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万見
- EMDB-19489: Tobacco mosaic virus from scanning transmission electron microsco... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19489
タイトルTobacco mosaic virus from scanning transmission electron microscopy at CSA=2.0 mrad
マップデータsharp map
試料
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
キーワードtobacco mosaic virus / VIRUS
生物種Tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Mann D / Filopoulou A / Sachse C
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Helmholtz AssociationPoF 5352 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: VitroJet: new features and case studies.
著者: Rene J M Henderikx / Daniel Mann / Aušra Domanska / Jing Dong / Saba Shahzad / Behnam Lak / Aikaterini Filopoulou / Damian Ludig / Martin Grininger / Jeffrey Momoh / Elina Laanto / Hanna M ...著者: Rene J M Henderikx / Daniel Mann / Aušra Domanska / Jing Dong / Saba Shahzad / Behnam Lak / Aikaterini Filopoulou / Damian Ludig / Martin Grininger / Jeffrey Momoh / Elina Laanto / Hanna M Oksanen / Kyrylo Bisikalo / Pamela A Williams / Sarah J Butcher / Peter J Peters / Bart W A M M Beulen /
要旨: Single-particle cryo-electron microscopy has become a widely adopted method in structural biology due to many recent technological advances in microscopes, detectors and image processing. Before ...Single-particle cryo-electron microscopy has become a widely adopted method in structural biology due to many recent technological advances in microscopes, detectors and image processing. Before being able to inspect a biological sample in an electron microscope, it needs to be deposited in a thin layer on a grid and rapidly frozen. The VitroJet was designed with this aim, as well as avoiding the delicate manual handling and transfer steps that occur during the conventional grid-preparation process. Since its creation, numerous technical developments have resulted in a device that is now widely utilized in multiple laboratories worldwide. It features plasma treatment, low-volume sample deposition through pin printing, optical ice-thickness measurement and cryofixation of pre-clipped Autogrids through jet vitrification. This paper presents recent technical improvements to the VitroJet and the benefits that it brings to the cryo-EM workflow. A wide variety of applications are shown: membrane proteins, nucleosomes, fatty-acid synthase, Tobacco mosaic virus, lipid nanoparticles, tick-borne encephalitis viruses and bacteriophages. These case studies illustrate the advancement of the VitroJet into an instrument that enables accurate control and reproducibility, demonstrating its suitability for time-efficient cryo-EM structure determination.
履歴
登録2024年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月27日-
マップ公開2024年3月27日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19489.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19489.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharp map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.25 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.6762507 - 1.2316965
平均 (標準偏差)0.0068476996 (±0.14015952)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 320.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19489_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map b

ファイルemd_19489_half_map_1.map
注釈half map b
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map a

ファイルemd_19489_half_map_2.map
注釈half map a
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tobacco mosaic virus

全体名称: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (ウイルス)

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超分子 #1: Tobacco mosaic virus

超分子名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度33 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: distilled water (MilliQ)
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: OTHER
詳細: VitroJet pins were cleaned with detergent and 70% EtOH in an ultrasonicator followed by 1 min drying under nitrogen stream (for 5 minutes each). TMV was pin printed at 4 degC chamber ...詳細: VitroJet pins were cleaned with detergent and 70% EtOH in an ultrasonicator followed by 1 min drying under nitrogen stream (for 5 minutes each). TMV was pin printed at 4 degC chamber temperature with a 70 micrometer spiral, 15 micrometer standoff with a velocity of 5 mm per second. The value given for _em_vitrification.instrument is CRYOSOL VITROJET. This is not in a list of allowed values {'HOMEMADE PLUNGER', 'FEI VITROBOT MARK III', 'FEI VITROBOT MARK II', 'FEI VITROBOT MARK I', 'GATAN CRYOPLUNGE 3', 'LEICA PLUNGER', 'LEICA EM GP', 'REICHERT-JUNG PLUNGER', 'LEICA EM CPC', 'OTHER', 'FEI VITROBOT MARK IV', 'SPOTITON', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA KF80'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細in focus iDPC-STEM measurement using Velox software
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 103 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 / 詳細: segmented TFS Panther iDPC-STEM detector
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 倍率（公称値）: 240000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細iDPC images were generated in TFS Velox software and highpass filtered with a gaussian highpass filter with a width of 251 angstroms
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.4 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 22.03 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 13644
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylinder (diameter 180 angstroms)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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