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- EMDB-19513: Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19513
タイトルChromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome
マップデータComposite map of Xenopus H3.T3p-NCP in complex with human CPC localisation module (Survivin-FL, Borealin(1-76), INCENP(1-80)
試料
  • 複合体: Human CPC localisation module in complex with Xenopus H3.T3p-nucleosome
    • 複合体: H3.T3p-nucleosome
      • タンパク質・ペプチド: x 5種
    • 複合体: Chromosome Passenger Complex localisation module
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: DNA
      • DNA: x 2種
  • リガンド: x 1種
キーワードCPC / nucleosome / cell cycle / chromosome segregation / histone modification / cryoEM
機能・相同性
機能・相同性情報


central element / meiotic spindle midzone / survivin complex / meiotic spindle midzone assembly / : / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of exit from mitosis ...central element / meiotic spindle midzone / survivin complex / meiotic spindle midzone assembly / : / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of exit from mitosis / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / interphase microtubule organizing center / lateral element / chromosome passenger complex / protein-containing complex localization / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cobalt ion binding / mitotic metaphase chromosome alignment / nuclear chromosome / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / spindle midzone / pericentric heterochromatin / mitotic cytokinesis / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / mitotic sister chromatid segregation / SUMOylation of DNA replication proteins / chromosome, centromeric region / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / mitotic spindle assembly / chromosome organization / intercellular bridge / cytoplasmic microtubule / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / centriole / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / tubulin binding / positive regulation of mitotic cell cycle / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / molecular function activator activity / mitotic spindle organization / spindle microtubule / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / sensory perception of sound / kinetochore / small GTPase binding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / Separation of Sister Chromatids / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / Neddylation / mitotic cell cycle / nucleosome assembly / protein-folding chaperone binding / microtubule cytoskeleton / midbody / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / microtubule binding / microtubule / nuclear body / protein heterodimerization activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Borealin, N-terminal / Cell division protein borealin / Borealin, C-terminal / Nbl1 / Borealin N terminal / Cell division cycle-associated protein 8 / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / : ...Borealin, N-terminal / Cell division protein borealin / Borealin, C-terminal / Nbl1 / Borealin N terminal / Cell division cycle-associated protein 8 / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / : / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Histone H4 / Histone H3.2 / Borealin / Inner centromere protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Ruza RR / Barr FA
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKC20079/A24743 英国
引用
ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2025
タイトル: A pivot-tether model for nucleosome recognition by the chromosomal passenger complex.
著者: Reinis R Ruza / Chyi Wei Chung / Danny B H Gold / Michela Serena / Emile Roberts / Ulrike Gruneberg / Francis A Barr /
要旨: Spatial restriction of Aurora B to T3-phosphorylated histone H3 (H3pT3) nucleosomes adjacent to centromeres during prometaphase and metaphase enables it to phosphorylate proteins necessary for ...Spatial restriction of Aurora B to T3-phosphorylated histone H3 (H3pT3) nucleosomes adjacent to centromeres during prometaphase and metaphase enables it to phosphorylate proteins necessary for spindle assembly checkpoint signalling and biorientation of chromosomes on the mitotic spindle. Aurora B binding to H3pT3-nucleosomes requires a multivalent targeting module, the chromosomal passenger complex (CPC), consisting of survivin, borealin, and INCENP. To shed light on how these components mediate CPC localisation during prometaphase and metaphase, we determined the structure of the CPC targeting module in complex with haspin-phosphorylated H3pT3-nucleosomes by cryo-electron microscopy. This structure shows how the N-terminus of borealin and the survivin BIR domain act as pivot and flexible tethering points, respectively, to increase CPC affinity for H3pT3 nucleosomes without limiting it to a specific orientation. We demonstrate that this flexible, yet constrained pivot-tether arrangement is important for the control of spindle assembly checkpoint signalling by Aurora B.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: A pivot-tether model for nucleosome recognition by the chromosomal passenger complex
著者: Ruza RR / Chung CW / Gold DB / Serena M / Roberts E / Gruneberg U / Barr FA
履歴
登録2024年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19513.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of Xenopus H3.T3p-NCP in complex with human CPC localisation module (Survivin-FL, Borealin(1-76), INCENP(1-80)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.00047961914 - 1.9114597
平均 (標準偏差)0.00094991544 (±0.021301549)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19513_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Localised refinement focusing on the distal end of...

ファイルemd_19513_additional_1.map
注釈Localised refinement focusing on the distal end of the CPC localisation module.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The raw map of Xenopus H3.T3p-NCP in complex...

ファイルemd_19513_additional_2.map
注釈The raw map of Xenopus H3.T3p-NCP in complex with human CPC localisation module (Survivin-FL, Borealin(1-76), INCENP(1-80).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human CPC localisation module in complex with Xenopus H3.T3p-nucl...

全体名称: Human CPC localisation module in complex with Xenopus H3.T3p-nucleosome
要素
  • 複合体: Human CPC localisation module in complex with Xenopus H3.T3p-nucleosome
    • 複合体: H3.T3p-nucleosome
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • 複合体: Chromosome Passenger Complex localisation module
      • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
      • タンパク質・ペプチド: Borealin
      • タンパク質・ペプチド: Inner centromere protein
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (147-MER)
      • DNA: DNA (147-MER)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Human CPC localisation module in complex with Xenopus H3.T3p-nucl...

超分子名称: Human CPC localisation module in complex with Xenopus H3.T3p-nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
詳細: H3 phosphorylated using purified human Haspin kinase domain (residues 465-798)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 202 KDa

+
超分子 #2: H3.T3p-nucleosome

超分子名称: H3.T3p-nucleosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5
詳細: H3 phosphorylated using purified human Haspin kinase domain (residues 465-798).
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

+
超分子 #3: Chromosome Passenger Complex localisation module

超分子名称: Chromosome Passenger Complex localisation module / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.435126 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVALFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 14.109436 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAVR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQSVLLPK KTESSKSAKS K

UniProtKB: Histone H2A type 1

+
分子 #4: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.655948 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MAKSAPAPKK GSKKAVTKTQ KKDGKKRRKT RKESYAIYVY KVLKQVHPDT GISSKAMSIM NSFVNDVFER IAGEASRLAH YNKRSTITS REIQTAVRLL LPGELAKHAV SEGTKAVTKY TSAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

+
分子 #5: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.38391 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
AR(TPO)KQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQ DFK TDLRFQSSAV MALQEASEAY LVALFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3

+
分子 #8: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5

分子名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.568902 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GPMGAPTLPP AWQPFLKDHR ISTFKNWPFL EGCACTPERM AEAGFIHCPT ENEPDLAQCF FCFKELEGWE PDDDPIEEHK KHSSGCAFL SVKKQFEELT LGEFLKLDRE RAKNKIAKET NNKKKEFEET AKKVRRAIEQ LAAMD

UniProtKB: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5

+
分子 #9: Borealin

分子名称: Borealin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.138654 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MAPRKGSSRV AKTNSLRRRK LASFLKDFDR EVEIRIKQIE SDRQNLLKEV DNLYNIEILR LPKALREMNW LDYFAL

UniProtKB: Borealin

+
分子 #10: Inner centromere protein

分子名称: Inner centromere protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.783207 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GPMGTTAPGP IHLLELCDQK LMEFLCNMDN KDLVWLEEIQ EEAERMFTRE FSKEPELMPK TPSQKNRRKK RRISYVQDEN RD

UniProtKB: Inner centromere protein

+
分子 #6: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 47.128023 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #7: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 46.709762 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA)(DA) (DG)(DG)(DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)

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分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mM(HOCH2)3CNH2-CLTris(hydroxymethyl)aminomethane-hydrochloride
150.0 mMNaClSodium chloride
2.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
0.3 %C14H28O6n-octyl-beta-D-glucoside

詳細: 10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 120 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15 mA current, using Leica EM ACE200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 s blotting time, -10 force, no wait time..
詳細Monodisperse sample with good particle density

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20239 / 平均露光時間: 2.51 sec. / 平均電子線量: 43.86 e/Å2 / 詳細: Collected in 2x-binned super-resolution mode
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 58009
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Movies motion-corrected on-the-fly using SIMPLE (Caesar, et al., 2020)
粒子像選択選択した数: 3099937
詳細: Blob-based picking, using 110 A expected particle diameter.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / ソフトウェア - 詳細: Patch-CTF estimation job used
詳細: CTF amplitude correction first performed following movie motion correction, and CTF parameters were later refined during the refinement of the final reconstruction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0), RELION (ver. 4.0))
詳細: Final reconstruction performed following particle polishing in Relion and subsequent re-import in CryoSPARC. The CPC distal region was then further locally refined and sharpened using ...詳細: Final reconstruction performed following particle polishing in Relion and subsequent re-import in CryoSPARC. The CPC distal region was then further locally refined and sharpened using DeepEMhancer. The resolution value given for the raw final reconstruction before local refinement.
使用した粒子像数: 119063
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 83358 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
詳細: Performed using a heterogenous refinement job with 2 classes.
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

3afa

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelSequence modified to match Xenopus

6yih

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 59.74
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8rup:
Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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