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万見
- EMDB-19762: 4D_STEM cryo tomogram of t4 Phages produced by PCA2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19762
タイトル4D_STEM cryo tomogram of t4 Phages produced by PCA2
マップデータ4D_STEM cryo tomogram of t4 Phages produced by PCA2
試料
  • ウイルス: Escherichia phage T4 (ファージ)
    • 細胞器官・細胞要素: Escherichia phage T4
キーワード4D-STEM cryo tomography / Cryo-ET / CSTET / T4-Phage / iDPC / UNKNOWN FUNCTION
生物種Escherichia phage T4 (ファージ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Seifer S / Kirchweger P / Edel KM / Elbaum M
資金援助 オーストリア, イスラエル, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundJ4449-B オーストリア
Israel Science Foundation1696/18 イスラエル
European Union (EU)IMpaCT (grant no.857203)European Union
European Research Council (ERC)101055413European Union
引用ジャーナル: Microsc Microanal / 年: 2024
タイトル: Optimizing Contrast in Automated 4D STEM Cryotomography.
著者: Shahar Seifer / Peter Kirchweger / Karlina Maria Edel / Michael Elbaum /
要旨: 4D STEM is an emerging approach to electron microscopy. While it was developed principally for high-resolution studies in materials science, the possibility to collect the entire transmitted flux ...4D STEM is an emerging approach to electron microscopy. While it was developed principally for high-resolution studies in materials science, the possibility to collect the entire transmitted flux makes it attractive for cryomicroscopy in application to life science and radiation-sensitive materials where dose efficiency is of utmost importance. We present a workflow to acquire tomographic tilt series of 4D STEM data sets using a segmented diode and an ultrafast pixelated detector, demonstrating the methods using a specimen of a T4 bacteriophage. Full integration with the SerialEM platform conveniently provides all the tools for grid navigation and automation of the data collection. Scripts are provided to convert the raw data to mrc format files and further to generate a variety of modes representing both scattering and phase contrasts, including incoherent and annular bright field, integrated center of mass, and parallax decomposition of a simulated integrated differential phase contrast. Principal component analysis of virtual annular detectors proves particularly useful, and axial contrast is improved by 3D deconvolution with an optimized point spread function. Contrast optimization enables visualization of irregular features such as DNA strands and thin filaments of the phage tails, which would be lost upon averaging or imposition of an inappropriate symmetry.
履歴
登録2024年2月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19762.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19762.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 964 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈4D_STEM cryo tomogram of t4 Phages produced by PCA2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 15.58 Å
密度
最小 - 最大-10582.227000000000771 - 22332.944999999999709
平均 (標準偏差)2200.836999999999989 (±2072.56860000000006)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-895102
サイズ10241024241
Spacing10241024241
セルA: 15953.92 Å / B: 15953.92 Å / C: 3754.78 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage T4

全体名称: Escherichia phage T4 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage T4 (ファージ)
    • 細胞器官・細胞要素: Escherichia phage T4

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超分子 #1: Escherichia phage T4

超分子名称: Escherichia phage T4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Isolated T4 Bacteriophage / NCBI-ID: 2681598 / 生物種: Escherichia phage T4 / ウイルスタイプ: VIROID / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 株: DH5a

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超分子 #2: Escherichia phage T4

超分子名称: Escherichia phage T4 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris pH 8 with 1 mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 296.15 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Home made / 直径: 15 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
詳細200 kV with 30 um C2 aperture, for a semi-convergence angle of 0.8 mrad and typically 7-10 pA electron current
撮影フィルム・検出器のモデル: DECTRIS ARINA (0.2k x 0.2k)
デジタル化 - サイズ - 横: 1024 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1024 pixel / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
詳細: Images were recorded on a Dectris ARINA 4D-STEM detector.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: 4D-STEM / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 倍率（公称値）: 41000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The tilt-images were generated from 4D-STEM data using the iDPC2 algorithm (Seifer et.al., 2024).
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION
ソフトウェア:
名称詳細
MATLAB
PRIISM/IVE (ver. 4.7.2)Deconvolved using core2_decon

使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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