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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19488 | |||||||||||||||
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タイトル | Stalk-Arches-IMC at 4.33A - Refinement without symmetry of the Stalk-Arches-IMC from the fully-assembled R388 type IV secretion. | |||||||||||||||
マップデータ | STALK-ARCHES-IMC _ Unsharpened | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | type IV secretion system type 4 secretion system T4SS Arches Stalk inner membrane complex IMC R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB3 VirB4 VirB5 VirB6 VirB8 VirB10 TrwM TrwK TrwJ TrwI TrwG TrwE / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type IV secretion system / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.33 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Mace K / Waksman G | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structure of a conjugative type IV secretion system suggests a molecular switch regulating pilus biogenesis. 著者: Kévin Macé / Gabriel Waksman / 要旨: Conjugative type IV secretion systems (T4SS) mediate bacterial conjugation, a process that enables the unidirectional exchange of genetic materials between a donor and a recipient bacterial cell. ...Conjugative type IV secretion systems (T4SS) mediate bacterial conjugation, a process that enables the unidirectional exchange of genetic materials between a donor and a recipient bacterial cell. Bacterial conjugation is the primary means by which antibiotic resistance genes spread among bacterial populations (Barlow 2009; Virolle et al, 2020). Conjugative T4SSs form pili: long extracellular filaments that connect with recipient cells. Previously, we solved the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a conjugative T4SS. In this article, based on additional data, we present a more complete T4SS cryo-EM structure than that published earlier. Novel structural features include details of the mismatch symmetry within the OMCC, the presence of a fourth VirB8 subunit in the asymmetric unit of both the arches and the inner membrane complex (IMC), and a hydrophobic VirB5 tip in the distal end of the stalk. Additionally, we provide previously undescribed structural insights into the protein VirB10 and identify a novel regulation mechanism of T4SS-mediated pilus biogenesis by this protein, that we believe is a key checkpoint for this process. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19488.map.gz | 251.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19488-v30.xml emd-19488.xml | 23.8 KB 23.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19488_fsc.xml | 17 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19488.png | 75.6 KB | ||
マスクデータ | emd_19488_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19488.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_19488_additional_1.map.gz emd_19488_half_map_1.map.gz emd_19488_half_map_2.map.gz | 455.4 MB 475.2 MB 475.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19488 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19488 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19488_validation.pdf.gz | 970.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19488_full_validation.pdf.gz | 969.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19488_validation.xml.gz | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19488_validation.cif.gz | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19488 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19488 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rtdMC 8rt4C 8rt5C 8rt6C 8rt7C 8rt8C 8rt9C 8rtaC 8rtbC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19488.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | STALK-ARCHES-IMC _ Unsharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.067 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19488_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: STALK-ARCHES-IMC Sharpened-deepEMhancer
ファイル | emd_19488_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | STALK-ARCHES-IMC _ Sharpened-deepEMhancer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-B
ファイル | emd_19488_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-A
ファイル | emd_19488_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Stalk-Arches-IMC complex from the fully-assembled R388 type IV se...
全体 | 名称: Stalk-Arches-IMC complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system |
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要素 |
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-超分子 #1: Stalk-Arches-IMC complex from the fully-assembled R388 type IV se...
超分子 | 名称: Stalk-Arches-IMC complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: TrwJ protein
分子 | 名称: TrwJ protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 25.190461 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKLVMTAAV AAILGAASPV MAQGIPVFDG TRALDFVQQF ARMKEQLDTA KDQLAEAQRM YEAVTGGRGL GDLMRNAQLR EYLPDDLRT VYDSANGGGY SGISGSINDI LRDERLNGSV ADMRRSIEER SRTAAATDKA VGLRAYEGAQ QRLAQIEGLM D EISRTQDQ ...文字列: MKKLVMTAAV AAILGAASPV MAQGIPVFDG TRALDFVQQF ARMKEQLDTA KDQLAEAQRM YEAVTGGRGL GDLMRNAQLR EYLPDDLRT VYDSANGGGY SGISGSINDI LRDERLNGSV ADMRRSIEER SRTAAATDKA VGLRAYEGAQ QRLAQIEGLM D EISRTQDQ KAIEELQARI AGEQAAIQNE TTKLQMIAQL RQAEQALISE QRRERNMRIL SSGNQGMPTI Q UniProtKB: TrwJ protein |
-分子 #2: TrwG protein
分子 | 名称: TrwG protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 25.799994 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSKKQPKPVK AEQLKSYYEE SRGLERDLIG EFVKSRKTAW RVATASGLFG LLGMVCGIVG FSQPAPAPLV LRVDNATGAV DVVTTLREH ESSYGEVVDT YWLNQYVLNR EAYDYNTIQM NYDTTALLSA PAVQQDYYKL FDGSNARDRV LGNKARITVR V RSIQPNGR ...文字列: MSKKQPKPVK AEQLKSYYEE SRGLERDLIG EFVKSRKTAW RVATASGLFG LLGMVCGIVG FSQPAPAPLV LRVDNATGAV DVVTTLREH ESSYGEVVDT YWLNQYVLNR EAYDYNTIQM NYDTTALLSA PAVQQDYYKL FDGSNARDRV LGNKARITVR V RSIQPNGR GQATVRFTTQ QHNSNGTVEA PQHQIATIGY TYIGAPMRSS DRLLNPLGFQ VTSYRADPEI LNN UniProtKB: TrwG protein |
-分子 #3: TrwE protein
分子 | 名称: TrwE protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 42.443785 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFGRKKGDVI DAGAELERAE QERIEGEYGA SELASERRPH TPGARTLLMV LLCVIAVVLV TLSYKAYKVR GVVEDDDAQP QQVVRQVIP GYTPRPIRPE PENVPEPPQP TTSVPAIQPA PVTQPVRPQP TGPREKTPYE LARERMLRSG LTAGSGGGED L PRPQGGDV ...文字列: MFGRKKGDVI DAGAELERAE QERIEGEYGA SELASERRPH TPGARTLLMV LLCVIAVVLV TLSYKAYKVR GVVEDDDAQP QQVVRQVIP GYTPRPIRPE PENVPEPPQP TTSVPAIQPA PVTQPVRPQP TGPREKTPYE LARERMLRSG LTAGSGGGED L PRPQGGDV PAGGLMGGGG GGGELAEKLQ PMRLSGSSAG RLGNRDMLIT QGTQLDCVLE TRLVTTQPGM TTCHLTRDVY ST SGRVVLL DRGSKVVGFY QGGLRQGQAR IFVQWSRIET PSGVVINLDS PGTGPLGEAG LGGWIDRHFW ERFGGAIMIS LIG DLGDWA SRQGSRQGDN SIQFSNTANG VESAAAEALR NSINIPPTLY KNQGERVNIL VARDLDFSDV YSLESIPTK UniProtKB: TrwE protein |
-分子 #4: TrwI protein
分子 | 名称: TrwI protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 35.324172 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAFELFTPLF NKIDQTTATY VTDISSRAIA AITPVVSVGL TLGFITYGWL IIRGAVEMPV AEFLNRCLRI GIIVSIALAG GLYQGEIAN AITTVPDELA SALLGNPTQG ASAAALVDQS AQQGFDRASE AFEEAGFFSS DGLLYGLFGI IILLATGLLA A IGGAFLLL ...文字列: MAFELFTPLF NKIDQTTATY VTDISSRAIA AITPVVSVGL TLGFITYGWL IIRGAVEMPV AEFLNRCLRI GIIVSIALAG GLYQGEIAN AITTVPDELA SALLGNPTQG ASAAALVDQS AQQGFDRASE AFEEAGFFSS DGLLYGLFGI IILLATGLLA A IGGAFLLL AKIALALLAG LGPLFILALI WQPTHRFFDQ WAQQVLNYGL LIVLFAAVFG LLMQIFGSYM ADLRFDGAQN VA YAIGGSV ILSIVSIVLL MQLPSIASGL AGGIGLGYMW ELRSMRSGAG AAMRGGRAMA RGARAAPGAA RGAAVGAANM AKT VATGGA GVARAAAGYF RGRKAG UniProtKB: TrwI protein |
-分子 #5: TrwM protein
分子 | 名称: TrwM protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 12.292585 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKPPQQQHEA FPLFKGATRL PTIWGVPMIP LMAMVMGVAV IALTVSIWWW ALVPPLWFIM AQITKNDDKA FRIWWLWIDT KFRNRNKGF WGASSYSPAN YRKRR UniProtKB: TrwM protein |
-分子 #6: Type IV secretion system protein virB4
分子 | 名称: Type IV secretion system protein virB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 93.76993 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGAIESRKLL ASETPVGQFI PYSHHVTDTI ISTKNAEYLS VWKIDGRSHQ SASEADVFQW IRELNNTLRG ISSANLSLWT HIVRRRVYE YPDAEFDNVF CRQLDEKYRE SFTGYNLMVN DLYLTVVYRP VSDKVLSFFA KRERETPDQK KHRQESCIKA L EDINRTLG ...文字列: MGAIESRKLL ASETPVGQFI PYSHHVTDTI ISTKNAEYLS VWKIDGRSHQ SASEADVFQW IRELNNTLRG ISSANLSLWT HIVRRRVYE YPDAEFDNVF CRQLDEKYRE SFTGYNLMVN DLYLTVVYRP VSDKVLSFFA KRERETPDQK KHRQESCIKA L EDINRTLG QSFKRYGAEL LSVYEKGGHA FSAPLEFLAR LVNGEHIPMP ICRDRFSDYM AVNRPMFSKW GEVGELRSLT GL RRFGMLE IREYDDATEP GQLNVLLESD YEFVLTHSFS VLSRPAAKEY LQRHQKNLID ARDVATDQIE EIDEALNQLI SGH FVMGEH HCTLTVYGET VQQVRDNLAH ASAAMLDVAV LPKPVDLALE AGYWAQLPAN WQWRPRPAPI TSLNFLSFSP FHNF MSGKP TGNPWGPAVT ILKTVSGTPL YFNFHASKEE EDATDKRLLG NTMLIGQSSS GKTVLLGFLL AQAQKFKPTI VAFDK DRGM EISIRAMGGR YLPLKTGEPS GFNPFQLPPT HANLIFLKQF VKKLAAAGGE VTHRDEEEID QAITAMMSDS IDKSLR RLS LLLQFLPNPR SDDMDARPTV HARLVKWCEG GDYGWLFDNP TDALDLSTHQ IYGFDITEFL DNPEARTPVM MYLLYRT ES MIDGRRFMYV FDEFWKPLQD EYFEDLAKNK QKTIRKQNGI FVFATQEPSD ALESNIAKTL IQQCATYIFL ANPKADYE D YTQGFKLTDS EFELVRGLGE FSRRFLIKQG DQSALAEMNL GKFRTIVDGE TVERDFDDEL LVLSGTPDNA EIAESIIAE VGDDPAVWLP IFLDRVKAER SDV UniProtKB: Type IV secretion system protein virB4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER 最大 デフォーカス(公称値): 3.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |