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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19779 | |||||||||
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タイトル | in-situ subtomogram average of C. elegans centrioles in centrosomes | |||||||||
マップデータ | Full EM map | |||||||||
試料 |
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キーワード | centriole / microtubule / 13-protofilaments / cryo-ET / cryo-FIB / C. elegans / interphase / mitosis / centrosome / CELL CYCLE | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 44.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Tollervey F / Rios MU / Zagoriy I / Woodruff JB / Mahamid J | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024 タイトル: Native molecular architectures of centrosomes in embryos. 著者: Fergus Tollervey / Manolo U Rios / Evgenia Zagoriy / Jeffrey B Woodruff / Julia Mahamid / 要旨: Centrosomes organize microtubules that are essential for mitotic divisions in animal cells. They consist of centrioles surrounded by Pericentriolar Material (PCM). Questions related to mechanisms of ...Centrosomes organize microtubules that are essential for mitotic divisions in animal cells. They consist of centrioles surrounded by Pericentriolar Material (PCM). Questions related to mechanisms of centriole assembly, PCM organization, and microtubule formation remain unanswered, in part due to limited availability of molecular-resolution structural analyses . Here, we use cryo-electron tomography to visualize centrosomes across the cell cycle in cells isolated from embryos. We describe a pseudo-timeline of centriole assembly and identify distinct structural features including a cartwheel in daughter centrioles, and incomplete microtubule doublets surrounded by a star-shaped density in mother centrioles. We find that centriole and PCM microtubules differ in protofilament number (13 versus 11) indicating distinct nucleation mechanisms. This difference could be explained by atypical γ-tubulin ring complexes with 11-fold symmetry identified at the minus ends of short PCM microtubules. We further characterize a porous and disordered network that forms the interconnected PCM. Thus, our work builds a three-dimensional structural atlas that helps explain how centrosomes assemble, grow, and achieve function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19779.map.gz | 15.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19779-v30.xml emd-19779.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19779_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19779.png | 63.2 KB | ||
マスクデータ | emd_19779_msk_1.map | 22.2 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19779.cif.gz | 4.6 KB | ||
その他 | emd_19779_half_map_1.map.gz emd_19779_half_map_2.map.gz | 15.4 MB 15.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19779 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19779_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19779_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19779_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19779_validation.cif.gz | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19779 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.7404 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19779_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map even
ファイル | emd_19779_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map even | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map odd
ファイル | emd_19779_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map odd | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dissociated C. elegans embryonic cells
全体 | 名称: Dissociated C. elegans embryonic cells |
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要素 |
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-超分子 #1: Dissociated C. elegans embryonic cells
超分子 | 名称: Dissociated C. elegans embryonic cells / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 組織: Embryo |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.037 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 120.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |