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- EMDB-1967: Cryo-electron tomography of the red blood cell cytoskeleton -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1967
タイトルCryo-electron tomography of the red blood cell cytoskeleton
マップデータCryo-electron tomogram of an isolated mouse red blood cell membrane skeleton after anisotropic diffusion
試料
  • 試料: Mouse red blood cell cytoskeleton
  • 細胞器官・細胞要素: Cytoskeleton
キーワードspectrin network / erythrocyte / membrane skeleton
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Nans A / Mohandas N / Stokes DL
引用ジャーナル: Biophys J / 年: 2011
タイトル: Native ultrastructure of the red cell cytoskeleton by cryo-electron tomography.
著者: Andrea Nans / Narla Mohandas / David L Stokes /
要旨: Erythrocytes possess a spectrin-based cytoskeleton that provides elasticity and mechanical stability necessary to survive the shear forces within the microvasculature. The architecture of this ...Erythrocytes possess a spectrin-based cytoskeleton that provides elasticity and mechanical stability necessary to survive the shear forces within the microvasculature. The architecture of this membrane skeleton and the nature of its intermolecular contacts determine the mechanical properties of the skeleton and confer the characteristic biconcave shape of red cells. We have used cryo-electron tomography to evaluate the three-dimensional topology in intact, unexpanded membrane skeletons from mouse erythrocytes frozen in physiological buffer. The tomograms reveal a complex network of spectrin filaments converging at actin-based nodes and a gradual decrease in both the density and the thickness of the network from the center to the edge of the cell. The average contour length of spectrin filaments connecting junctional complexes is 46 ± 15 nm, indicating that the spectrin heterotetramer in the native membrane skeleton is a fraction of its fully extended length (∼190 nm). Higher-order oligomers of spectrin were prevalent, with hexamers and octamers seen between virtually every junctional complex in the network. Based on comparisons with expanded skeletons, we propose that the oligomeric state of spectrin is in a dynamic equilibrium that facilitates remodeling of the network as the cell changes shape in response to shear stress.
履歴
登録2011年9月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年10月5日-
マップ公開2011年11月17日-
更新2011年12月9日-
現状2011年12月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1967-sam...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1967.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Cryo-electron tomogram of an isolated mouse red blood cell membrane skeleton after anisotropic diffusion
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.3 Å/pix.
x 150 pix.
= 1095. Å		7.3 Å/pix.
x 1655 pix.
= 12081.5 Å		7.3 Å/pix.
x 1655 pix.
= 12081.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 18800.0
最小 - 最大0.0 - 32767.0
平均 (標準偏差)18931.318359379998583 (±2221.0151367200001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin1000
サイズ16551655150
Spacing16551655150
セルA: 12081.5 Å / B: 12081.5 Å / C: 1095.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z7.37.37.3
M x/y/z16551655150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z12081.50012081.5001095.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0100
NC/NR/NS16551655150
D min/max/mean0.00032767.00018931.318

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添付データ

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添付マップデータ: emd 1967 additional 1.map

ファイルemd_1967_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mouse red blood cell cytoskeleton

全体名称: Mouse red blood cell cytoskeleton
要素
  • 試料: Mouse red blood cell cytoskeleton
  • 細胞器官・細胞要素: Cytoskeleton

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超分子 #1000: Mouse red blood cell cytoskeleton

超分子名称: Mouse red blood cell cytoskeleton / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Cytoskeleton

超分子名称: Cytoskeleton / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Membrane skeleton / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse / 細胞: erythrocyte / Organelle: cytoskeleton

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 2mM sodium phosphate
グリッド詳細: 200 mesh molybdenum
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 123 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: homemade / 手法: Blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
温度平均: 84 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2010年4月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
平均電子線量: 70 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40859 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 9.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 9.0 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダー: side-entry / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -66 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 66 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 °

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: Protomo / 使用した粒子像数: 67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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