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- EMDB-19488: Stalk-Arches-IMC at 4.33A - Refinement without symmetry of the St... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19488
タイトルStalk-Arches-IMC at 4.33A - Refinement without symmetry of the Stalk-Arches-IMC from the fully-assembled R388 type IV secretion.
マップデータSTALK-ARCHES-IMC _ Unsharpened
試料
  • 複合体: Stalk-Arches-IMC complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system
    • タンパク質・ペプチド: TrwJ protein
    • タンパク質・ペプチド: TrwG protein
    • タンパク質・ペプチド: TrwE protein
    • タンパク質・ペプチド: TrwI protein
    • タンパク質・ペプチド: TrwM protein
    • タンパク質・ペプチド: Type IV secretion system protein virB4分泌
キーワードtype IV secretion system type 4 secretion system T4SS Arches Stalk inner membrane complex IMC R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB3 VirB4 VirB5 VirB6 VirB8 VirB10 TrwM TrwK TrwJ TrwI TrwG TrwE (分泌) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type IV secretion system / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type IV secretion system, VirB5 / Type IV secretion system, VirB5-domain / Type IV secretion system proteins / Plasmid conjugal transfer TrbL/VirB6 / Type IV secretion system, VirB3 / TrbD / AvhB / TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein / Type IV secretory pathway, VirB3-like protein / CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, central domain / CagE, TrbE, VirB family, component of type IV transporter system / CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system ...Type IV secretion system, VirB5 / Type IV secretion system, VirB5-domain / Type IV secretion system proteins / Plasmid conjugal transfer TrbL/VirB6 / Type IV secretion system, VirB3 / TrbD / AvhB / TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein / Type IV secretory pathway, VirB3-like protein / CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, central domain / CagE, TrbE, VirB family, component of type IV transporter system / CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system / TraG, P-loop domain / TraG P-loop domain / : / Type IV secretion system protein VirB8/PtlE / Bacterial virulence protein VirB8 / VirB8 protein / Type IV secretion system, VirB10/TrbI / Bacterial conjugation TrbI-like protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI / NTF2-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
TrwM protein / Type IV secretion system protein virB4 / TrwJ protein / TrwI protein / TrwG protein / TrwE protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.33 Å
データ登録者Mace K / Waksman G
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust098302 英国
Wellcome Trust217089 英国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of a conjugative type 4 secretion system identifies a molecular switch regulating conjugative pilus biogenesis
著者: Mace K / Waksman G
履歴
登録2024年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19488.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19488.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈STALK-ARCHES-IMC _ Unsharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.304 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.304 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.304 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-0.71761763 - 1.9973441
平均 (標準偏差)0.027171923 (±0.09129263)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 546.304 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19488_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: STALK-ARCHES-IMC Sharpened-deepEMhancer

ファイルemd_19488_additional_1.map
注釈STALK-ARCHES-IMC _ Sharpened-deepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-B

ファイルemd_19488_half_map_1.map
注釈Half-B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-A

ファイルemd_19488_half_map_2.map
注釈Half-A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Stalk-Arches-IMC complex from the fully-assembled R388 type IV se...

全体名称: Stalk-Arches-IMC complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system
要素
  • 複合体: Stalk-Arches-IMC complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system
    • タンパク質・ペプチド: TrwJ protein
    • タンパク質・ペプチド: TrwG protein
    • タンパク質・ペプチド: TrwE protein
    • タンパク質・ペプチド: TrwI protein
    • タンパク質・ペプチド: TrwM protein
    • タンパク質・ペプチド: Type IV secretion system protein virB4分泌

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超分子 #1: Stalk-Arches-IMC complex from the fully-assembled R388 type IV se...

超分子名称: Stalk-Arches-IMC complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: TrwJ protein

分子名称: TrwJ protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 25.190461 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKLVMTAAV AAILGAASPV MAQGIPVFDG TRALDFVQQF ARMKEQLDTA KDQLAEAQRM YEAVTGGRGL GDLMRNAQLR EYLPDDLRT VYDSANGGGY SGISGSINDI LRDERLNGSV ADMRRSIEER SRTAAATDKA VGLRAYEGAQ QRLAQIEGLM D EISRTQDQ ...文字列:
MKKLVMTAAV AAILGAASPV MAQGIPVFDG TRALDFVQQF ARMKEQLDTA KDQLAEAQRM YEAVTGGRGL GDLMRNAQLR EYLPDDLRT VYDSANGGGY SGISGSINDI LRDERLNGSV ADMRRSIEER SRTAAATDKA VGLRAYEGAQ QRLAQIEGLM D EISRTQDQ KAIEELQARI AGEQAAIQNE TTKLQMIAQL RQAEQALISE QRRERNMRIL SSGNQGMPTI Q

UniProtKB: TrwJ protein

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分子 #2: TrwG protein

分子名称: TrwG protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 25.799994 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSKKQPKPVK AEQLKSYYEE SRGLERDLIG EFVKSRKTAW RVATASGLFG LLGMVCGIVG FSQPAPAPLV LRVDNATGAV DVVTTLREH ESSYGEVVDT YWLNQYVLNR EAYDYNTIQM NYDTTALLSA PAVQQDYYKL FDGSNARDRV LGNKARITVR V RSIQPNGR ...文字列:
MSKKQPKPVK AEQLKSYYEE SRGLERDLIG EFVKSRKTAW RVATASGLFG LLGMVCGIVG FSQPAPAPLV LRVDNATGAV DVVTTLREH ESSYGEVVDT YWLNQYVLNR EAYDYNTIQM NYDTTALLSA PAVQQDYYKL FDGSNARDRV LGNKARITVR V RSIQPNGR GQATVRFTTQ QHNSNGTVEA PQHQIATIGY TYIGAPMRSS DRLLNPLGFQ VTSYRADPEI LNN

UniProtKB: TrwG protein

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分子 #3: TrwE protein

分子名称: TrwE protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 42.443785 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFGRKKGDVI DAGAELERAE QERIEGEYGA SELASERRPH TPGARTLLMV LLCVIAVVLV TLSYKAYKVR GVVEDDDAQP QQVVRQVIP GYTPRPIRPE PENVPEPPQP TTSVPAIQPA PVTQPVRPQP TGPREKTPYE LARERMLRSG LTAGSGGGED L PRPQGGDV ...文字列:
MFGRKKGDVI DAGAELERAE QERIEGEYGA SELASERRPH TPGARTLLMV LLCVIAVVLV TLSYKAYKVR GVVEDDDAQP QQVVRQVIP GYTPRPIRPE PENVPEPPQP TTSVPAIQPA PVTQPVRPQP TGPREKTPYE LARERMLRSG LTAGSGGGED L PRPQGGDV PAGGLMGGGG GGGELAEKLQ PMRLSGSSAG RLGNRDMLIT QGTQLDCVLE TRLVTTQPGM TTCHLTRDVY ST SGRVVLL DRGSKVVGFY QGGLRQGQAR IFVQWSRIET PSGVVINLDS PGTGPLGEAG LGGWIDRHFW ERFGGAIMIS LIG DLGDWA SRQGSRQGDN SIQFSNTANG VESAAAEALR NSINIPPTLY KNQGERVNIL VARDLDFSDV YSLESIPTK

UniProtKB: TrwE protein

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分子 #4: TrwI protein

分子名称: TrwI protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 35.324172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAFELFTPLF NKIDQTTATY VTDISSRAIA AITPVVSVGL TLGFITYGWL IIRGAVEMPV AEFLNRCLRI GIIVSIALAG GLYQGEIAN AITTVPDELA SALLGNPTQG ASAAALVDQS AQQGFDRASE AFEEAGFFSS DGLLYGLFGI IILLATGLLA A IGGAFLLL ...文字列:
MAFELFTPLF NKIDQTTATY VTDISSRAIA AITPVVSVGL TLGFITYGWL IIRGAVEMPV AEFLNRCLRI GIIVSIALAG GLYQGEIAN AITTVPDELA SALLGNPTQG ASAAALVDQS AQQGFDRASE AFEEAGFFSS DGLLYGLFGI IILLATGLLA A IGGAFLLL AKIALALLAG LGPLFILALI WQPTHRFFDQ WAQQVLNYGL LIVLFAAVFG LLMQIFGSYM ADLRFDGAQN VA YAIGGSV ILSIVSIVLL MQLPSIASGL AGGIGLGYMW ELRSMRSGAG AAMRGGRAMA RGARAAPGAA RGAAVGAANM AKT VATGGA GVARAAAGYF RGRKAG

UniProtKB: TrwI protein

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分子 #5: TrwM protein

分子名称: TrwM protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 12.292585 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKPPQQQHEA FPLFKGATRL PTIWGVPMIP LMAMVMGVAV IALTVSIWWW ALVPPLWFIM AQITKNDDKA FRIWWLWIDT KFRNRNKGF WGASSYSPAN YRKRR

UniProtKB: TrwM protein

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分子 #6: Type IV secretion system protein virB4

分子名称: Type IV secretion system protein virB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 93.76993 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGAIESRKLL ASETPVGQFI PYSHHVTDTI ISTKNAEYLS VWKIDGRSHQ SASEADVFQW IRELNNTLRG ISSANLSLWT HIVRRRVYE YPDAEFDNVF CRQLDEKYRE SFTGYNLMVN DLYLTVVYRP VSDKVLSFFA KRERETPDQK KHRQESCIKA L EDINRTLG ...文字列:
MGAIESRKLL ASETPVGQFI PYSHHVTDTI ISTKNAEYLS VWKIDGRSHQ SASEADVFQW IRELNNTLRG ISSANLSLWT HIVRRRVYE YPDAEFDNVF CRQLDEKYRE SFTGYNLMVN DLYLTVVYRP VSDKVLSFFA KRERETPDQK KHRQESCIKA L EDINRTLG QSFKRYGAEL LSVYEKGGHA FSAPLEFLAR LVNGEHIPMP ICRDRFSDYM AVNRPMFSKW GEVGELRSLT GL RRFGMLE IREYDDATEP GQLNVLLESD YEFVLTHSFS VLSRPAAKEY LQRHQKNLID ARDVATDQIE EIDEALNQLI SGH FVMGEH HCTLTVYGET VQQVRDNLAH ASAAMLDVAV LPKPVDLALE AGYWAQLPAN WQWRPRPAPI TSLNFLSFSP FHNF MSGKP TGNPWGPAVT ILKTVSGTPL YFNFHASKEE EDATDKRLLG NTMLIGQSSS GKTVLLGFLL AQAQKFKPTI VAFDK DRGM EISIRAMGGR YLPLKTGEPS GFNPFQLPPT HANLIFLKQF VKKLAAAGGE VTHRDEEEID QAITAMMSDS IDKSLR RLS LLLQFLPNPR SDDMDARPTV HARLVKWCEG GDYGWLFDNP TDALDLSTHQ IYGFDITEFL DNPEARTPVM MYLLYRT ES MIDGRRFMYV FDEFWKPLQD EYFEDLAKNK QKTIRKQNGI FVFATQEPSD ALESNIAKTL IQQCATYIFL ANPKADYE D YTQGFKLTDS EFELVRGLGE FSRRFLIKQG DQSALAEMNL GKFRTIVDGE TVERDFDDEL LVLSGTPDNA EIAESIIAE VGDDPAVWLP IFLDRVKAER SDV

UniProtKB: Type IV secretion system protein virB4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
最大 デフォーカス（公称値）: 3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 65173
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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