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万見
- EMDB-19811: Restriction on Ku Inward Translocation Caps Telomere Ends -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19811
タイトルRestriction on Ku Inward Translocation Caps Telomere Ends
マップデータfull map
試料
  • 複合体: Ternary Complex of Ku Rap1 and DNA
    • 複合体: ATP-dependent DNA helicase II and DNA-binding protein RAP1
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase II subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase II subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-binding protein RAP1
    • 複合体: Double stranded DNA
      • DNA: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*C)-3')
キーワードTelomere / NHEJ / Rap1 / Ku / Chromosome / DNA Repair / Mutagenesis / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / G-quadruplex DNA formation / donor selection / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / telomeric G-quadruplex DNA binding / protein localization to chromosome / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / protection from non-homologous end joining at telomere / establishment of protein-containing complex localization to telomere / double-stranded DNA helicase activity ...positive regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / G-quadruplex DNA formation / donor selection / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / telomeric G-quadruplex DNA binding / protein localization to chromosome / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / protection from non-homologous end joining at telomere / establishment of protein-containing complex localization to telomere / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / establishment of protein localization to telomere / Ku70:Ku80 complex / telomere maintenance via telomere lengthening / establishment of protein localization to chromatin / shelterin complex / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / four-way junction helicase activity / double-strand break repair via break-induced replication / telomerase RNA binding / recombinational repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of glycolytic process / DNA binding, bending / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / telomeric DNA binding / TFIID-class transcription factor complex binding / subtelomeric heterochromatin formation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Neutrophil degranulation / telomere maintenance / TBP-class protein binding / double-strand break repair via homologous recombination / protein-DNA complex / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear envelope / chromatin organization / histone binding / DNA helicase / transcription regulator complex / damaged DNA binding / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rap1, DNA-binding domain / Rap1, DNA-binding / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal domain superfamily / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1 - C terminal domain / TE2IP/Rap1 / : / Ku70 / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm ...Rap1, DNA-binding domain / Rap1, DNA-binding / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal domain superfamily / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1 - C terminal domain / TE2IP/Rap1 / : / Ku70 / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / BRCT domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / breast cancer carboxy-terminal domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein RAP1 / ATP-dependent DNA helicase II subunit 1 / ATP-dependent DNA helicase II subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Mattarocci S / Baconnais S / Roisne-Hamelin F / Pobiega S / Alibert O / Morin V / Deshayes A / Veaute X / Ropars V / Mazon G ...Mattarocci S / Baconnais S / Roisne-Hamelin F / Pobiega S / Alibert O / Morin V / Deshayes A / Veaute X / Ropars V / Mazon G / Busso D / Fernandez Varela P / Le Cam E / Charbonnier J / Cuniasse P / Marcand S
資金援助 フランス, 5件
OrganizationGrant number国
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)EQU202203014702 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15CE12-0007 DNA-Life フランス
Fondation ARC フランス
La ligue contre le cancer フランス
French Alternative Energies and Atomic Energy Commission (CEA) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Restriction of Ku translocation protects telomere ends.
著者: Stefano Mattarocci / Sonia Baconnais / Florian Roisné-Hamelin / Sabrina Pobiega / Olivier Alibert / Vincent Morin / Alice Deshayes / Xavier Veaute / Virginie Ropars / Maelenn Chevreuil / ...著者: Stefano Mattarocci / Sonia Baconnais / Florian Roisné-Hamelin / Sabrina Pobiega / Olivier Alibert / Vincent Morin / Alice Deshayes / Xavier Veaute / Virginie Ropars / Maelenn Chevreuil / Johannes Mehringer / Didier Busso / Gerard Mazon / Paloma Fernandez Varela / Éric Le Cam / Jean-Baptiste Charbonnier / Philippe Cuniasse / Stéphane Marcand /
要旨: Safeguarding chromosome ends against fusions via nonhomologous end joining (NHEJ) is essential for genome integrity. Paradoxically, the conserved NHEJ core factor Ku binds telomere ends. How it is ...Safeguarding chromosome ends against fusions via nonhomologous end joining (NHEJ) is essential for genome integrity. Paradoxically, the conserved NHEJ core factor Ku binds telomere ends. How it is prevented from promoting NHEJ remains unclear, as does the mechanism that allows Ku to coexist with telomere-protective DNA binding proteins, Rap1 in Saccharomyces cerevisiae. Here, we find that Rap1 directly inhibits Ku's NHEJ function at telomeres. A single Rap1 molecule near a double-stand break suppresses NHEJ without displacing Ku in cells. Furthermore, Rap1 and Ku form a complex on short DNA duplexes in vitro. Cryo-EM shows Rap1 blocks Ku's inward translocation on DNA - an essential step for NHEJ at DSBs. Nanopore sequencing of telomere fusions confirms this mechanism protects native telomere ends. These findings uncover a telomere protection mechanism where Rap1 restricts Ku's inward translocation. This switches Ku from a repair-promoting to a protective role preventing NHEJ at telomeres.
履歴
登録2024年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19811.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19811.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full map
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 336.384 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 336.384 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 336.384 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.657 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.091
最小 - 最大-0.9283182 - 1.2578673
平均 (標準偏差)-0.00014810369 (±0.017917851)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 336.384 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_19811_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_19811_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary Complex of Ku Rap1 and DNA

全体名称: Ternary Complex of Ku Rap1 and DNA
要素
  • 複合体: Ternary Complex of Ku Rap1 and DNA
    • 複合体: ATP-dependent DNA helicase II and DNA-binding protein RAP1
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase II subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase II subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-binding protein RAP1
    • 複合体: Double stranded DNA
      • DNA: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*C)-3')

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超分子 #1: Ternary Complex of Ku Rap1 and DNA

超分子名称: Ternary Complex of Ku Rap1 and DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#4, #2, #1, #5

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超分子 #2: ATP-dependent DNA helicase II and DNA-binding protein RAP1

超分子名称: ATP-dependent DNA helicase II and DNA-binding protein RAP1
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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超分子 #3: Double stranded DNA

超分子名称: Double stranded DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2, #1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*...

分子名称: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.244084 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC) (DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)

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分子 #2: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*...

分子名称: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.643248 KDa
配列文字列:
(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG) (DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG) (DT)

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分子 #3: ATP-dependent DNA helicase II subunit 1

分子名称: ATP-dependent DNA helicase II subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 65.531449 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: IHEGILFCIE LSETMFKESS DLEYKSPLLE ILESLDELMS QLVITRPGTA IGCYFYYCNR EDAKEGIYEL FPLRDINATF MKKLNDLLE DLSSGRISLY DYFMFQQTGS EKQVRLSVLF TFMLDTFLEE IPGQKQLSNK RVFLFTDIDK PQEAQDIDER A RLRRLTID ...文字列:
IHEGILFCIE LSETMFKESS DLEYKSPLLE ILESLDELMS QLVITRPGTA IGCYFYYCNR EDAKEGIYEL FPLRDINATF MKKLNDLLE DLSSGRISLY DYFMFQQTGS EKQVRLSVLF TFMLDTFLEE IPGQKQLSNK RVFLFTDIDK PQEAQDIDER A RLRRLTID LFDNKVNFAT FFIGYADKPF DNEFYSDILQ LGSHTNENTG LDSEFDGPST KPIDAKYIKS RILRKKEVKR IM FQCPLIL DEKTNFIVGV KGYTMYTHEK AGVRYKLVYE HEDIRQEAYS KRKFLNPITG EDVTGKTVKV YPYGDLDINL SDS QDQIVM EAYTQKDAFL KIIGFRSSSK SIHYFNNIDK SSFIVPDEAK YEGSIRTLAS LLKILRKKDK IAILWGKLKS NSHP SLYTL SPSSVKDYNE GFYLYRVPFL DEIRKFPSLL SYDDGSEHKL DYDNMKKVTQ SIMGYFNLRD GYNPSDFKNP LLQKH YKVL HDYLLQIETT FDENETPNTK KDRMMREDDS LRKLYYIRNK ILESEKSEDP IIQRLNKYVK IWNMFYKKFN DDN

UniProtKB: ATP-dependent DNA helicase II subunit 1

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分子 #4: ATP-dependent DNA helicase II subunit 2

分子名称: ATP-dependent DNA helicase II subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 66.469398 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SSESTTFIVD VSPSMMKNNN VSKSMAYLEY TLLNKSKKSR KTDWISCYLA NCPVSENSQE IPNVFQIQSF LAPVTTTATI GFIKRLKQY CDQHSHDSSN EGLQSMIQCL LVVSLDIKQQ FQARKILKQI VVFTDNLDDL DITDEEIDLL TEELSTRIIL I DCGKDTQE ...文字列:
SSESTTFIVD VSPSMMKNNN VSKSMAYLEY TLLNKSKKSR KTDWISCYLA NCPVSENSQE IPNVFQIQSF LAPVTTTATI GFIKRLKQY CDQHSHDSSN EGLQSMIQCL LVVSLDIKQQ FQARKILKQI VVFTDNLDDL DITDEEIDLL TEELSTRIIL I DCGKDTQE ERKKSNWLKL VEAIPNSRIY NMNELLVEIT SPATSVVKPV RVFSGELRLG ADILSTQTSN PSGSMQDENC LC IKVEAFP ATKAVSGLNR KTAVEVEDSQ KKERYVGVKS IIEYEIHNEG NKKNVSEDDQ SGSSYIPVTI SKDSVTKAYR YGA DYVVLP SVLVDQTVYE SFPGLDLRGF LNREALPRYF LTSESSFITA DTRLGCQSDL MAFSALVDVM LENRKIAVAR YVSK KDSEV NMCALCPVLI EHSNINSEKK FVKSLTLCRL PFAEDERVTD FPKLLDRTTT SGVPLKKETD GHQIDELMEQ FVDSM DTDE LPEIPLGNYY QPIGEVTTDT TLPLPSLNKD QEENKKDPLR IPTVFVYRQQ QVLLEWIHQL MINDSREFEI PELPDS LKN KISPYTHKKF DSTKLVEVLG IKKV

UniProtKB: ATP-dependent DNA helicase II subunit 2

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分子 #5: DNA-binding protein RAP1

分子名称: DNA-binding protein RAP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 28.368781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: KASFTDEEDE FILDVVRKNP TRRTTHTLYD EISHYVPNHT GNSIRHRFRV YLSKRLEYVY EVDKFGKLVR DDDGNLIKTK VLPPSIKRK FSADEDYTLA IAVKKQFYRD LFQIDPDTGR SLITDEDTPT AIARRNMTMD PNHVPGSEPN FAAYRTQSRR G PIAREFFK ...文字列:
KASFTDEEDE FILDVVRKNP TRRTTHTLYD EISHYVPNHT GNSIRHRFRV YLSKRLEYVY EVDKFGKLVR DDDGNLIKTK VLPPSIKRK FSADEDYTLA IAVKKQFYRD LFQIDPDTGR SLITDEDTPT AIARRNMTMD PNHVPGSEPN FAAYRTQSRR G PIAREFFK HFAEEHAAHT ENAWRDRFRK FLLAYGIDDY ISYYEAEKAQ NREPEPMKNL TNRPKRPGVP TPGNYNSAAK RA RN

UniProtKB: DNA-binding protein RAP1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: Tris-HCL 10mM, Nacl 50 mM, pH 8.04
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.25 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1544386
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: The model was designed using a combination of PDB structures for KU (5Y58), DNA and RAP1 (3UKG)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 436644
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Model build using PDB entries 5Y58 and 3UKG
詳細Initial Fitting of the model in the cryo-EM map was achieved using ChimeraX and this structure served as starting point for MDFF refinement (Flexible fitting) using NAMD 2.14.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8s8p:
Restriction on Ku Inward Translocation Caps Telomere Ends

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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