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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19658 | |||||||||
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タイトル | Human RNF213: focused refinement of E3 ligase domain | |||||||||
マップデータ | Unsharpened map of RNF213 E3 ligase domain after focused refinement | |||||||||
試料 |
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キーワード | E3 ubiquitin ligase / ANTIMICROBIAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Naydenova K / Randow F | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2024 タイトル: Recognition of phylogenetically diverse pathogens through enzymatically amplified recruitment of RNF213 著者: Casado AC / Pothukuchi P / Naydenova K / Yip MCJ / Young JM / Boulanger J / Dharamdasani V / Harper C / Hammoudi PM / Otten EG / Boyle K / Gogoi M / Malik HS / Randow F #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: Recognition of phylogenetically diverse pathogens through enzymatically amplified recruitment of RNF213 著者: Casado AC / Pothukuchi P / Naydenova K / Yip MCJ / Young JM / Boulanger J / Dharamdasani V / Harper C / Hammoudi PM / Otten EG / Boyle K / Gogoi M / Malik HS / Randow F | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19658.map.gz | 475 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19658-v30.xml emd-19658.xml | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19658_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19658.png | 59.3 KB | ||
マスクデータ | emd_19658_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19658.cif.gz | 4.7 KB | ||
その他 | emd_19658_half_map_1.map.gz emd_19658_half_map_2.map.gz | 413.4 MB 413.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19658 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19658 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19658_validation.pdf.gz | 947.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19658_full_validation.pdf.gz | 946.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19658_validation.xml.gz | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19658_validation.cif.gz | 34.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19658 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19658 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19658.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map of RNF213 E3 ligase domain after focused refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.921 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19658_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map (2) of RNF213 E3 ligase domain focused refinement
ファイル | emd_19658_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map (2) of RNF213 E3 ligase domain focused refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map (1) of RNF213 E3 ligase domain focused refinement
ファイル | emd_19658_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map (1) of RNF213 E3 ligase domain focused refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human RNF213
全体 | 名称: Human RNF213 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human RNF213
超分子 | 名称: Human RNF213 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: E3 ubiquitin ligase RNF213, human, N1045D natural variant |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 590 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 4.86 sec. / 平均電子線量: 29.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |