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- EMDB-19562: Vimentin intermediate filament protofibril stoichiometry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19562
タイトルVimentin intermediate filament protofibril stoichiometry
マップデータVimentin intermediate filament / STA
試料
  • 複合体: Vimentin intermediate filament
    • タンパク質・ペプチド: Vimentin
キーワードvimentin / intermediate filament / cytoskeleton / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament ...keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament / cell leading edge / microtubule organizing center / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / regulation of mRNA stability / Late endosomal microautophagy / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / nuclear matrix / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / neuron projection development / peroxisome / double-stranded RNA binding / negative regulation of neuron projection development / cellular response to lipopolysaccharide / scaffold protein binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / molecular adaptor activity / cytoskeleton / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.2 Å
データ登録者Eibauer M / Medalia O
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_207453 スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Vimentin filaments integrate low-complexity domains in a complex helical structure.
著者: Matthias Eibauer / Miriam S Weber / Rafael Kronenberg-Tenga / Charlie T Beales / Rajaa Boujemaa-Paterski / Yagmur Turgay / Suganya Sivagurunathan / Julia Kraxner / Sarah Köster / Robert D ...著者: Matthias Eibauer / Miriam S Weber / Rafael Kronenberg-Tenga / Charlie T Beales / Rajaa Boujemaa-Paterski / Yagmur Turgay / Suganya Sivagurunathan / Julia Kraxner / Sarah Köster / Robert D Goldman / Ohad Medalia /
要旨: Intermediate filaments (IFs) are integral components of the cytoskeleton. They provide cells with tissue-specific mechanical properties and are involved in numerous cellular processes. Due to their ...Intermediate filaments (IFs) are integral components of the cytoskeleton. They provide cells with tissue-specific mechanical properties and are involved in numerous cellular processes. Due to their intricate architecture, a 3D structure of IFs has remained elusive. Here we use cryo-focused ion-beam milling, cryo-electron microscopy and tomography to obtain a 3D structure of vimentin IFs (VIFs). VIFs assemble into a modular, intertwined and flexible helical structure of 40 α-helices in cross-section, organized into five protofibrils. Surprisingly, the intrinsically disordered head domains form a fiber in the lumen of VIFs, while the intrinsically disordered tails form lateral connections between the protofibrils. Our findings demonstrate how protein domains of low sequence complexity can complement well-folded protein domains to construct a biopolymer with striking mechanical strength and stretchability.
履歴
登録2024年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19562.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19562.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 251 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Vimentin intermediate filament / STA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.84 Å/pix.
x 40 pix.
= 353.6 Å		8.84 Å/pix.
x 40 pix.
= 353.6 Å		8.84 Å/pix.
x 40 pix.
= 353.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.78
最小 - 最大-1.5250305 - 2.3141472
平均 (標準偏差)0.015348067 (±0.29859444)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ404040
Spacing404040
セルA=B=C: 353.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Vimentin intermediate filament / STA / half map 1

ファイルemd_19562_half_map_1.map
注釈Vimentin intermediate filament / STA / half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Vimentin intermediate filament / STA / half map 2

ファイルemd_19562_half_map_2.map
注釈Vimentin intermediate filament / STA / half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vimentin intermediate filament

全体名称: Vimentin intermediate filament
要素
  • 複合体: Vimentin intermediate filament
    • タンパク質・ペプチド: Vimentin

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超分子 #1: Vimentin intermediate filament

超分子名称: Vimentin intermediate filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56 kDa/nm

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分子 #1: Vimentin

分子名称: Vimentin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSTRSVSSSS YRRMFGGPGT ASRPSSSRSY VTTSTRTYSL GSALRPSTSR SLYASSPGGV YATRSSAVRL RSSVPGVRLL QDSVDFSLAD AINTEFKNTR TNEKVELQEL NDRFANYIDK VRFLEQQNKI LLAELEQLKG QGKSRLGDLY EEEMRELRRQ VDQLTNDKAR ...文字列:
MSTRSVSSSS YRRMFGGPGT ASRPSSSRSY VTTSTRTYSL GSALRPSTSR SLYASSPGGV YATRSSAVRL RSSVPGVRLL QDSVDFSLAD AINTEFKNTR TNEKVELQEL NDRFANYIDK VRFLEQQNKI LLAELEQLKG QGKSRLGDLY EEEMRELRRQ VDQLTNDKAR VEVERDNLAE DIMRLREKLQ EEMLQREEAE NTLQSFRQDV DNASLARLDL ERKVESLQEE IAFLKKLHEE EIQELQAQIQ EQHVQIDVDV SKPDLTAALR DVRQQYESVA AKNLQEAEEW YKSKFADLSE AANRNNDALR QAKQESTEYR RQVQSLTCEV DALKGTNESL ERQMREMEEN FAVEAANYQD TIGRLQDEIQ NMKEEMARHL REYQDLLNVK MALDIEIATY RKLLEGEESR ISLPLPNFSS LNLRETNLDS LPLVDTHSKR TLLIKTVETR DGQVINETSQ HHDDLE

UniProtKB: Vimentin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細native vimentin intermediate filaments

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 42.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 72 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用したサブトモグラム数: 2371
抽出トモグラム数: 7 / 使用した粒子像数: 14273 / ソフトウェア - 名称: crYOLO
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: Subtomograms were projected using the APT pipeline (APT, actin polarity toolbox). Low quality subtomograms were excluded by multiple rounds of unsupervised 2D classification in RELION.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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