[日本語] English
万見
- EMDB-1966: CFTR map generated from 2D crystals grown using the epitaxial method. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1966
タイトルCFTR map generated from 2D crystals grown using the epitaxial method.
マップデータEM map generated from 2D crystals of Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (CFTR or ABCC7).
試料
  • 試料: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
  • タンパク質・ペプチド: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
キーワードCystic fibrosis / CFTR / ion channel / ATP binding cassette protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ABC-type transporter activity / membrane => GO:0016020 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative multidrug export ATP-binding/permease protein SAV1866
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Rosenberg MF / ORyan LP / Hughes G / Zhao Z / Aleksandrov LA / Riordan JR / Ford RC
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2011
タイトル: The cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR): three-dimensional structure and localization of a channel gate.
著者: Mark F Rosenberg / Liam P O'Ryan / Guy Hughes / Zhefeng Zhao / Luba A Aleksandrov / John R Riordan / Robert C Ford /
要旨: Cystic fibrosis affects about 1 in 2500 live births and involves loss of transmembrane chloride flux due to a lack of a membrane protein channel termed the cystic fibrosis transmembrane conductance ...Cystic fibrosis affects about 1 in 2500 live births and involves loss of transmembrane chloride flux due to a lack of a membrane protein channel termed the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR). We have studied CFTR structure by electron crystallography. The data were compared with existing structures of other ATP-binding cassette transporters. The protein was crystallized in the outward facing state and resembled the well characterized Sav1866 transporter. We identified regions in the CFTR map, not accounted for by Sav1866, which were potential locations for the regulatory region as well as the channel gate. In this analysis, we were aided by the fact that the unit cell was composed of two molecules not related by crystallographic symmetry. We also identified regions in the fitted Sav1866 model that were missing from the map, hence regions that were either disordered in CFTR or differently organized compared with Sav1866. Apart from the N and C termini, this indicated that in CFTR, the cytoplasmic end of transmembrane helix 5/11 and its associated loop could be partly disordered (or alternatively located).
履歴
登録2011年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年1月6日-
マップ公開2012年1月6日-
更新2012年3月7日-
現状2012年3月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 60
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 60
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4a82
  • 表面レベル: 60
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4a82
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1966.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1966.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map generated from 2D crystals of Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (CFTR or ABCC7).
ボクセルのサイズX: 0.7 Å / Y: 0.76 Å / Z: 2.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 60.0 / ムービー #1: 60
最小 - 最大-212.549000000000007 - 212.882000000000005
平均 (標準偏差)-0.205385 (±56.310499999999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ20920199
Spacing20920199
セルA: 140.7 Å / B: 158.84 Å / C: 247.5 Å
α: 90 ° / β: 90 ° / γ: 125 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.70.762.5
M x/y/z20120999
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z140.700158.840247.500
α/β/γ90.00090.000125.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS20120999
D min/max/mean-212.549212.882-0.205

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

全体名称: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
要素
  • 試料: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
  • タンパク質・ペプチド: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

-
超分子 #1000: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

超分子名称: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Human ortholog. Sample was glycosylated and mostly dephosphorylated. No nucleotide was added.
集合状態: 2 Monomers / Number unique components: 1
分子量実験値: 200 KDa / 理論値: 168.142 KDa / 手法: SDS-PAGE

-
分子 #1: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

分子名称: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CFTR
詳細: Human protein is glycosylated but non-phosphorylated, as expressed and purified from BHK cells. No nucleotide is present during purification and crystallisation.
コピー数: 2 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: BHK
分子量実験値: 200 KDa / 理論値: 168 KDa
組換発現生物種: Chinese Hamster Kidney cells
配列GO: membrane => GO:0016020
InterPro: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

-
試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 0.05% dodecyl maltoside, polyethylene glycol 4000 (10% w/v), 100mM ammonium sulphate, 50 mM Tris-HCl.
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Unstained
グリッド詳細: 400 mesh carbon, gold
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: 10 seconds
詳細on carbon (epitaxial)
結晶化詳細: on carbon (epitaxial)

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 97 K / 最高: 97 K / 平均: 97 K
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 1.9 µm / 実像数: 121 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt angle max: 70 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 70 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC
詳細: Lattice unbending and origin refinement were carried out with 2dx and 2dxmerge software.
結晶パラメータ単位格子 - A: 72.300 Å / 単位格子 - B: 75.800 Å / 単位格子 - C: 300.000 Å / 単位格子 - γ: 125.00 ° / 単位格子 - α: 90.00 ° / 単位格子 - β: 90.00 ° / 面群: P 1
CTF補正詳細: TTREFINE

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2hyd

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body. Initial manual docking then refinement using Chimera fir-in-map routine.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation between calculated map vs experimental map
得られたモデル

PDB-4a82:
Fitted model of staphylococcus aureus sav1866 model ABC transporter in the human cystic fibrosis transmembrane conductance regulator volume map EMD-1966.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る