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万見
- EMDB-19767: Structure of a 2873 Scaffold Base DNA Origami V1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19767
タイトルStructure of a 2873 Scaffold Base DNA Origami V1
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of a 2873 Scaffold Base DNA Origami V1
キーワードDNA Origami / Multilayer / Square lattice / 2873 scaffold / DNA
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å
データ登録者Ali K / Georg K / Volodymyr M / Johanna G / Maximilian NH / Lukas K / Simone C / Hendrik D
資金援助European Union, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101018465European Union
German Research Foundation (DFG) ドイツ
Germanys Excellence Strategy ドイツ
引用ジャーナル: Nano Lett / 年: 2024
タイトル: Designing Rigid DNA Origami Templates for Molecular Visualization Using Cryo-EM.
著者: Ali Khoshouei / Georg Kempf / Volodymyr Mykhailiuk / Johanna Mariko Griessing / Maximilian Nicolas Honemann / Lukas Kater / Simone Cavadini / Hendrik Dietz /
要旨: DNA origami, a method for constructing nanostructures from DNA, offers potential for diverse scientific and technological applications due to its ability to integrate various molecular ...DNA origami, a method for constructing nanostructures from DNA, offers potential for diverse scientific and technological applications due to its ability to integrate various molecular functionalities in a programmable manner. In this study, we examined the impact of internal crossover distribution and the compositional uniformity of staple strands on the structure of multilayer DNA origami using cryogenic electron microscopy (cryo-EM) single-particle analysis. A refined DNA object was utilized as an alignment framework in a host-guest model, where we successfully resolved an 8 kDa thrombin binding aptamer (TBA) linked to the host object. Our results broaden the spectrum of DNA in structural applications.
履歴
登録2024年2月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19767.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19767.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 270 pix.
= 378. Å		1.4 Å/pix.
x 270 pix.
= 378. Å		1.4 Å/pix.
x 270 pix.
= 378. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.22430636 - 0.4767326
平均 (標準偏差)0.005957618 (±0.027132118)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ270270270
Spacing270270270
セルA=B=C: 378.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19767_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19767_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of a 2873 Scaffold Base DNA Origami V1

全体名称: Structure of a 2873 Scaffold Base DNA Origami V1
要素
  • 複合体: Structure of a 2873 Scaffold Base DNA Origami V1

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超分子 #1: Structure of a 2873 Scaffold Base DNA Origami V1

超分子名称: Structure of a 2873 Scaffold Base DNA Origami V1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio model generated in Relion
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 140317
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: Maximum a posteriori (MAP), REgularized LIkelihood OptimizatioN (Relion)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: Maximum a posteriori (MAP), REgularized LIkelihood OptimizatioN (Relion)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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