecameric oligomerization domain
マップデータLocal refined map low pass filtered at 8 A resolution
試料
  • 複合体: MucR dodecamer
キーワードH-NS / H-NS-like / nucleoid-associated protein / DNA BINDING PROTEIN
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Chaves-Sanjuan A / Del Cont-Bernard A / Bolognesi M / Nardini M
資金援助 イタリア, 1件
OrganizationGrant number国
Ministero dell Universita e della Ricerca2022K9SJ27 イタリア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Circular oligomeric particles formed by Ros/MucR family members mediate DNA organization in α-proteobacteria.
著者: Antonio Chaves-Sanjuan / Gianluca D'Abrosca / Veronica Russo / Bert van Erp / Alessandro Del Cont-Bernard / Riccardo Capelli / Luciano Pirone / Martina Slapakova / Domenico Sgambati / Roberto ...著者: Antonio Chaves-Sanjuan / Gianluca D'Abrosca / Veronica Russo / Bert van Erp / Alessandro Del Cont-Bernard / Riccardo Capelli / Luciano Pirone / Martina Slapakova / Domenico Sgambati / Roberto Fattorusso / Carla Isernia / Luigi Russo / Ian S Barton / Roy Martin Roop / Emilia M Pedone / Martino Bolognesi / Remus T Dame / Paolo V Pedone / Marco Nardini / Gaetano Malgieri / Ilaria Baglivo /
要旨: The transcriptional regulator MucR from Brucella species controls the expression of many genes, including those involved in virulence, by binding AT-rich DNA regions. MucR and its homologs belong to ...The transcriptional regulator MucR from Brucella species controls the expression of many genes, including those involved in virulence, by binding AT-rich DNA regions. MucR and its homologs belong to the Ros/MucR family, whose members occur in α-proteobacteria. MucR is a recent addition to the family of histone-like nucleoid structuring (H-NS) proteins. Indeed, despite the lack of sequence homology, MucR bears many functional similarities with H-NS and H-NS-like proteins, structuring the bacterial genome and acting as global regulators of transcription. Here we present an integrated cryogenic electron microscopy (cryo-EM), nuclear magnetic resonance, modeling and biochemical study shedding light on the functional architecture of MucR from Brucella abortus and its homolog Ml5 from Mesorhizobium loti. We show that MucR and Ml5 fold in a circular quaternary assembly, which allows it to bridge and condense DNA by binding AT-rich sequences. Our results show that Ros/MucR family members are a novel type of H-NS-like proteins and, based on previous studies, provide a model connecting nucleoid structure and transcription regulation in α-proteobacteria.
履歴
登録2024年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19826.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19826.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refined map low pass filtered at 8 A resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 260 pix.
= 231.14 Å		0.89 Å/pix.
x 260 pix.
= 231.14 Å		0.89 Å/pix.
x 260 pix.
= 231.14 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.889 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.51344496 - 1.3304362
平均 (標準偏差)-0.00141943 (±0.042618982)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 231.14 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19826_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local refinement output. Unsharped map

ファイルemd_19826_additional_1.map
注釈Local refinement output. Unsharped map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half b

ファイルemd_19826_half_map_1.map
注釈half b
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half a

ファイルemd_19826_half_map_2.map
注釈half a
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MucR dodecamer

全体名称: MucR dodecamer
要素
  • 複合体: MucR dodecamer

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超分子 #1: MucR dodecamer

超分子名称: MucR dodecamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The reconstruction comprises the oligomerization domain of 12 protomers
由来(天然)生物種: Brucella abortus (ウシ流産菌)
分子量理論値: 82 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM Tris pH 7.4, 400 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4020 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2387280
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
詳細: the final map was low pass filtered to 8A resolution
使用した粒子像数: 179035
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 詳細: AB INITIO JOB
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 詳細: LOCAL REFINEMENT JOB
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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