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万見
- EMDB-19734: BceABS nucleotide-free state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19734
タイトルBceABS nucleotide-free state
マップデータrefinement volume of full complex
試料
  • 複合体: Detergent solubilised BceABS complex.
    • タンパク質・ペプチド: Bacitracin export permease protein BceB
    • タンパク質・ペプチド: Bacitracin export ATP-binding protein BceA
    • タンパク質・ペプチド: Sensor protein BceS
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CARDIOLIPIN
キーワードABC transporter / bacitracin resistance / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter permease protein, BceB-type / : / : / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...ABC transporter permease protein, BceB-type / : / : / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacitracin export ATP-binding protein BceA / Bacitracin export permease protein BceB / Sensor protein BceS
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者McAndrew MBL / Brotherton DH / Crow A
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N014294/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: BceABS nucleotide-free state
著者: McAndrew MBL / Brotherton DH / Stansfeld PJ / Crow A
履歴
登録2024年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19734.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19734.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 316.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈refinement volume of full complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 436 pix.
= 364.06 Å		0.84 Å/pix.
x 436 pix.
= 364.06 Å		0.84 Å/pix.
x 436 pix.
= 364.06 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00328
最小 - 最大-0.015687043 - 0.03238505
平均 (標準偏差)0.00003407442 (±0.00049968367)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ436436436
Spacing436436436
セルA=B=C: 364.06 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened refinement

ファイルemd_19734_additional_1.map
注釈unsharpened refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: refinement volume of full complex

ファイルemd_19734_half_map_1.map
注釈refinement volume of full complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: refinement volume of full complex

ファイルemd_19734_half_map_2.map
注釈refinement volume of full complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Detergent solubilised BceABS complex.

全体名称: Detergent solubilised BceABS complex.
要素
  • 複合体: Detergent solubilised BceABS complex.
    • タンパク質・ペプチド: Bacitracin export permease protein BceB
    • タンパク質・ペプチド: Bacitracin export ATP-binding protein BceA
    • タンパク質・ペプチド: Sensor protein BceS
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CARDIOLIPIN

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超分子 #1: Detergent solubilised BceABS complex.

超分子名称: Detergent solubilised BceABS complex. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 210 KDa

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分子 #1: Bacitracin export permease protein BceB

分子名称: Bacitracin export permease protein BceB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 72.262109 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNINQLILRN LKKNLRNYYL YVFALIFSVA LYFAFVTLQY DPAINEVKAS IKGAAAIKTA SILLVAVVAI FILYANTIFI KRRSKEIGL FQLIGMTKHK IFRILSAENV MLYFGSLAIG VAAGFSISKL VLMILFKIVD VKADAKLHFS EQALVQTVIV F CGIYLLIM ...文字列:
MNINQLILRN LKKNLRNYYL YVFALIFSVA LYFAFVTLQY DPAINEVKAS IKGAAAIKTA SILLVAVVAI FILYANTIFI KRRSKEIGL FQLIGMTKHK IFRILSAENV MLYFGSLAIG VAAGFSISKL VLMILFKIVD VKADAKLHFS EQALVQTVIV F CGIYLLIM IMNYTFIKKQ SILSLFKVTS STEDKVKKIS FFQMLIGALG IVLILTGYYV SSELFGGKFK TINELFVAMS FI LGSVIIG TFLFYKGSVT FISNIIRKSK GGYLNISEVL SLSSIMFRMK SNALLLTIIT TVSALAIGLL SLAYISYYSS EKT AEQNVA ADFSFMNEKD AKLFENKLRE SNISFVKKAT PVLQANVDIA NIMDGTPKEM QGDPGNMQLA VVSDKDVKGV DVAA GEAVF SGYTDLLQKI MVFKDSGVIK VKSKHETQPL KYKGLREEFL VSYTFTSGGM PAVIVDDSLF KQLDKDKDPR IQLAQ STFI GVNVKHDDQM EKANELFQQV NKKNEHLSRL DTSAAQKSLF GMVMFIVGFL GLTFLITSGC ILYFKQMGES EDEKPS YTI LRKLGFTQGD LIKGIRIKQM YNFGIPLVVG LFHSYFAVQS GWFLFGSEVW APMIMVMVLY TALYSIFGFL SVLYYKK VI KSSL

UniProtKB: Bacitracin export permease protein BceB

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分子 #2: Bacitracin export ATP-binding protein BceA

分子名称: Bacitracin export ATP-binding protein BceA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 30.446725 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MVILEANKIR KSYGNKLNKQ EVLKGIDIHI EKGEFVSIMG ASGSGKTTLL NVLSSIDQVS HGTIHINGN DMTAMKEKQL AEFRKQHLGF IFQDYNLLDT LTVKENILLP LSITKLSKKE ANRKFEEVAK ELGIYELRDK Y PNEISGGQ ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MVILEANKIR KSYGNKLNKQ EVLKGIDIHI EKGEFVSIMG ASGSGKTTLL NVLSSIDQVS HGTIHINGN DMTAMKEKQL AEFRKQHLGF IFQDYNLLDT LTVKENILLP LSITKLSKKE ANRKFEEVAK ELGIYELRDK Y PNEISGGQ KQRTSAGRAF IHDPSIIFAD EPTGALDSKS ASDLLNKLSQ LNQKRNATII MVTHDPVAAS YCGRVIFIKD GQ MYTQLNK GGQDRQTFFQ DIMKTQGVLG GVQHEH

UniProtKB: Bacitracin export ATP-binding protein BceA

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分子 #3: Sensor protein BceS

分子名称: Sensor protein BceS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histidine kinase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 38.811898 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MIKAFLIERR SWIAAFLFQQ ALMLFIAFVD PSISFGNVLY MVYLCILFFI IFLWFRYRKE TAFYKSLKTW ENNLDVTAIN EPETPFEAM VERSIAGQTE HLKQTAARHR LALENEKDEL MAWIHEVKTP LTAMHLIIDR MEEKALKSQL SYEWLRIHLL L DQQLHQKR ...文字列:
MIKAFLIERR SWIAAFLFQQ ALMLFIAFVD PSISFGNVLY MVYLCILFFI IFLWFRYRKE TAFYKSLKTW ENNLDVTAIN EPETPFEAM VERSIAGQTE HLKQTAARHR LALENEKDEL MAWIHEVKTP LTAMHLIIDR MEEKALKSQL SYEWLRIHLL L DQQLHQKR ISFIENDLSV EFIQLQPLIF KEIKDLQSWC IQKGIGFDIQ LEAKEVLSDA KWLAFIIRQL LTNAVKYSEA SE IEIKSFQ KGEQTQLQVK DCGRGIDPKD VPRIFDKGFT STTDHHDQAS TGMGLYLAKK AAAPLLIHID VESEFGAGTV FTL TFPIRN QFEHVISV

UniProtKB: Sensor protein BceS

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分子 #4: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / リン脂質*YM

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分子 #5: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
165.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPESHEPES buffer
0.005 %LMNGLauryl Maltose Neopentyl Glycol

詳細: 20mM HEPES pH 8.0, 150mM NaCl, made up to 165mM at the point of freezing, 0.005% LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 35mA glow discharge
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細mono disperse from size exclusion

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9038 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4778215
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: as implemented in Relion / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5-beta) / 使用した粒子像数: 940216
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8s5g:
BceABS nucleotide-free state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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