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万見
- EMDB-19601: GRP94-BiP complex, loading conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19601
タイトルGRP94-BiP complex, loading conformation
マップデータrefined, sharpened map of GRP94-BiP-HT2 complex in the loading conformation, negative-stain EM data
試料
  • 複合体: Recombinant complex of human GRP94, BiP, and a Halo-Tag 2 (HT2) substrate
    • 複合体: GRP94
      • タンパク質・ペプチド: GRP94 delta1-72, N-term Strep-tag
    • 複合体: BiP
      • タンパク質・ペプチド: BiP, His-tagged
    • 複合体: Halo-Tag 2
      • タンパク質・ペプチド: HaloTag2, N-term Spot-Tag
キーワードchaperone / HSP90 / co-chaperone / HSP70
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of toll-like receptor signaling pathway / actin rod assembly / regulation of ATF6-mediated unfolded protein response / regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of protein folding in endoplasmic reticulum / cerebellum structural organization / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / IRE1alpha activates chaperones ...positive regulation of toll-like receptor signaling pathway / actin rod assembly / regulation of ATF6-mediated unfolded protein response / regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of protein folding in endoplasmic reticulum / cerebellum structural organization / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / IRE1alpha activates chaperones / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / endoplasmic reticulum chaperone complex / sequestering of calcium ion / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / PERK regulates gene expression / protein folding in endoplasmic reticulum / sarcoplasmic reticulum lumen / cerebellar Purkinje cell layer development / misfolded protein binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / Trafficking and processing of endosomal TLR / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / Scavenging by Class A Receptors / retrograde protein transport, ER to cytosol / low-density lipoprotein particle receptor binding / protein phosphatase inhibitor activity / sperm plasma membrane / ER overload response / cellular response to ATP / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / smooth endoplasmic reticulum / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / : / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of Wnt signaling pathway / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of protein-containing complex assembly / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cellular response to glucose starvation / ERAD pathway / cellular response to manganese ion / heat shock protein binding / positive regulation of protein ubiquitination / endocytic vesicle lumen / substantia nigra development / protein folding chaperone / cellular response to interleukin-4 / response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to plasma membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / unfolded protein binding / melanosome / Platelet degranulation / protein folding / protein transport / protein-folding chaperone binding / : / ribosome binding / protein refolding / midbody / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / cadherin binding / endoplasmic reticulum lumen / protein domain specific binding / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily ...Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoplasmic reticulum chaperone BiP / Endoplasmin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rhodococcus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Brenner JC / Zirden LC / Almeida-Hernandez Y / Kaschani F / Kaiser M / Sanchez-Garcia E / Poepsel S / Hellerschmied D
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)424228829 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Conformational plasticity of a BiP-GRP94 chaperone complex.
著者: Joel Cyrille Brenner / Linda Charlotte Zirden / Lana Buzuk / Yasser Almeida-Hernandez / Lea Radzuweit / Joao Diamantino / Farnusch Kaschani / Markus Kaiser / Elsa Sanchez-Garcia / Simon ...著者: Joel Cyrille Brenner / Linda Charlotte Zirden / Lana Buzuk / Yasser Almeida-Hernandez / Lea Radzuweit / Joao Diamantino / Farnusch Kaschani / Markus Kaiser / Elsa Sanchez-Garcia / Simon Poepsel / Doris Hellerschmied /
要旨: Hsp70 and Hsp90 chaperones and their regulatory cochaperones are critical for maintaining protein homeostasis. Glucose-regulated protein 94 (GRP94), the sole Hsp90 chaperone in the secretory pathway ...Hsp70 and Hsp90 chaperones and their regulatory cochaperones are critical for maintaining protein homeostasis. Glucose-regulated protein 94 (GRP94), the sole Hsp90 chaperone in the secretory pathway of mammalian cells, is essential for the maturation of important secretory and transmembrane proteins. Without the requirement of cochaperones, the Hsp70 protein BiP controls regulatory conformational changes of GRP94, the structural basis of which has remained elusive. Here we biochemically and structurally characterize the formation of a BiP-GRP94 chaperone complex and its transition to a conformation expected to support the loading of substrate proteins from BiP onto GRP94. BiP initially binds to the open GRP94 dimer through an interaction interface that is conserved among Hsp70 and Hsp90 paralogs. Subsequently, binding of a second BiP protein stabilizes a semiclosed GRP94 dimer, thereby advancing the chaperone cycle. Our findings highlight a fundamental mechanism of direct Hsp70-Hsp90 cooperation, independent of cochaperones.
履歴
登録2024年2月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19601.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19601.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈refined, sharpened map of GRP94-BiP-HT2 complex in the loading conformation, negative-stain EM data
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.89 Å/pix.
x 200 pix.
= 378. Å		1.89 Å/pix.
x 200 pix.
= 378. Å		1.89 Å/pix.
x 200 pix.
= 378. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.89 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.38
最小 - 最大-0.32166648 - 3.1107554
平均 (標準偏差)0.0032266465 (±0.18321009)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 378.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map of GRP94-BiP-HT2 complex in the loading...

ファイルemd_19601_additional_1.map
注釈unsharpened map of GRP94-BiP-HT2 complex in the loading conformation, negative-stain EM data
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: refined, sharpened map of GRP94-BiP-HT2 complex in the...

ファイルemd_19601_additional_2.map
注釈refined, sharpened map of GRP94-BiP-HT2 complex in the loading conformation, negative-stain EM data, as obtained from heterogeneous refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19601_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19601_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant complex of human GRP94, BiP, and a Halo-Tag 2 (HT2) s...

全体名称: Recombinant complex of human GRP94, BiP, and a Halo-Tag 2 (HT2) substrate
要素
  • 複合体: Recombinant complex of human GRP94, BiP, and a Halo-Tag 2 (HT2) substrate
    • 複合体: GRP94
      • タンパク質・ペプチド: GRP94 delta1-72, N-term Strep-tag
    • 複合体: BiP
      • タンパク質・ペプチド: BiP, His-tagged
    • 複合体: Halo-Tag 2
      • タンパク質・ペプチド: HaloTag2, N-term Spot-Tag

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超分子 #1: Recombinant complex of human GRP94, BiP, and a Halo-Tag 2 (HT2) s...

超分子名称: Recombinant complex of human GRP94, BiP, and a Halo-Tag 2 (HT2) substrate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Complex was reconstituted from individual purified proteins and then purified and fixated by glycerol gradient ultracentrifugation with glutaraldehyde cross-linking (GraFix)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35 KDa

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超分子 #2: GRP94

超分子名称: GRP94 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: BiP

超分子名称: BiP / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Halo-Tag 2

超分子名称: Halo-Tag 2 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Rhodococcus (バクテリア)

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分子 #1: GRP94 delta1-72, N-term Strep-tag

分子名称: GRP94 delta1-72, N-term Strep-tag / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASWSHPQFE KGSMGKPIPN PLLGLDSTEN LYFQGKSEKF AFQAEVNRMM KLIINSLYKN KEIFLRELIS NASDALDKIR LISLTDENAL AGNEELTVKI KCDKEKNLLH VTDTGVGMTR EELVKNLGTI AKSGTSEFLN KMTEAQEDGQ STSELIGQFG VGFYSAFLVA ...文字列:
MASWSHPQFE KGSMGKPIPN PLLGLDSTEN LYFQGKSEKF AFQAEVNRMM KLIINSLYKN KEIFLRELIS NASDALDKIR LISLTDENAL AGNEELTVKI KCDKEKNLLH VTDTGVGMTR EELVKNLGTI AKSGTSEFLN KMTEAQEDGQ STSELIGQFG VGFYSAFLVA DKVIVTSKHN NDTQHIWESD SNEFSVIADP RGNTLGRGTT ITLVLKEEAS DYLELDTIKN LVRKYSQFIN FPIYVWSSKT ETVEEPLEED EAAKEEKEES DDEAAVEEEE EEKKPKTKKV EKTVWDWELM NDIKPIWQRP SKEVEEDEYK AFYKSFSKES DDPMAYIHFT AEGEVTFKSI LFVPTSAPRG LFDEYGSKKS DYIKLYVRRV FITDDFHDMM PKYLNFVKGV VDSDDLPLNV SRETLQQHKL LKVIRKKLVR KTLDMIKKIA DEKYNDTFWK EFGTNIKLGV IEDHSNRTRL AKLLRFQSSH HSTDITSLDQ YVERMKEKQD KIYFMAGSSR KEAESSPFVE RLLKKGYEVI YLTEPVDEYC IQALPEFDGK RFQNVAKEGV KFDESEKTKE SREATEKEFE PLLNWMKDKA LKDKIEKAVV SQRLTESPCA LVASQYGWSG NMERIMKAQA YQTGKDISTN YYASQKKTFE INPRHPLIRD MLRRIKEDED DKTVMDLAVV LFETATLRSG YLLPDTKAYG DRIERMLRLS LNIDPEAQVE EEPEEEPEDT SEEAEDSEQD EGEEMDAGTE EEEEETEKES TEKDEL

UniProtKB: Endoplasmin

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分子 #2: BiP, His-tagged

分子名称: BiP, His-tagged / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSMDVGTVVG IDLGTTYSCV GVFKNGRVEI IANDQGNRIT PSYVAFTPEG ERLIGDAAKN QLTSNPENTV FDAKRLIGRT WNDPSVQQDI KFLPFKVVEK KTKPYIQVDI GGGQTKTFAP EEISAMVLTK MKETAEAYLG KKVTHAVVTV ...文字列:
MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSMDVGTVVG IDLGTTYSCV GVFKNGRVEI IANDQGNRIT PSYVAFTPEG ERLIGDAAKN QLTSNPENTV FDAKRLIGRT WNDPSVQQDI KFLPFKVVEK KTKPYIQVDI GGGQTKTFAP EEISAMVLTK MKETAEAYLG KKVTHAVVTV PAYFNDAQRQ ATKDAGTIAG LNVMRIINEP TAAAIAYGLD KREGEKNILV FDLGGGTFDV SLLTIDNGVF EVVATNGDTH LGGEDFDQRV MEHFIKLYKK KTGKDVRKDN RAVQKLRREV EKAKRALSSQ HQARIEIESF FEGEDFSETL TRAKFEELNM DLFRSTMKPV QKVLEDSDLK KSDIDEIVLV GGSTRIPKIQ QLVKEFFNGK EPSRGINPDE AVAYGAAVQA GVLSGDQDTG DLVLLDVCPL TLGIETVGGV MTKLIPRNTV VPTKKSQIFS TASDNQPTVT IKVYEGERPL TKDNHLLGTF DLTGIPPAPR GVPQIEVTFE IDVNGILRVT AEDKGTGNKN KITITNDQNR LTPEEIERMV NDAEKFAEED KKLKERIDTR NELESYAYSL KNQIGDKEKL GGKLSSEDKE TMEKAVEEKI EWLESHQDAD IEDFKAKKKE LEEIVQPIIS KLYGSGGPPP TGEEDTSEKD EL

UniProtKB: Endoplasmic reticulum chaperone BiP

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分子 #3: HaloTag2, N-term Spot-Tag

分子名称: HaloTag2, N-term Spot-Tag / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPDRVRAVSH WSSASSEIGT GFPFDPHYVE VLGERMHYVD VGPRDGTPVL FLHGNPTSSY LWRNIIPHVA PSHRCIAPDL IGMGKSDKPD LDYFFDDHVR YLDAFIEALG LEEVVLVIHD WGSALGFHWA KRNPERVKGI ACMEFIRPIP TWDEWPEFAR ETFQAFRTAD ...文字列:
MPDRVRAVSH WSSASSEIGT GFPFDPHYVE VLGERMHYVD VGPRDGTPVL FLHGNPTSSY LWRNIIPHVA PSHRCIAPDL IGMGKSDKPD LDYFFDDHVR YLDAFIEALG LEEVVLVIHD WGSALGFHWA KRNPERVKGI ACMEFIRPIP TWDEWPEFAR ETFQAFRTAD VGRELIIDQN AFIEGALPMG VVRPLTEVEM DHYREPFLKP VDREPLWRFP NELPIAGEPA NIVALVEAYM NWLHQSPVPK LLFWGTPGVL IPPAEAARLA ESLPNCKTVD IGPGLFLLQE DNPDLIGSEI ARWLPGLAG

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate
詳細: 4 ul of the GraFix fraction was applied to a Copper 400 Mesh grids with continuous carbon (Electron Microscopy Sciences) after glow discharge, incubated for 30 s, immediately blotted with ...詳細: 4 ul of the GraFix fraction was applied to a Copper 400 Mesh grids with continuous carbon (Electron Microscopy Sciences) after glow discharge, incubated for 30 s, immediately blotted with filter paper and stained via five successive short incubations of 2% (w/v) uranyl formate (Science Services). The excess stain was removed with filter paper and the grids dried before imaging
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS L120C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 22.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos L120C / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31838
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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