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万見- EMDB-19674: Cryo-electron tomogram of keyhole limpet hemocyanin (6 um image shift) -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19674 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron tomogram of keyhole limpet hemocyanin (6 um image shift) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Keyhole limpet hemocyanin / KLH / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | Megathura crenulata (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Comet M / Dijkman PM / Boer Iwema R / Franke T / Masiulis S / Schampers R / Raschdorf O / Grollios F / Pryor Jr EE / Drulyte I | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024 タイトル: Tomo Live: an on-the-fly reconstruction pipeline to judge data quality for cryo-electron tomography workflows. 著者: Maxime Comet / Patricia M Dijkman / Reint Boer Iwema / Tilman Franke / Simonas Masiulis / Ruud Schampers / Oliver Raschdorf / Fanis Grollios / Edward E Pryor / Ieva Drulyte / 要旨: Data acquisition and processing for cryo-electron tomography can be a significant bottleneck for users. To simplify and streamline the cryo-ET workflow, Tomo Live, an on-the-fly solution that ...Data acquisition and processing for cryo-electron tomography can be a significant bottleneck for users. To simplify and streamline the cryo-ET workflow, Tomo Live, an on-the-fly solution that automates the alignment and reconstruction of tilt-series data, enabling real-time data-quality assessment, has been developed. Through the integration of Tomo Live into the data-acquisition workflow for cryo-ET, motion correction is performed directly after each of the acquired tilt angles. Immediately after the tilt-series acquisition has completed, an unattended tilt-series alignment and reconstruction into a 3D volume is performed. The results are displayed in real time in a dedicated remote web platform that runs on the microscope hardware. Through this web platform, users can review the acquired data (aligned stack and 3D volume) and several quality metrics that are obtained during the alignment and reconstruction process. These quality metrics can be used for fast feedback for subsequent acquisitions to save time. Parameters such as Alignment Accuracy, Deleted Tilts and Tilt Axis Correction Angle are visualized as graphs and can be used as filters to export only the best tomograms (raw data, reconstruction and intermediate data) for further processing. Here, the Tomo Live algorithms and workflow are described and representative results on several biological samples are presented. The Tomo Live workflow is accessible to both expert and non-expert users, making it a valuable tool for the continued advancement of structural biology, cell biology and histology. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19674.map.gz | 557.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19674-v30.xml emd-19674.xml | 7.9 KB 7.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_19674.png | 204.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-19674.cif.gz | 3.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19674 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19674 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19674_validation.pdf.gz | 524 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19674_full_validation.pdf.gz | 523.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19674_validation.xml.gz | 3.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19674_validation.cif.gz | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19674 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19674 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19674.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 632 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Keyhole limpet hemocyanin (KLH)
全体 | 名称: Keyhole limpet hemocyanin (KLH) |
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要素 |
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-超分子 #1: Keyhole limpet hemocyanin (KLH)
超分子 | 名称: Keyhole limpet hemocyanin (KLH) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Megathura crenulata (無脊椎動物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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特殊光学系 | 詳細: Multi-shot tomography experiment, 6 um image shift away from the stage position, shift along the tilt axis |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 41 / 平均電子線量: 2.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 92000 |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) 詳細: Reconstruction was obtained using Tomo Live on-the-fly reconstruction pipeline 使用した粒子像数: 41 |
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