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- EMDB-19692: Hexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19692
タイトルHexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33)
マップデータ
試料
  • 複合体: Hexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33)
    • タンパク質・ペプチド: Hexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33)
キーワードdehydrogenase / glutamate / immunoregulatory function / OXIDOREDUCTASE
生物種Heligmosomoides bakeri (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Bohnacker S / Bohn S / Sattler M / Esser-von Bieren J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2024
タイトル: A helminth enzyme subverts macrophage-mediated immunity by epigenetic targeting of prostaglandin synthesis.
著者: Sina Bohnacker / Fiona D R Henkel / Franziska Hartung / Arie Geerlof / Sandra Riemer / Ulrich F Prodjinotho / Eya Ben Salah / André Santos Dias Mourão / Stefan Bohn / Tarvi Teder / ...著者: Sina Bohnacker / Fiona D R Henkel / Franziska Hartung / Arie Geerlof / Sandra Riemer / Ulrich F Prodjinotho / Eya Ben Salah / André Santos Dias Mourão / Stefan Bohn / Tarvi Teder / Dominique Thomas / Robert Gurke / Christiane Boeckel / Minhaz Ud-Dean / Ann-Christine König / Alessandro Quaranta / Francesca Alessandrini / Antonie Lechner / Benedikt Spitzlberger / Agnieszka M Kabat / Edward Pearce / Jesper Z Haeggström / Stefanie M Hauck / Craig E Wheelock / Per-Johan Jakobsson / Michael Sattler / David Voehringer / Matthias J Feige / Clarissa Prazeres da Costa / Julia Esser-von Bieren /
要旨: The molecular mechanisms by which worm parasites evade host immunity are incompletely understood. In a mouse model of intestinal helminth infection using (), we show that helminthic glutamate ...The molecular mechanisms by which worm parasites evade host immunity are incompletely understood. In a mouse model of intestinal helminth infection using (), we show that helminthic glutamate dehydrogenase (heGDH) drives parasite chronicity by suppressing macrophage-mediated host defense. Combining RNA-seq, ChIP-seq, and targeted lipidomics, we identify prostaglandin E (PGE) as a major immune regulatory mechanism of heGDH. The induction of PGE and other immunoregulatory factors, including IL-12 family cytokines and indoleamine 2,3-dioxygenase 1, by heGDH required p300-mediated histone acetylation, whereas the enzyme's catalytic activity suppressed the synthesis of type 2-promoting leukotrienes by macrophages via 2-hydroxyglutarate. By contrast, the induction of immunoregulatory factors involved the heGDH N terminus by potentially mediating interactions with cellular targets (CD64 and GPNMB) identified by proteomics. Type 2 cytokines counteracted suppressive effects of heGDH on host defense, indicating that type 2 immunity can limit helminth-driven immune evasion. Thus, helminths harness a ubiquitous metabolic enzyme to epigenetically target type 2 macrophage activation and establish chronicity.
履歴
登録2024年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19692.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19692.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 448 pix.
= 322.56 Å		0.72 Å/pix.
x 448 pix.
= 322.56 Å		0.72 Å/pix.
x 448 pix.
= 322.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.115
最小 - 最大-0.18672906 - 0.51889366
平均 (標準偏差)0.00048544563 (±0.013488225)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 322.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19692_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19692_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33)

全体名称: Hexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33)
要素
  • 複合体: Hexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33)
    • タンパク質・ペプチド: Hexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33)

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超分子 #1: Hexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33)

超分子名称: Hexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Heligmosomoides bakeri (無脊椎動物)
分子量理論値: 363 KDa

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分子 #1: Hexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33)

分子名称: Hexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Heligmosomoides bakeri (無脊椎動物)
配列文字列: KPMEEQSNPS FFKMVDYYFD KGATVIEPKL VEEMKSNSMS VMDKKNLVSG ILKAIKPVNK VLYITFPIRR DNGEFEVVEA WRAQHSEHRT PTKGGIRYSL DVCEDEVKAL SALMTYKCAA VDVPFGGAKG GVKIDPKMYT DYEIEKITRR IAIEFAKKGF LGPGVDVPAP ...文字列:
KPMEEQSNPS FFKMVDYYFD KGATVIEPKL VEEMKSNSMS VMDKKNLVSG ILKAIKPVNK VLYITFPIRR DNGEFEVVEA WRAQHSEHRT PTKGGIRYSL DVCEDEVKAL SALMTYKCAA VDVPFGGAKG GVKIDPKMYT DYEIEKITRR IAIEFAKKGF LGPGVDVPAP DMGTGEREMG WIADTYAQTI GHLDRDASAC ITGKPIVAGG IHGRVSATGR GVWKGLEVFA KEPEYMEKIG LTPGLPGKTV IIQGFGNVGL HTMRYLHRAG SKVVGIQEWD CAIHNPAGIH PKELEDWRDQ TGSIKNFPGA KNFEPFGDLI YEACDILVPA ACEKAIHKEN AGRIQAKIIA EAANGPTTPA ADKILLERGN CLIIPDMYVN SGGVTVSYFE WLKNLNHVSY GRLSFKYEED ANLMLLQSVQ DSLEKAIGKE APVRPNAQFA AKIAGASEKD IVHSGLEYTM ARSGEAIIRT ARKYNLGLDM RTAAYANSIE KVYNTYRTAG FTFT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1803297
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1049267
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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