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- EMDB-19800: Phenylalanyl-tRNA Synthetase from Caenorhabditis tropicalis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19800
タイトルPhenylalanyl-tRNA Synthetase from Caenorhabditis tropicalis
マップデータ178962 C2
試料
  • 複合体: Phenylalanyl-tRNA Synthetase
    • タンパク質・ペプチド: Phenylalanyl-tRNA Synthetase alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: Phenylalanyl-tRNA Synthetase beta subunit
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードLigase Phenylalanine tRNA PheRS / RNA BINDING PROTEIN
生物種Caenorhabditis tropicalis (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Real-Hohn A / Ross JJ / Stefania V / Burga A / Dong G
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundP34880 オーストリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phenylalanyl-tRNA Synthetase Domain Swap: evolutionary advantage?
著者: Real-Hohn A / Ross JJ / Stefania V / Burga A / Dong G
履歴
登録2024年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19800.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19800.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈178962 C2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 327. Å		1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 327. Å		1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 327. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.588
最小 - 最大-1.5852406 - 3.2114413
平均 (標準偏差)-0.00036130648 (±0.07022858)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 327.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19800_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19800_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Phenylalanyl-tRNA Synthetase

全体名称: Phenylalanyl-tRNA Synthetase
要素
  • 複合体: Phenylalanyl-tRNA Synthetase
    • タンパク質・ペプチド: Phenylalanyl-tRNA Synthetase alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: Phenylalanyl-tRNA Synthetase beta subunit
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Phenylalanyl-tRNA Synthetase

超分子名称: Phenylalanyl-tRNA Synthetase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Caenorhabditis tropicalis (無脊椎動物)
分子量理論値: 244 KDa

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分子 #1: Phenylalanyl-tRNA Synthetase alpha subunit

分子名称: Phenylalanyl-tRNA Synthetase alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phenylalanine-tRNA ligase
由来(天然)生物種: Caenorhabditis tropicalis (無脊椎動物)
分子量理論値: 56.155531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTAETAARTT DNLPQQVLDF LDNSNEFNTI QLAQEWNVDH QRLIGAIKSL LANEGVLATK DVTEKRLELT NEGVQFANEG SPEFLVFQF VGADGAAQAD IQKQPFGKIG MSKAMQFKWV SVDKGRVVRQ TAEVVDSTRK QLESLRLGSD DVNENEKKEL K KRKLISEV ...文字列:
MTAETAARTT DNLPQQVLDF LDNSNEFNTI QLAQEWNVDH QRLIGAIKSL LANEGVLATK DVTEKRLELT NEGVQFANEG SPEFLVFQF VGADGAAQAD IQKQPFGKIG MSKAMQFKWV SVDKGRVVRQ TAEVVDSTRK QLESLRLGSD DVNENEKKEL K KRKLISEV NIKGLVVSKG SSFTTSLAKQ EADLTPEMIA SGSWKEKQFK KYNFESLGVV PSSGHLHPLM KVRSEFRQIF FS MGFSEMA TNRYVESSFW NFDALFQPQQ HPARDAHDTF FVSDPAISVK FPEDYLERVK TVHSKGGYGS AGYNYDWKIE EAQ KNVLRT HTTAVSARQL YQLAQEGFRP SKLFSIDRVF RNETLDATHL AEFHQVEGVI AEKNLSLAHL IGIFTEFFKK LGIT DLRFK PTYNPYTEPS MEIFAYHKGL AKWVEIGNSG MFRPEMLLPM GLPADVNVAG YGLSLERPTM IKYGINNIRD LFGSK IDLE VVYNNPICRL DK

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分子 #2: Phenylalanyl-tRNA Synthetase beta subunit

分子名称: Phenylalanyl-tRNA Synthetase beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phenylalanine-tRNA ligase
由来(天然)生物種: Caenorhabditis tropicalis (無脊椎動物)
分子量理論値: 66.588312 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MPTVGIKKVL LDKHFGRVYT EKEFDELCFE YGLELDEITS EKAAVEKERG EAAAGEDLND QEVYKIDIPA NRYDLLSVEG LSRAIRIFK QEIESPEYRF SDTKTRQKII VKRETAQVRP YVVGAVLRDV SFDSDSYASF IDLQDKLHQN ICRKRTLVAI G THDLDTIQ ...文字列:
MPTVGIKKVL LDKHFGRVYT EKEFDELCFE YGLELDEITS EKAAVEKERG EAAAGEDLND QEVYKIDIPA NRYDLLSVEG LSRAIRIFK QEIESPEYRF SDTKTRQKII VKRETAQVRP YVVGAVLRDV SFDSDSYASF IDLQDKLHQN ICRKRTLVAI G THDLDTIQ GPFEYRAEAP NKIKFRPLNQ TKEYTAEELM TLYSTDSHLK AYLPIIQNHP VYPVIYDKNG VVCSMPPIIN GE HSKITLK TKNVFIEATA TDKQKAYVVL DTIVTLFSQY CQKPFHVEQV EVEYEETGEK ELYPLLSYRE MTVTTPEINT KIG LSLKDE EMAILLNKMS LKAEVASKGV LKVVVPPTRH DILHACDIAE DVGVAYGYNN LVTKLPESNT VAVAFPINKL CDNL RIEIA AAGWTEALNF ALCSRDDIST KLRLPDALSK AVHIGNPKTL EFQVARTSLL PGLLKTLASN RDMPLPLKLF ELQDV ILKD EKMDVGARNE RRLAAVYYNK AAGFEIIQGF LDRMMRMLNV NPTKDQKGYH IEADENPTFF PGRCARIIGP NGVFLG RIG ALHPEVITSF GLTLPCGAVE FNVEPFL

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
40.0 mMTris-HClTris
200.0 mMNaClSodium Chloride
5.0 mMMgCl2Magnesium Dichloride
10.0 mM2-ME2-Mercaptoethanol
5.0 % (v/v)GlycerolGlycerol
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Grids were blotted for 3 s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2561 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 949918 / 詳細: 2D class template auto picker
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction (C1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 178962
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 300000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8s8b:
Phenylalanyl-tRNA Synthetase Domain Swap: evolutionary advantage?

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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